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2012 Fiscal Year Annual Research Report

Integrative understanding of biological processes mediated by transient macromolecul ar complexes; New technology for visualizing physiologically metastable states

Administrative Group

Project AreaIntegrative understanding of biological processes mediated by transient macromolecular complexes; New technology for visualizing physiologically metastable states.
Project/Area Number 21121001
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

嶋田 一夫  東京大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (70196476)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 神田 大輔  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80186618)
Project Period (FY) 2009-04-01 – 2014-03-31
Keywords構造生物学 / 核磁気共鳴法 / X線結晶構造解析 / 一分子計測学 / ケミカル・バイオロジ
Outline of Annual Research Achievements

本年度の総括班は、領域内の共同研究の促進、成果の公開・普及を目的に、以下の活動を行った。
領域内での成果の共有と共同研究を推進するため、全体班会議(2012年5月17-19日 於 リゾナーレ八ヶ岳)を開催した。H24年度から第二期の公募班員が加わったため、発表時間を一人30分として、研究内容の理解と議論のために十分な時間を確保した。また、共同研究促進のための班員間の交流の時間も設けた。また、総括班会議を開催し、領域の運営について議論した。今後の領域主催・共催のシンポジウムの開催計画や、若手育成のための取り組みについても議論した。
ニュースレターを発行し、紙面を通じて領域内の交流促進、情報の提供を行った。また年度末には成果報告書(H23/24年度分)を発行し、これまでの領域内での成果をとりまとめた。領域内の成果は領域HPにおいても随時公開をしている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画していた項目はほぼ達成されており、計画通り進展していると判断している。一部総括班で共同購入する試薬の欠品があったものの、計画全体には大きな遅滞はない。

Strategy for Future Research Activity

領域の最終年度にあたり、引き続き班会議などを開催して、領域内の交流・共同研究を推進する。また、比較的規模の大きな学会においてシンポジウムやワークショップを開催し、本領域の成果を一般に公表する。また成果を報告書にとりまとめ、本領域の到達点を明確にする。

  • Research Products

    (25 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 14 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 8 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Efficacy of the beta2-adrenergic receptor is determined by conformational equilibrium in the transmembrane region2012

    • Author(s)
      Kofuku Y, Ueda T, Okude J, Shiraishi Y, Kondo K, Maeda M, Tsujishita H, Shimada I.
    • Journal Title

      Nat Commun.

      Volume: 3 Pages: 1045

    • DOI

      10.1038/ncomms2046

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An NMR method to study protein-protein interactions2012

    • Author(s)
      Nishida N, Shimada I.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 757 Pages: 129-137

    • DOI

      10.1007/978-1-61779-166-6_10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isotopic labeling of heterologous proteins in the yeast Pichia pastoris and Kluyveromyces lactis2012

    • Author(s)
      Sugiki T, Ichikawa O, Miyazawa-Onami M, Shimada I, Takahashi H.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 831 Pages: 19-36

    • DOI

      10.1007/978-1-61779-480-3_2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atypical membrane-embedded phosphatidylinositol 3,4-bisphosphate (PI(3,4)P2)-binding site on p47(phox) Phox homology (PX) domain revealed by NMR2012

    • Author(s)
      Stampoulis P, Ueda T, Matsumoto M, Terasawa H, Miyano K, Sumimoto H, Shimad I.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 17848-17859

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.332874

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for modulation of gating property of G protein-gated inwardly rectifying potassium ion channel (GIRK) by i/o-family G protein α subunit (Gαi/o)2012

    • Author(s)
      Mase Y, