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ユビキチンによるタンパク質翻訳後修飾のダイナミクス

Publicly Offered Research

Project AreaNew aspect of the ubiquitin system : its enormous roles in protein regulation
Project/Area Number 15H01177
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

紺野 宏記  金沢大学, バイオAFM先端研究センター, 准教授 (80419267)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2016)
Budget Amount *help
¥9,490,000 (Direct Cost: ¥7,300,000、Indirect Cost: ¥2,190,000)
Fiscal Year 2016: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2015: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywords高速原子間力顕微鏡 / ユビキチン修飾 / タンパク質間相互作用 / ユビキチン / 動的分子プロセス
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質の翻訳後修飾の1つであるユビキチン化は、細胞内タンパク質の選択的分解、DNA修復、細胞周期、転写、翻訳、シグナル伝達、免疫などほぼすべての生命システム(細胞内プロセス)の制御に関与している。ユビキチン修飾に関する研究は、当初、生化学・分子生物学的手法を用いて進められ、これまでにユビキチン化を担う酵素群や標的となる基質タンパク質の同定などが行われてきた。しかし、ユビキチン化メカニズムを理解するためには、上述した研究手法だけでは不足で、ユビキチン化の動的分子プロセスをリアルタイムで観察することが必須の状況となっている。研究代表者は、高速原子間力顕微鏡(高速AFM)観察技術を用いて、ユビキチン修飾における構造ダイナミクスをリアルタイムで観察し、ユビキチン化に必須な各種酵素間の相互作用およびその際の構造変化や基質タンパク質上でのポリユビキチン鎖伸長の動的分子プロセスを明らかにすべく研究を遂行してきた。これまで、HECT型E3のドメイン部分の高速AFM観察を行い、これまでX線構造解析を中心とした構造生物学的手法により予想されていた大きな構造変化を溶液中で初めて検証することに成功した。ユビキチン化は、複数のユビキチン化関連酵素により行われているため、溶液中に混在するすべてのタンパク質が基板上に固定されると、分子間相互作用が阻害されてしまう。そこで、タグを導入したタンパク質のみを基板に固定させることに成功している。また、基板に固定した基質タンパク質にE3がユビキチンを付加できることも確認できた。これまで観察基板、固定条件、基板上でのユビキチン化反応の検証など、地道な観察条件の検討を重ねてきたが、後は実際にユビキチンが付加される瞬間を捉える段階にある。予備的なデータではあるが、E3が基質タンパク質に結合し、解離する様子をリアルタイムで可視化している。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2017 2016 2015

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy reveals strongly polarized movement of clostridial collagenase along collagen fibrils2016

    • Author(s)
      T. Watanabe-Nakayama, M. Itami, N. Kodera, T. Ando, H. Konno,
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 4 Issue: 1 Pages: 28975-28975

    • DOI

      10.1038/srep28975

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Oxidation of a cysteine residue in elongation factor EF-Tu reversibly inhibits translation in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 68032016

    • Author(s)
      Yutthanasirikul, R., Nagano, T., Jimbo, H., Hihara, Y., Kanamori, T., Ueda, T., Haruyama, T., Konno, H., Yoshida, K., Hisabori, T. and Nishiyama, Y.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 291(11) Issue: 11 Pages: 5860-5870

    • DOI

      10.1074/jbc.m115.706424

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Redox regulation of CF1-ATPase involves interplay between the gamma-subunit neck region and the turn region of the betaDELSEED-loop2015

    • Author(s)
      Felix Buchert, Hiroki Konno, Toru Hisabori
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics

      Volume: 1847 Issue: 4-5 Pages: 441-450

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2015.01.013

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Sec トランスロコンを介した膜透過の高速 AFM 観察2017

    • Author(s)
      春山 隆充、菅野 泰功、田中 良樹、紺野 宏記、塚崎 智也
    • Organizer
      平成 28 年度 日本生物物理学会 中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 東山キャンパス
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Correlative Atomic Force and Electron Microscopy toward Applications of Atomic Force Microscopy to Heterogeneous Systems2016

