Surveillance of zoonotic viral diseases by an efficient method for detection of viral genomes

• Project/Area Number: 24405043
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Partial Multi-year Fund
• Section: 海外学術
• Research Field: Applied veterinary science
• Research Institution: Hokkaido University
• Principal Investigator: Sawa Hirofumi 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (30292006)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): ORBA Yasuko 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 講師 (60507169) ; ISHII Akihiro 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 助教 (90421982)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2016-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2015)
• Budget Amount: ¥19,500,000 (Direct Cost: ¥15,000,000、Indirect Cost: ¥4,500,000); Fiscal Year 2015: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000); Fiscal Year 2014: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000); Fiscal Year 2013: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2012: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
• Keywords: 感染症 / 病原微生物 / ウイルス / 野生動物 / 微生物 / 応用微生物 / 動物 / 昆虫

Outline of Final Research Achievements

In this research, we have succeeded to establish the enrichment of the viral genomes from wildlife intestinal contents.
Thereafter, we performed a deep sequencing using isolated and enriched viral nucleic acids. We have finally detected a novel bufavirus named as Mpulungu bufavirus from shrew feces. We have determined the almost whole genome sequences of the novel bufavirus which has a homology with that of human bufavirus (more than 51-53% of amino acid identity).
Based on the obtained sequences, we established a nested PCR method for screening of bufaviruses in spleen samples from wildlife. Finally, we obtained the relatively high positive rate of detection of the viral genome in shrew (17/49=34.7%). Our established nested PCR method is useful for screening of the bufaviruses in mammals.

