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Regulation of a heterochromatin structure in rDNA promoter

Research Project

Project/Area Number 25440090
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Cell biology
Research InstitutionTakasaki University of Health and Welfare

Principal Investigator

Tsuneoka Makoto  高崎健康福祉大学, 薬学部, 教授 (50197745)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) UMATA Toshiyuki  産業医科大学, 産業医学支援機構, 准教授 (30213482)
OKAMOTO Kengo  高崎健康福祉大学, 薬学部, 講師 (60437754)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2013: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
KeywordsリボソームRNA遺伝子 / ヘテロクロマチン / クロマチン / ヒストン / メチル化修飾 / H4K20me3 / ボソームRNA遺伝子 / KDM2A / SF-KDM2A
Outline of Final Research Achievements

There are two types of chromatin structure, euchromatin and heterochromatin in eukaryotes. These structures are exchangeable, but the molecular mechanisms are not clear. In this study, we attempted to identify a molecule specific for heterochromatin and investigate the mechanism of controlling the molecule in ribosomal RNA gene (rDNA) promoter. First our data suggested that HP1, which bound to H3K9me3, was not a heterochromatin mark in rDNA promoter. Second, SF-KDM2A, which was expressed from the gene encoding histone demethylase KDM2A and did not possess the demethylase activity, reduced H4K20me3 in rDNA promoter. We found that SF-KDM2A controlled accumulation of Suv4-20h2, which resulted in elevation or reduction of Suv4-20h2, and the activities may be affected by cell culturing conditions. Our data suggest that SF-KDM2A can control the chromatin structure of rDNA in response to environmental conditions.

Report

(4 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • 2013 Research-status Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2016 2015 2014 2013 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (17 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] A CxxC Domain That Binds to Unmethylated CpG Is Required for KDM2A to Control rDNA Transcription2015

    • Author(s)
      Tsuneoka M1, Tanaka Y, Okamoto K.
    • Journal Title

      YAKUGAKU ZASSHI

      Volume: 135 Issue: 1 Pages: 11-21

    • DOI

      10.1248/yakushi.14-00202-2

    • NAID

      130004756465

    • ISSN
      0031-6903, 1347-5231
    • Year and Date
      2015-01-01
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mild glucose starvation induces KDM2A-mediated H3K36me2 demethylation through AMPK to reduce rRNA transcription and cell proliferation2015

    • Author(s)
      Tanaka Y, Yano H, Ogasawara S, Yoshioka SI, Imamura H, Okamoto K, Tsuneoka M
    • Journal Title

      Mol. Biol. Cell.

      Volume: 35 Issue: 24 Pages: 4170-4184

    • DOI

      10.1128/mcb.00579-15

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CxxC-ZF domain is needed for KDM2A to demethylate histone in rDNA promoter in response to starvation.2014

    • Author(s)
      Tanaka Y, Umata T, Okamoto K, Obuse C, Tsuneoka M.
    • Journal Title

      Cell Struct Funct.

      Volume: 39 Pages: 79-92

    • NAID

      130004053901

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Ablation of Mina53 in Mice Reduces Allergic Response in the Airways2013

    • Author(s)
      Tetsuya Mori, Kengo Okamoto, Yuji Tanaka, Kwesi Teye, Toshiyuki Umata, Kinuko Ohneda, Kenichi Tokuyama, Masaru Okabe, Makoto Tsuneoka
    • Journal Title

      Cell Structure and Function

      Volume: 38 Issue: 2 Pages: 155-167

    • DOI

      10.1247/csf.13006

    • NAID

      130004137595

    • ISSN
      0386-7196, 1347-3700
    • Related Report
      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] リボソームRNA遺伝子の転写調節2013

    • Author(s)
      田中祐司, 常岡 誠
    • Journal Title

      生化学(日本生化学会編)

      Volume: 85 Pages: 852-860

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  • [Presentation] KDM2A はマイルドなグルコース飢餓時にAMPK活性を介してrRNA転写と細胞増殖を抑制する2016

    • Author(s)
      田中 祐司、矢野博久、小笠原幸子、吉岡勝一、岡本健吾、常岡 誠
    • Organizer
      平成27年度 冬の若手ワークショップ
    • Place of Presentation
      山中湖畔荘ホテル清渓(山梨県南都留郡)
    • Year and Date
      2016-02-04
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] KDM2AによるrRNA転写抑制にHP1が関与する2016

    • Author(s)
      常岡 誠, 田中祐司, 岡本健
    • Organizer
      第33回染色体ワークショップ・第14回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      松島一の坊(宮城県宮城郡)
    • Year and Date
      2016-01-12
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] KDM2Aはマイルドなグルコース飢餓時にAMPKシグナル経路を介してrRNA転写と細胞増殖を調節する2015

