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FAAP20によるK63結合型ポリユビキチン鎖特異的認識の構造的基盤

Publicly Offered Research

Project AreaNew aspect of the ubiquitin system : its enormous roles in protein regulation
Project/Area Number 25112505
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

佐藤 裕介  東京大学, 放射光連携研究機構, 助教 (50568061)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥11,440,000 (Direct Cost: ¥8,800,000、Indirect Cost: ¥2,640,000)
Fiscal Year 2014: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Fiscal Year 2013: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
KeywordsX線結晶構造解析 / ユビキチン
Outline of Annual Research Achievements

ファンコニ貧血の原因遺伝子として見つかったFanconi anemia (FA)タンパク質群は、DNA損傷の一つであるDNA鎖間架橋を修復する。DNA損傷が生じると、その近傍にはK63結合型Ub鎖が付加される。FAAP20のubiquitin-binding zinc finger (UBZ)ドメインはK63結合型Ub鎖と特異的に相互作用することでFAタンパク質群をDNA損傷箇所へと集積させ、これによりFAタンパク質群がDNA損傷を修復する事が、近年いくつかのグループから報告された。一方、FAAP20はUb化されたDNAポリメラーゼRev1をDNA鎖間架橋箇所へと集積させるために必要という報告もある。いずれにせよ、DNA鎖間架橋修復メカニズムの解明にはFAAP20によるUb結合メカニズムを明らかにする必要があった。本研究ではFAAP20のUBZドメインとK63結合型Ub2量体の複合体の結晶構造解析、さらに変異体を用いた解離定数の測定を行った。
研究成果として、FAAP20とK63結合型Ub2量体の複合体の結晶構造を決定し、FAAP20によるUbの認識機構を明らかとした。さらに、得られた結晶構造を元にした点変異体を用いて、FAAP20とUbおよびM1-、K48-、K63-結合型Ub2量体との解離速度定数の解析を行った。その結果、FAAP20のUBZドメインにはUb鎖特異性は存在しないことが明らかとなった。また、Ubとの結合能を失ったFAAP20は、DNA損傷箇所へと集積出来ない事が細胞内での局在実験で明らかとなった。この成果は「Structural Basis for Ubiquitin Recognition by Ubiquitin-Binding Zinc Finger of FAAP20」というタイトルで、「PLOS ONE」に掲載された。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2015 2014 2013

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Structural basis for ubiquitin recognition by ubiquitin-binding zinc finger of FAAP202015

    • Author(s)
      Toma, A, Takahashi, T. S., Sato, Y., Yamagata, A., Goto-Ito, S., Nakada, S., Fukuto, A., Horikoshi, Y., Tashiro, S., Fukai, S.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 10 Issue: 3 Pages: 1-15

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0120887

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structures of CYLD USP with Met1- or Lys63-linked diubiquitin reveal mechanisms for dual specificity2015

    • Author(s)
      Sato, Y., Goto, E., Shibata, Y., Kubota, Y., Yamagata, A., Goto-Ito, S., Kubota, K., Inoue, J., Takekawa, M., Tokunaga, F. and Fukai, S.
    • Journal Title

      Nat. Struct. Mol. Biol.

      Volume: 22 Issue: 3 Pages: 222-229

    • DOI

      10.1038/nsmb.2970

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Switching and emergence of CTL epitopes in HIV-1 infection2014

    • Author(s)
      Han C, Kawana-Tachikawa A, Shimizu A, Zhu D, Nakamura H, Adachi E, Kikuchi T, Koga M, Koibuchi T, Gao GF, Sato Y, Yamagata A, Martin E, Fukai S, Brumme ZL, Iwamoto A
    • Journal Title

      Retrovirology

      Volume: in press

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of TCR and antigen complexes at an immunodominant CTL epitope in HIV-1 infection2013

    • Author(s)
      Shimizu, A., Kawana-Tachikawa. A., Yamagata, A., Han, C., Zhu, D., Sato, Y., Nakamura, H., Koibuchi, T., Carlson, J., Martin, E., Brumme, C.J., Shi, Y., Gao, G.F., Brumme, Z.L., Fukai, S., Iwamoto, A.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 3 Issue: 1 Pages: 3097-3097

    • DOI

      10.1038/srep03097

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] CYLDによるLys63鎖およびMet1鎖特異的切断機構の構造的基盤2014

    • Author(s)
      佐藤裕介
    • Organizer
      日本薬学会
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural basis for recognition of ubiquitin by UMI domain of RNF1682013

    • Author(s)
      佐藤裕介
    • Organizer
      THE UBIQUITIN FAMILY
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor Laboratory
    • Related Report
      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural basis for specific cleavage of Met1- and Lys63-linked polyubiquitin chains by the USP domain of CYLD2013

    • Author(s)
      佐藤裕介
    • Organizer
      International Conference on Structural Genomics 2013
    • Place of Presentation
      京王プラザホテル札幌
    • Related Report
      2013 Annual Research Report

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Published: 2013-05-15   Modified: 2019-07-29  

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