Protein interaction analysis of circadian clock protein

• Project/Area Number: 22370037
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Structural biochemistry
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: NAKATSU Toru 京都大学, 大学院・薬学研究科, 准教授 (50293949)
• Project Period (FY): 2010 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥18,980,000 (Direct Cost: ¥14,600,000、Indirect Cost: ¥4,380,000); Fiscal Year 2012: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000); Fiscal Year 2011: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000); Fiscal Year 2010: ¥8,450,000 (Direct Cost: ¥6,500,000、Indirect Cost: ¥1,950,000)
• Keywords: 生体リズム / 時計タンパク質 / 生物時計 / 概日リズム / X線結晶構造解析 / 蛋白質間相互作用 / bHLHドメイン / PASドメイン

Research Abstract

BMAL1 and CLOCK are the transcription factors of the circadian clock in mammals. The human BMAL1:CLOCK bHLH domain forms hetero or homo dimer and binds to E-box DNA. The hetero dimer of bHLH domain was more preferable to recognize the E-BOX DNA compared to the homo dimer based on the ITC analysis. Next we investigated the region related to the formation of the bHLH PAS-A domain of the human BMAL1:CLOCK hetero dimer. It is suggested that the bHLH domain is more important for the hetero dimer formation than the PAS-A domain.

Research Products

• [Journal Article] rystallization and preliminary crystallographic analysis of two eukaryotic fructosyl peptide oxidases (2013)
  • Author(s): Ichiyanagi A, Hirokawa K, Gomi K, Nakatsu T, Kato H, Kajiyama N
  • Journal Title: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun Volume: 69(Pt 2) Issue: 2 Pages: 130-3
  • DOI: 10.1107/s1744309112051445
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Pz peptidase B from Geobacillus collagenovorans MO-1 (2012)
  • Author(s): Nakano H, Hosokawa A, Tagawa R, Inaka K, Ohta K, Nakatsu T, Kato H, Watanabe K
  • Journal Title: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun Volume: 68(Pt 7) Issue: 7 Pages: 757-9
  • DOI: 10.1107/s1744309112018969
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural basis for docking of peroxisomal membrane protein carrier Pex19p onto its receptor Pex3p (2010)
  • Author(s): Sato Y, Shibata H, Nakatsu T, Nakano H, Kashiwayama Y, Imanaka T, Kato H
  • Journal Title: EMBO J Volume: 29 Issue: 24 Pages: 4083-4093
  • DOI: 10.1038/emboj.2010.293
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Deleting two C-terminal alpha-helices is effective to crystallize the bacterial ABC transporter Escherichia coli MsbA complexed with AMP-PNP (2010)
  • Author(s): Terakado K, Kodan A, Nakano H, Kimura Y, Ueda K, Nakatsu T, Kato H
  • Journal Title: Acta Crystallogr D Volume: 66 Issue: 13 Pages: 319-323
  • DOI: 10.1111/j.1742-4658.2009.07072.x
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural basis for docking of peroxisomal membrane protein carrier Pex19p onto its receptor Pex3p. (2010)
  • Author(s): Sato Y, Shibata H, Nakatsu T, Nakano H, Kashiwayama Y, Imanaka T, Kato H.
  • Journal Title: EMBO J. Volume: 29 Pages: 4083-4093
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The exquisite structure and reaction mechanism of bacterial Pz-peptidase A toward collagenous peptides : X-ray crystallographic structure analysis of PZ-peptidase a reveals differences from mammalian thimet oligopeptidase. (2010)
  • Author(s): Kawasaki A, Nakano H, Hosokawa A, Nakatsu T, Kato H, Watanabe K.
  • Journal Title: J.Biol.Chem. Volume: 285 Pages: 34972-34980
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 結晶状単層カーボンナノチコーブ集合体の作製とその物性 (2012)
  • Author(s): 工藤光、柳和宏、小林春花、末永和知、蓬田陽平、竹延大志、吉宗良祐、中津亨
  • Organizer: 日本物理学会