Research Products

• [Int'l Joint Research] ザンビア大学/ザンビア野生保護局/ザンビア農業家畜省(ザンビア)
• [Int'l Joint Research] 国立アイルランド大学ダブリン校(アイルランド)
• [Journal Article] Orthopoxvirus infection among wildlife in Zambia. (2015)
  • Author(s): Orba Y, Sasaki M, Yamaguchi H, Ishii A, Thomas Y, Ogawa H, Hang’ombe BM, Mweene AS, Morikawa S, Saijo M, Sawa H
  • Journal Title: J Gen Virol Volume: 96 Issue: 2 Pages: 390-394
  • DOI: 10.1099/vir.0.070219-0
  • NAID: 120005697199
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Metagenomic analysis of the shrew enteric virome reveals novel viruses related to human stool-associated viruses. (2015)
  • Author(s): Sasaki M, Orba Y, Ueno K, Ishii A, Moonga L, Hang'ombe BM, Mweene AS, Ito K, Sawa H.
  • Journal Title: Journal of General Virology Volume: 96 Issue: 2 Pages: 440-452
  • DOI: 10.1099/vir.0.071209-0
  • NAID: 120005697198
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Distinct lineages of bufavirus in wild shrews and nonhuman primates (2015)
  • Author(s): Sasaki M, Orba Y, Anindita PD, Ishii A, Ueno K, Hang’ombe BM, Mweene AS, Ito K, Sawa H
  • Journal Title: Emerging Infectious Diseases Volume: 21 Issue: 7 Pages: 1230-1233
  • DOI: 10.3201/eid2107.141969
  • NAID: 120005649122
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Molecular epidemiology of paramyxoviruses in frugivorous Eidolon helvum bats in Zambia. (2014)
  • Author(s): Muleya W, Sasaki M, Orba Y, Ishii A, Thomas Y, Nakagawa E, Ogawa H, Hang'ombe B, Namangala B, Mweene A, Takada A, Kimura T, Sawa H
  • Journal Title: J Vet Med Sci Volume: 76 Pages: 611-614
  • NAID: 130003382420
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] A nairovirus isolated from African bats causes haemorrhagic gastroenteritis and severe hepatic disease in mice. (2014)
  • Author(s): Ishii A, Ueno K, Orba Y, Sasaki M, Moonga L, Hang'ombe BM, Mweene AS, Umemura T, Ito K, Hall WW, Sawa H
  • Journal Title: Nat Commun Volume: 5 Issue: 1 Pages: 1-11
  • DOI: 10.1038/ncomms6651
  • NAID: 120005540294
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Molecular epidemiology of paramyxoviruses in Zambian wild rodents and shrews. (2014)
  • Author(s): Sasaki M. et al.
  • Journal Title: Journal of General Virology Volume: 95 Issue: 2 Pages: 325-330
  • DOI: 10.1099/vir.0.058404-0
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of a novel polyomavirus from vervet monkeys in Zambia. (2013)
  • Author(s): Yamaguchi H, Kobayashi S, Ishii A, Ogawa H, Nakamura I, Moonga L, Hang'ombe BM, Mweene AS, Thomas Y, Kimura T, Sawa H, Orba Y.
  • Journal Title: J Gen Virol. Volume: 94(Pt 6) Issue: 6 Pages: 1357-64
  • DOI: 10.1099/vir.0.050740-0
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Human parainfluenza virus type 3 in wild primates, Zambia. (2013)
  • Author(s): Sasaki M. et al.
  • Journal Title: Emerging Infectious Diseases Volume: 19 Issue: 9 Pages: 1500-1503
  • DOI: 10.3201/eid1909.121404
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular surveillance and phylogenetic analysis of Old World arenaviruses in Zambia (2012)
  • Author(s): Akihiro Ishii
  • Journal Title: Journal of General Virology Volume: 93 Issue: 10 Pages: 2247-2251
  • DOI: 10.1099/vir.0.044099-0
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Identification of distinct lineages of parvovirus in wildlife. (2015)
  • Author(s): 佐々木 道仁、大場 靖子、Anindita D. Paulina、石井 秋宏、伊藤 公人、澤 洋文
  • Organizer: 第63回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場、福岡、福岡県、日本
  • Year and Date: 2015-11-22
• [Presentation] ザンビア共和国に生息する蚊が保有するウイルスの調査。 (2015)
  • Author(s): 大場 靖子、澤 洋文
  • Organizer: ザンビア共和国に生息する蚊が保有するウイルスの調査
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場、福岡、福岡県、日本
  • Year and Date: 2015-11-22
• [Presentation] Identification of distinct lineages of bufavirus in wildlife. (2015)
  • Author(s): Sasaki M, Orba Y, Anindita PD, Ishii A, Nakamura I, Kimura T, Ito K, Sawa H
  • Organizer: The 3rd Sapporo Summer Seminar for One Health (SaSSOH)
  • Place of Presentation: Lecture Building, Graduate School of Veterinary Medicine, Hokkaido University, Sapporo, Hokkaido, Japan
