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Application of integrated omics analyses by using Allium bio-resources to onion breeding

Research Project

Project/Area Number 26292020
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypePartial Multi-year Fund
Section一般
Research Field Horticultural science
Research InstitutionYamaguchi University

Principal Investigator

Masayoshi Shigyo  山口大学, 創成科学研究科, 教授 (40314827)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 澤田 有司  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (00415176)
伊藤 真一  山口大学, 農学部, 教授 (30243629)
佐藤 修正  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (70370921)
若生 忠幸  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜茶業研究所, 研究員 (70414670)
Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) HIRAKAWA Hideki  かずさDNA研究所, 植物ゲノム研究部, 主任研究員 (80372746)
NAKABAYASHI Ryo  理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (30586160)
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥16,120,000 (Direct Cost: ¥12,400,000、Indirect Cost: ¥3,720,000)
Fiscal Year 2016: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2015: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2014: ¥6,110,000 (Direct Cost: ¥4,700,000、Indirect Cost: ¥1,410,000)
Keywords染色体マーカー / 連鎖地図 / 植物病害抵抗性 / 単一異種染色体添加系統シリーズ / 倍加半数体 / ネギ類 / トランスクリプトーム解析 / メタボローム解析 / 機能性代謝物 / 健康機能性 / 染色体操作技術
Outline of Final Research Achievements

Our research via the use of unique genetic resources was carried out enable a holistic approach to profile the phytochemical composition as well as its related gene expression of alliums for plant breeding studies, through collaborative development of resources for metabolomics-high throughput chemical profiling by mass spectrometry, together with transcriptmics assay metadata by RNA-Seq. The metabolomics analysis of eight monosomic addition lines proved to be effective in revealing the effects of single alien chromosomes from shallot on the production of several functional chemical compounds in the different organs of A. fistulsoum. Our main focus was to map the resistance gene of shallot with SNP markers together with mQTLs by using the mapping population derived from F1 between shallot and onion DHs. An omics approach could be utilized to characterize variation in these genetic stocks, developing capability and plant materials to support metabolomics-informed plant breeding studies.

Report

(4 results)
  • 2016 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2017 2016 2015 2014 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] ワーゲニンゲン大学(オランダ)

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      執行正義
    • Organizer
      園芸学会平成29年度春季大会-第20回ネギ類研究小集会
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      日本大学生物資源科学部(神奈川県藤沢市)
    • Year and Date
      2017-03-18
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    • Author(s)
      佐藤修正
    • Organizer
      園芸学会平成29年度春季大会-第20回ネギ類研究小集会
    • Place of Presentation
      日本大学生物資源科学部(神奈川県藤沢市)
    • Year and Date
      2017-03-18
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      藤戸聡史・若生忠幸
    • Organizer
      園芸学会平成29年度春季大会-第20回ネギ類研究小集会
    • Place of Presentation
      日本大学生物資源科学部(神奈川県藤沢市)
    • Year and Date
      2017-03-18
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    • Author(s)
      澤田有司
    • Organizer
      園芸学会平成29年度春季大会-第20回ネギ類研究小集会
    • Place of Presentation
      日本大学生物資源科学部
    • Year and Date
      2017-03-18
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      佐々木一紀・伊藤真一
    • Organizer
      園芸学会平成29年度春季大会-第20回ネギ類研究小集会
    • Place of Presentation
      日本大学生物資源科学部(神奈川県藤沢市)
    • Year and Date
      2017-03-18
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    • Author(s)
      Masayoshi Shigyo
    • Organizer
      The Second Asian Horticultural Congress
    • Place of Presentation
      Chegdu, China
    • Year and Date
      2016-09-26
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ネギ属トランスクリプトームデータベースAllium TDBを活用したAllium cepa連鎖地図の構築2016

    • Author(s)
      藤戸聡史・山下謙一郎・若生忠幸・塚崎光・山北和香・佐藤修正・平川英樹・執行正義
    • Organizer
      園芸学会平成28年度秋季大会
    • Place of Presentation
      名城大学(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2016-09-11
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      山北和香・竹富詩歩・佐藤修正・ 平田翔・平川英樹・田中啓介・峯洋子・山内直樹・執行正義
    • Organizer
      園芸学会平成28年度春季大会
    • Place of Presentation
      東京農業大学 厚木キャンパス(神奈川県・厚木市)
    • Year and Date
      2016-03-26
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      執行正義・佐藤修正・Abdelrahman, Mostafa ・ 平田翔・平川英樹・田中啓介・峯洋子・杉山信男・山内直樹
    • Organizer
      園芸学会平成27年度秋季大会
    • Place of Presentation
      徳島大学 三島キャンパス(徳島県・徳島市)
    • Year and Date
      2015-09-26
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    • Author(s)
      山北和香・佐藤修正・Abdelrahman, Mostafa・平田翔・平川英樹・田中啓介・峯洋子・山内直樹・執行正義
    • Organizer
      園芸学会平成27年度秋季大会
    • Place of Presentation
      徳島大学 三島キャンパス(徳島県・徳島市)
    • Year and Date
      2015-09-26
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    • Author(s)
      M. Shigyo, S. Hirata, M. Abdelrahman, H.Q. Vu, N.A. Ariyanti, N. Yamauchi
    • Organizer
      7th International Symposium on Edible Alliaceae
    • Place of Presentation
      Nigde University, Nigde (Turkey)
    • Year and Date
      2015-05-21
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ネギ属の代謝育種を目指した統合メタボローム解析2014

    • Author(s)
      澤田有司・中林亮・執行正義・佐藤修正・若生忠幸・佐藤心郎・山田豊・森哲哉・坂田あかね・斉藤和季・平井優美
    • Organizer
      園芸学会平成26年度秋季大会
    • Place of Presentation
      佐賀大学
    • Year and Date
      2014-09-27 – 2014-09-28
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] ネギ類におけるオミクス研究資源の育種利用の可能性について2014

    • Author(s)
      執行正義
    • Organizer
      第17回ネギ類研究小集会
    • Place of Presentation
      佐賀大学
    • Year and Date
      2014-09-26
    • Related Report
      2014 Annual Research Report

URL: 

Published: 2014-04-04   Modified: 2018-03-22  

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