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Simulation Study of Coherent X-ray Diffraction from Biomaterial Solution

Research Project

Project/Area Number 22540424
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Biophysics/Chemical physics
Research Institution公益財団法人高輝度光科学研究センター (2012)
Japan Synchrotron Radiation Research Institute (2011)
The Institute of Physical and Chemical Research (2010)

Principal Investigator

JOTI Yasumasa  公益財団法人高輝度光科学研究センター, XFEL研究推進室, 研究員 (30360415)

Project Period (FY) 2010 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2011: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2010: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
KeywordsX線回折顕微法 / コヒーレントX線 / 生物物理 / 水和構造 / 構造解析 / 溶液構造 / コヒーレントX線回折イメージング / 水和
Research Abstract

Emerging X-ray free-electron lasers with femtosecond pulse duration enable single-shot snapshot imaging almost free from radiation damage. We have developed a methodology to analyze X-ray laser diffraction data from biomaterial solution. The method was used for analyzing the coherent diffraction patterns from a sub-micrometer-sized intact cell, measured at an X-ray free-electron laser facility, SACLA.

Report

(4 results)
  • 2012 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • Research Products

    (44 results)

All 2013 2012 2011 2010 Other

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (29 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] ヒトゲノムDNAの不規則で柔軟な収納原理2013

    • Author(s)
      前島 一博,城地 保昌,西野 吉則,高田 英昭,鎌田 福美,日原 さえら
    • Journal Title

      日本生物物理学会誌

      Volume: 53 Pages: 4-10

    • NAID

      10031139018

    • URL

      https://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/53/1/53_004/_pdf

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    • Author(s)
      Yasumasa Joti、Takaaki Hikima、Yoshinori Nishino、Fukumi Kamada、Saera Hihara、Hideaki Takata、Tetsuya Ishikawa、Kazuhiro Maeshima
    • Journal Title

      Nucleus

      Volume: 3巻 Issue: 5 Pages: 404-410

    • DOI

      10.4161/nucl.21222

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    • Author(s)
      T. Ishikawa, H. Aoyagi, T. Asaka, Y. Asano, N. Azumi, T. Bizen, H. Ego, K. Fukami, T. Fukui, Y. Furukawa, S. Goto, H. Hanaki, T. Hara, T. Hasegawa, T. Hatsui, A. Higashiya, T. Hirono, N. Hosoda, M. Ishii, T. Inagaki, Y. Inubushi, T. Itoga, Y. Joti, M. Kago, T. Kameshima, H. Kimura, Y. Kirihara, A. Kiyomichi, T. Kobayashi, C. Kondo, T. Kudo, H. Maesaka, X. M. Marechal, T. Masuda, S. Matsubara, T. Matsumoto, T. Matsushita, S. Matsui, M. Nagasono, N. Nariyama, H. Ohashi, T. Ohata, T. Ohshima, S. Ono, Y. Otake, C. Saji, T. Sakurai, T. Sato, K. Sawada, T. Seike, K. Shirasawa, T. Sugimoto, S. Suzuki, S. Takahashi, H. Takebe, K. keshita, K. Tamasaku, H. Tanaka, R. Tanaka, T. Tanaka, T. Togashi, K. Togawa, A. Tokuhisa, H. Tomizawa, K. Tono, S. Wu, M. Yabashi, M. Yamaga, A. Yamashita, K. Yanagida, C. Zhang, T. Shintake, H. Kitamura and N. Kumagai
    • Journal Title

      Nature Photonics

      Volume: 6 Issue: 8 Pages: 540-544

    • DOI

      10.1038/nphoton.2012.141

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      Yoshinori Nishino、Mikhail Eltsov、Yasumasa Joti、Kazuki Ito、Hideaki Takata、Yukio Takahashi、Saera Hihara、Achilleas S Frangakis、Naoko Imamoto、Tetsuya Ishikawa、Kazuhiro Maeshima
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 31巻 Issue: 7 Pages: 1644-1653

    • DOI

      10.1038/emboj.2012.35

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      矢橋牧名,城地 保昌
    • Journal Title

      内分泌・糖尿病・代謝内科

      Volume: 35 Pages: 565-571

    • NAID

      40019554405

    • URL

      http://jglobal.jst.go.jp/public/20090422/201302209745167757

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    • Journal Title

      日本加速器学会誌「加速器」

      Volume: 9 Pages: 60-71

    • URL

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      初井 宇記,亀島 敬,小野 峻,桐原 陽一,工藤 統吾,小林 和生,遠茂谷 誠彦,尾崎 恭介,城地 保昌,徳久 淳師,堀米 利夫,山鹿 光裕,古川 行人,清道 明男,杉本 崇,広野 等子,大端 通,Arnaud Amselem,田中 良太郎
    • Journal Title

      日本放射光学会誌「放射光」

      Volume: 25 Pages: 82-88

    • NAID

      10030134564

    • URL

      http://jglobal.jst.go.jp/public/20090422/201202277526333887

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      前島 一博、他
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      日本生物物理学会誌

      Volume: 53 Pages: 4-10

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      Proceedings of ICALEPCS2011

      Volume: Art. Number TUCAUST06

    • URL

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      Volume: 133 Issue: 18 Pages: 185102-185102

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      S.Sakuraba, Y.Joti, A.Kitao
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      J.Chem.Phys.

      Volume: 133 Pages: 185102-185102

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  • [Presentation] Simulation study to examine the possibility of high-resolution biomolecular imaging with XFEL2011

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      第34回分子生物学会年会ワークショップAtomic resolution dynamics revealed by state of the art technologies
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      東京大学物性研究所(招待講演)
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      2011-09-12
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      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      甲南大学、神戸市
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    • Place of Presentation
      Taipei, Taiwan
    • Year and Date
      2011-01-27
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      城地 保昌,初井 宇記,石川 哲也
    • Organizer
      次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2010および第1回戦略プログラム5分野合同ワークショップ
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター
    • Year and Date
      2011-01-17
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      城地保昌, 初井宇記, 石川哲也
    • Organizer
      次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2010および第1回戦略プログラム5分野合同ワークショップ
    • Place of Presentation
      ニチイ学館、神戸市
    • Year and Date
      2011-01-17
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      Y. Joti
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      Cairns, Australia
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      Y. Joti
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      木村 隆志、他
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      名古屋大学(名古屋)
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      名古屋大学(名古屋)
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  • [Remarks]

    • URL

      http://sacla.xfel.jp/

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URL: 

Published: 2010-08-23   Modified: 2019-07-29  

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