    • Author(s)
      田中祐司、矢野博久、小笠原幸子、吉岡勝一、岡本健吾、常岡誠
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
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  • [Presentation] KDM2A遺伝子がコードする脱メチル化活性を示さないSF-KDM2A (short form of KDM2A)はリボソームRNA転写を正に制御する.2015

    • Author(s)
      岡本健吾, 田中祐司, 常岡 誠
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] KDM2A遺伝子がコードする2つのタンパク質の機能解析2015

    • Author(s)
      岡本健吾
    • Organizer
      第5回薬学部研究発表会(薬学FDワークショップ)
    • Place of Presentation
      高崎健康福祉大学(群馬県高崎市)
    • Year and Date
      2015-09-02
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] KDM2Aはマイルドなグルコース飢餓でAMPKによって活性され、リボソームRNA転写と細胞増殖を調節する2015

    • Author(s)
      常岡誠, 田中祐司, 矢野博久, 小笠原幸子, 吉岡勝一, 岡本健吾.
    • Organizer
      平成27年度日本生化学会関東支部例会
    • Place of Presentation
      新潟日報メディアシップ(新潟県新潟市)
    • Year and Date
      2015-06-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] AMPKシグナル経路はrDNA プロモーター上のヒストン脱メチル化酵素KDM2Aを活性化する2015

    • Author(s)
      田中祐司、吉岡勝一、山田志織、岡本健吾、常岡誠
    • Organizer
      第3回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      宮崎
    • Year and Date
      2015-03-17
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] DM2Aが核小体に集積する機構について2015

    • Author(s)
      常岡誠、南雲政彦、中村美由記、福島嵩、中村辰紀、田中祐司、岡本健吾
    • Organizer
      第3回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      宮崎
    • Year and Date
      2015-03-17
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      2014 Research-status Report
  • [Presentation] DNA損傷と核小体、rRNA転写に関するレクチャー2015

    • Author(s)
      常岡誠
    • Organizer
      群大Genome Damage Discussion Group
    • Place of Presentation
      前橋
    • Year and Date
      2015-03-13
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] AMPK-KDM2A経路はマイルドなグルコース飢餓で活性化されrRNA転写を抑制する2014

    • Author(s)
      常岡 誠, 田中祐司, 岡本健吾
    • Organizer
      第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2014-12-14 – 2014-12-17
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] MPKシグナル経路はKDM2A依存的ヒストン脱メチル化を活性化する2014

    • Author(s)
      田中祐司、吉岡勝一、岡本健吾、常岡 誠
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] KDM2A遺伝子がコードする脱メチル化活性を示さないSF-KDM2A(short form of KDM2A)によるrRNA転写調節2014

    • Author(s)
      岡本健吾, 田中祐司, 常岡 誠
    • Organizer
      平成26年度日本生化学会関東支部例会
    • Place of Presentation
      水戸
    • Year and Date
      2014-06-14
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] ヒストン脱メチル化酵素 KDM2Aによる飢餓時のリボソームRNA転写抑制機構の解析2014

    • Author(s)
      田中祐司, 馬田敏幸, 岡本健吾, 常岡 誠
    • Organizer
      転写研究会
    • Place of Presentation
      群馬
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  • [Presentation] 飢餓シグナルによるrDNA転写調節について2013

    • Author(s)
      常岡 誠, 田中祐司, 岡本健吾
    • Organizer
      染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      箱根
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] JmjC enzyme KDM2A regulates rRNA transcription in response to starvation2013

    • Author(s)
      Tanaka Y, Umata T, Okamoto K, Teye K, and Tsuneoka M
    • Organizer
      酵母エピジェネティクス国際会議
    • Place of Presentation
      福井
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  • [Presentation] DM2A遺伝子がコードする脱メチル化活性を示さないSF-KDM2A (short form of KDM2A)はリボソームRNA転写を正に制御する2013

    • Author(s)
      岡本健吾, 田中祐司, 常岡 誠
    • Organizer
      日本生化学会関東支部例会
    • Place of Presentation
      山梨
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  • [Presentation] 非メチルCpG を認識するCxxC ドメインはヒストン脱メチル化酵素KDM2A のrDNA 転写調節に必要である

    • Author(s)
      常岡 誠, 田中祐司, 岡本健吾
    • Organizer
      薬学会
    • Place of Presentation
      熊本
    • Related Report
      2013 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2014-07-25   Modified: 2019-07-29  

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