Structural characterization of Hfq-binding small regulatory RNA

• Project/Area Number: 25440012
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Molecular biology
• Research Institution: Suzuka University of Medical Science
• Principal Investigator: MORITA Teppei 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助手 (10444366)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2016-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2015)
• Budget Amount: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000); Fiscal Year 2015: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2014: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2013: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
• Keywords: 小分子RNA / 転写後制御 / Hfq / 大腸菌

Outline of Final Research Achievements

This study is aimed to clarify the structural feature of bacterial small regulatory RNA (sRNA). The sRNAs repress target mRNAs by forming duplex in Escherichia coli as in many other species. The duplex formation between sRNA and target mRNA is accelerated by RNA chaperon protein, Hfq. The major outcome of this study is that the functional Hfq-binding module must be located at the 3’ end of sRNA. It is also shown that transcription termination is enhanced under stress conditions in which transcription of sRNAs are induced. These findings are useful for understanding of how the functional sRNAs are generated in bacterial cells.

Research Products

• [Journal Article] Insights into transcription termination of Hfq-binding sRNAs of Escherichia coli and characterization of read through products (2015)
  • Author(s): Teppei MORITA, Masaki UEDA, Kento KUBO, and Hiroji AIBA
  • Journal Title: RNA Volume: 21 Issue: 8 Pages: 1490-1501
  • DOI: 10.1261/rna.051870.115
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Presentation] 大腸菌小分子RNAによるmRNA抑制に関わる因子の探索系の構築 (2015)
  • Author(s): 森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第52回日本細菌学会中部支部総会
  • Place of Presentation: 名古屋市立大学医学部（愛知）
  • Year and Date: 2015-10-23
• [Presentation] 大腸菌Hfq結合性小分子RNA遺伝子の転写終結、及び転写終結領域の読み飛ばし産物の解析 (2015)
  • Author(s): 森田鉄兵、上田真煕、久保建人、饗場弘二
  • Organizer: 第17回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: ホテルライフォート札幌（北海道）
  • Year and Date: 2015-07-15
• [Presentation] Modulation of transcription termination of Hfq-binding sRNA genes and nature of 3’ extended sRNAs (2015)
  • Author(s): 森田鉄兵
  • Organizer: 第88回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 長良川国際会議場（岐阜県岐阜市）
  • Year and Date: 2015-03-26 – 2015-03-28
• [Presentation] Modulation of transcription termination of Hfq-binding sRNA genes and nature of 3’ extended sRNAs (2015)
  • Author(s): 森田鉄兵、上田真煕、久保建人、饗場弘二
  • Organizer: 第9回長野ミーティング：生物資源の有効利用を目指して
  • Place of Presentation: ラフォーレ倶楽部白馬八方（長野県白馬村）
  • Year and Date: 2015-01-25 – 2015-01-28
• [Presentation] Biotin修飾RNAとstreptavidin磁気ビーズを用いたin vitro RNA結合実験系の構築 (2015)
  • Author(s): 上田真煕、久保建人、森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第9回長野ミーティング：生物資源の有効利用を目指して
  • Place of Presentation: ラフォーレ倶楽部白馬八方（長野県白馬村）
  • Year and Date: 2015-01-25 – 2015-01-27
• [Presentation] 大腸菌sRNAの生合成過程における転写終結の重要性 (2014)
  • Author(s): 森田鉄兵、松井香予、近藤良樹、饗場弘二
  • Organizer: 第8回日本ゲノム微生物学会若手の会研究会
  • Place of Presentation: うきん研修所富士センター（静岡県駿東郡）
  • Year and Date: 2014-09-28 – 2014-09-29
• [Presentation] sRNAの機能構造から明らかになったsRNA遺伝子の新規発現制御機構 (2014)
  • Author(s): 森田鉄兵、饗場弘二
  • Organizer: 第67回日本細菌学会九州支部会
  • Place of Presentation: 城山観光ホテル（鹿児島市）
  • Year and Date: 2014-09-05 – 2014-09-06
• [Presentation] 大腸菌小分子RNA遺伝子の転写終結制御 (2014)
  • Author(s): 森田鉄兵、近藤良樹、松井香予、饗場弘二
  • Organizer: 第8回細菌学若手コロッセウム
  • Place of Presentation: ホテルニセコ（北海道虻田郡）
  • Year and Date: 2014-08-06 – 2014-08-08
• [Presentation] 大腸菌小分子RNA遺伝子の転写終結制御 (2014)
  • Author(s): 森田鉄兵、近藤良樹、松井香予、饗場弘二
  • Organizer: 第16回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: ウインクあいち（愛知県名古屋市）
  • Year and Date: 2014-07-23 – 2014-07-25
• [Presentation] 大腸菌小分子RNA遺伝子の転写終結制御 (2014)
  • Author(s): 森田鉄兵、近藤良樹、松井香予、饗場弘二
  • Organizer: 第11回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: ホテル大観（岩手県盛岡市）
  • Year and Date: 2014-06-05 – 2014-06-06
• [Presentation] Functional organization of Hfq-binding small RNAs (2014)
  • Author(s): 〇森田鉄兵
  • Organizer: 第8回長野ミーティング：生物資源の有効利用を目指して
  • Place of Presentation: 長野、ラフォーレ倶楽部白馬八方
• [Presentation] Molecular events at Rho-independent terminator of sRNA gene and the nature of 3’ extended sRNAs in intact cells. (2013)
  • Author(s): 〇Teppei MORITA, Hironori Otaka, Hirokazu Ishikawa & Hiroji AIBA.
  • Organizer: 3rd International Conference on Regulating with RNA in Bacteria
  • Place of Presentation: Wurzburg, Germany.
• [Presentation] 大腸菌小分子RNA遺伝子における転写終結、及び3’末端が伸長したsRNAの機能解析 (2013)
  • Author(s): 〇森田鉄兵、大鷹弘紀、石川博一、饗場弘二
  • Organizer: 第10回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: 静岡、ラフォーレ修善寺
• [Presentation] 大腸菌小分子RNA遺伝子における転写終結、及び3’末端が伸長したsRNAの機能解析 (2013)
  • Author(s): 〇森田鉄兵、大鷹弘紀、石川博一、饗場弘二
  • Organizer: 第15回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 愛媛、ひめぎんホール
• [Presentation] 大腸菌小分子RNA遺伝子における転写終結、及び3’末端が伸長したsRNAの機能解析 (2013)
  • Author(s): 〇森田鉄兵、大鷹弘紀、石川博一、饗場弘二
  • Organizer: 第7回細菌学若手コロッセウム
  • Place of Presentation: 広島、広島エアポートホテル
• [Presentation] 大腸菌小分子RNA遺伝子における転写終結、及び3’末端が伸長したsRNAの機能解析 (2013)
  • Author(s): 〇森田鉄兵、大鷹弘紀、石川博一、饗場弘二
  • Organizer: 第7回日本ゲノム微生物学会
  • Place of Presentation: 静岡、ろうきん研修所富士センター