  • Place of Presentation: 関西学院大学(兵庫県)
  • Year and Date: 2012-03-25
• [Presentation] Production of Crystalline SWCNT aggregates (2012)
  • Author(s): Hikaru Kudo, Kazuhiro Yanagi, Kazutomo Suenaga, Haruka kobayashi, Taishi Takenobu, Yohei Yomogida, Kunio Hirata, Ryosuke Yoshimune, Toru Nakatsu
  • Organizer: フラーレンナノチューブグラフェン総合シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京大学(東京都)
  • Year and Date: 2012-03-08
• [Presentation] ホタル由来ルシフェラーゼのオキシルシフェリンアナログ複合体の高分解能 X 線結晶構造解析 (2012)
  • Author(s): 寺角 香菜子, Naumov Panche, 五味 恵子, 梶山 直樹, 加藤 博章, 中津 亨
  • Organizer: 日本生化学会2012年度年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡(福岡県)
• [Presentation] Structural basis for color modulation mechanism of firefly luciferase bioluminescence (2012)
  • Author(s): Kanako Terakado, Ryosuke Yoshimune, Keiko Gomi, Naoki Kajiyama, Hideyuki Ikeuchi, Jun Hiratake, Hiroaki Kato and Toru Nakatsu
  • Organizer: 17th International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence
  • Place of Presentation: Guelph Ontario, Canada
• [Presentation] ゲンジボタルルシフェラーゼの発光色制御メカニズムの解明 (2011)
  • Author(s): 寺角香菜子、吉宗良祐、五味恵子、梶山直樹、池内秀幸、平竹潤、加藤博章、中津亨
  • Organizer: 日本結晶学会
  • Place of Presentation: 北海道大学(北海道)
  • Year and Date: 2011-11-25
• [Presentation] Crystal structure of Pex3p-Pex19p complex from methylotrophic yeast Pichia pastoris (2011)
  • Author(s): Hirai Hidenori, Kyoko Fukushima-Egawa, Hiroyuki Shinata, Toru Nakatsu, Hiroaki Kato
  • Organizer: 日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポバーク(大阪府)
  • Year and Date: 2011-06-08
• [Presentation] 好熱性真核生物由来の多剤排出ABCトランスポーターの機能解析 (2011)
  • Author(s): 山口知宏、崎山慶太、地主遼平、佐藤友美、小段篤史、中津亨、植田和光、加藤博章
  • Organizer: 日本薬学会第131年会
  • Place of Presentation: 静岡県立大学(静岡市)
  • Year and Date: 2011-03-29
• [Presentation] ゲンジボタルルシフェラーゼの発光色決定メカニズムの解明 (2011)
  • Author(s): 寺角香菜子、吉宗良祐、五味恵子、梶山直樹、池内秀幸、平竹潤、加藤博章、中津亨
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度年会
  • Place of Presentation: 京都女子大学(京都市)
  • Year and Date: 2011-03-26
• [Presentation] シジボタルルフェラーセの発光 制御メニズムの解明 (2011)
  • Author(s): 寺角香菜子、吉宗良祐、五味恵子、梶山直樹、池内秀幸、平竹潤、加藤博章、中津亨
  • Organizer: 日本結晶学会2011年度年会
  • Place of Presentation: 北海道大学(札幌市)
• [Presentation] ゲンジボタルルシフェラーゼの発光 決定メ ニズムの解明 (2011)
  • Author(s): 寺角 香菜子、吉宗 良祐、五味 恵子、梶山 直樹、池内 秀幸、平竹 潤、加藤 博章、中津 亨
  • Organizer: 日本農芸化学会2011年度年会
  • Place of Presentation: 京都女子大学(京都市)
• [Presentation] ホタルルシフェラーゼの発光色決定メカニズムの解明 (2010)
  • Author(s): 吉宗良祐、寺角香菜子、加藤博章、中津亨
  • Organizer: 日本結晶学会平成22年度年会
  • Place of Presentation: 大阪大学コンベンションセンター(大阪府)
  • Year and Date: 2010-12-05
• [Presentation] 好熱性紅藻由来ABCトランスポーターの多剤排出活性の特徴 (2010)
  • Author(s): 山口知宏、崎山慶太、池口圭司、地主遼平、佐藤友美、渡辺文太、小段篤史、中津亨、平竹潤、植田和光、加藤博章
  • Organizer: 第32回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
  • Place of Presentation: 富山国際会議場(富山市)
  • Year and Date: 2010-11-29
• [Presentation] 好熱性紅藻Cyanidioschyzon merolae由来のABCトランスポーターの発現、精製、及び機能解析 (2010)
  • Author(s): 崎山慶太、山口知宏、小段篤史、中津亨、佐藤友美、植田和光、加藤博章
  • Organizer: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(札幌市)
  • Year and Date: 2010-06-18
• [Presentation] 昆虫細胞を用いたジベレリンシグナル伝達に関わるタンパク質の発現精製系の構築 (2010)
  • Author(s): 佐藤友美、直江洋一、崎山慶太、中津亨、上口(田中)美弥子、松岡信、加藤博章
  • Organizer: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(札幌市)
  • Year and Date: 2010-06-17
• [Presentation] ホタルルシフェラーゼの発光 決定メ ニズムの解明 (2010)
  • Author(s): 吉宗良祐、寺角香菜子、加藤博章、中津亨
  • Organizer: 日本結晶学会平成22年度年会
  • Place of Presentation: 大阪大学コンベンションセンター(大阪府)
• [Presentation] (2010)
  • Author(s): 寺角香菜子、吉宗良祐、五味恵子、梶山直樹、池内秀幸、平竹潤、加藤博章、中津亨
  • Organizer: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(札幌市)
• [Book] 生体π空間の制御機構の解明と新機能開発-ホタルルシフェラーゼによるπ空間制御機構- (2013)
  • Author(s): 寺角 香菜子、中津 亨
  • Publisher: シーエムシー出版