    • Author(s)
      Yutaro Yamada,Takamitsu Haruyama, Katsuya Shimabukuro, Hiroki KonnoYutaro Yamada,Takamitsu Haruyama, Katsuya Shimabukuro, Hiroki Konno
    • Organizer
      CISCEM 2016
    • Place of Presentation
      Saarbrucken / Germany
    • Year and Date
      2016-10-11
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Yoshiki Takahashi1, Jun-ichi Kishikawa1, Hiromi Tanaka, Hiroki Konno Direct observation of conformational change of c-Cbl ubiquitin ligase by high speed atomic force microscopy2016

    • Author(s)
      Yoshiki Takahashi1, Jun-ichi Kishikawa1, Hiromi Tanaka, Hiroki Konno
    • Organizer
      CISCEM 2016
    • Place of Presentation
      Saarbrucken / Germany
    • Year and Date
      2016-10-11
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamic processes of oligomer and fibril formation by yeast prion Sup35 observed by high-speed atomic force microscopy2016

    • Author(s)
      Hiroki Konno, Takahiro Nakayama, Kento Takaki, Momoko Okuda, Noriyuki Kodera, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando and Hideki Taguchi
    • Organizer
      4th Kanazawa Bio-AFM Workshop
    • Place of Presentation
      KKRホテル金沢
    • Year and Date
      2016-10-03
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ペルオキシレドキシンの高次複合体形成とシャペロン活性の高速AFM解析2016

    • Author(s)
      春山隆充, 内橋貴之, 古寺哲幸, 安藤敏夫, 紺野宏記
    • Organizer
      平成27年度 日本生物物理学会 中部支部講演会
    • Place of Presentation
      岡崎カンファレンスセンター
    • Year and Date
      2016-01-29
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ペルオキシレドキシンのオリゴマー形成とシャペロン活性の高速AFM解析2016

    • Author(s)
      春山隆充、内橋貴之、古寺哲幸、安藤敏夫、紺野宏記
    • Organizer
      日本生化学会北陸支部 第34回大会
    • Place of Presentation
      金沢大学 宝町キャンパス
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Cytoplasmic conformational transition of Sec translocon2015

    • Author(s)
      Y. Tanaka, Y. Sugano, M. Takemoto, T. Mori, T. Haruyama, A. Furukawa, T. Kusakizako, K. Kumazaki, A. Kashima, R. Ishitani, H. Konno, Y. Sugita, O. Nureki, T. Tsukazaki,
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ユビキチンリガーゼ (HECT 型 E3) のユビキチン化に伴う動態の高速 AFM 観察2015

    • Author(s)
      小林史典, 春山隆充, 中山隆宏, 古寺哲幸, 紺野宏記
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ヘテロな系での AFM の応用に向けた AFM・TEM の相関顕微鏡法2015

    • Author(s)
      山田裕太郎, 春山隆充, 紺野宏記, 島袋勝弥
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるペルオキシレドキシン高分子量複合体の観察2015

    • Author(s)
      春山隆充, 内橋貴之, 紺野宏記
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス
    • Year and Date
      2015-09-13
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] Prxの酸化ストレス依存的なオリゴマー形成過程のダイナミクス2015

    • Author(s)
      紺野宏記
    • Organizer
      第68回日本酸化ストレス学会学術集会
    • Place of Presentation
      鹿児島県民交流センター
    • Year and Date
      2015-06-11
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質分泌マシーナリーの動的精密探査に向けて2015

    • Author(s)
      菅野泰功, 春山隆充, 田中良樹, 紺野宏記、塚崎智也
    • Organizer
      第21回21世紀大腸菌研究会
    • Place of Presentation
      琵琶湖グランドホテル・京近江
    • Year and Date
      2015-06-04
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Book] 月刊細胞2015

    • Author(s)
      紺野宏記, 春山隆充
    • Total Pages
      4
    • Publisher
      ニューサイエンス社
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2015-04-16   Modified: 2018-03-28  

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