  • Year and Date: 2015-09-16
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Epidemiological and basic research activities targeting polyomaviruses. (2015)
  • Author(s): Sawa H, Suzuki T, Kobayashi S, Orba Y
  • Organizer: The 14th Awaji International Forum on Infection and Immunity
  • Place of Presentation: Awaji Yumebutai International Conference Center, Awaji, Hyogo, Japan
  • Year and Date: 2015-09-08
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 野生動物から検出された新規パルボウイルスの系統解析。 (2015)
  • Author(s): 佐々木 道仁、大場 靖子、Anindita D. Paulina、石井 秋宏、伊藤 公人、澤 洋文
  • Organizer: 第158回日本獣医学会学術集会
  • Place of Presentation: 北里大学獣医学部、十和田、青森県、日本
  • Year and Date: 2015-09-07
• [Presentation] 糞便メタゲノム解析によるジネズミ保有ウイルスの検索。 (2014)
  • Author(s): 佐々木 道仁、大場 靖子、上野 恵介、石井 秋宏、伊藤 公人、澤 洋文
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜会議センター、横浜
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] 野生動物から検出された新規パルボウイルスの系統解析。 (2014)
  • Author(s): 澤 洋文、大場 靖子、上野 恵介、石井 秋宏、伊藤 公人、佐々木 道仁
  • Organizer: 第37回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜会議センター、横浜
  • Year and Date: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [Presentation] 野生コウモリ由来新規ナイロウイルスLeopards Hillウイルスの性状解析。 (2014)
  • Author(s): 石井 秋宏、大場 靖子、梅村 孝司、澤 洋文
  • Organizer: 第62回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜会議センター、横浜
  • Year and Date: 2014-11-10 – 2014-11-12
• [Presentation] 糞便メタゲノム解析によるジネズミ保有ウイルスの検索。 (2014)
  • Author(s): 佐々木 道仁、大場 靖子、上野 恵介、石井 秋宏、伊藤 公人、澤 洋文
  • Organizer: 第62回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜会議センター、横浜
  • Year and Date: 2014-11-10 – 2014-11-12
• [Presentation] Detection of Potential Viral Pathogens in Wild Animals in Zambia. (2014)
  • Author(s): Ishii A, orba Y, Sasaki M, Moonga L, Hang’ombe BM, Takada A, Mweene AS, Sawa H
  • Organizer: Asian-African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections 2014
  • Place of Presentation: Sendai International Center, Sendai, Japan
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた野生コウモリの保有する未知ウイルスの探索と新規ナイロウイルスのゲノム解析 (2013)
  • Author(s): 石井 秋宏、上野 恵介、大場 靖子、佐々木 道仁、伊藤 公人、澤 洋文
  • Organizer: 第61回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場、神戸
• [Presentation] ザンビア共和国の野生動物におけるパラミクソウイルスの疫学調査 (2013)
  • Author(s): 澤 洋文、Muleya Walter、石井 秋宏、大場 靖子、Hang'ombe Bernard、Mweene Aaron、Moonga Ladslav、Thomas Yuka、木村 享史、佐々木 道仁
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド、神戸
• [Presentation] 霊長類動物からの新規ポリオーマウイルスの検出 (2013)
  • Author(s): 山口 宏樹、小林 進太郎、石井 秋宏、小川 寛人、木村 享史、澤 洋文、大場 靖子
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド、神戸
• [Presentation] ザンビア共和国におけるアレナウイルスの疫学調査と新規LCMV様ウイルスの系統解析 (2012)
  • Author(s): 石井 秋宏、トーマス 由佳、高田 礼人、中村 一郎、澤 洋文
  • Organizer: 第60回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: グランキューブ大阪(大阪)
• [Presentation] 霊長類動物におけるパラインフルエンザウイルスの疫学調査。 (2012)
  • Author(s): 佐々木 道仁、石井 秋宏、大場 靖子、トーマス 由佳、小川 寛人、中村 一郎、木村 享史、澤 洋文
  • Organizer: 第60回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: グランキューブ大阪(大阪)
• [Presentation] ザンビアの野生動物におけるオルソポックスウイルス感染の疫学調査。 (2012)
  • Author(s): 大場 靖子、石井 秋宏、トーマス 由佳、小川 寛人、中村 一郎、木村 享史、森川茂、西條 政幸、澤 洋文
  • Organizer: 第60回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: グランキューブ大阪(大阪)
• [Presentation] ザンビアにおける霊長類動物からの新規ポリオーマウイルスの検出。 (2012)
  • Author(s): 山口 宏樹、大場 靖子、小林 進太郎、石井 秋宏、小川 寛人、Thomas 由佳、木村 享史、澤 洋文
  • Organizer: 第60回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: グランキューブ大阪(大阪)
• [Presentation] Human parainfluenza virus type 3 infection in wild primates. (2012)
  • Author(s): Sasaki M, Ishii A, Orba Y, Thomas Y, Hang'ombe BM, Moonga L, Mweene AS, Ogawa H, Nakamura I, Kimura T, Sawa H
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(福岡)
• [Remarks] 北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター 分子病態・診断部門
  • URL: http://www.czc.hokudai.ac.jp/pathobiol/
• [Remarks] 北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター 分子病態・診断部門
  • URL: http://www.czc.hokudai.ac.jp/research/pathobiol/
• [Remarks]
  • URL: http://www.czc.hokudai.ac.jp/pathobiol/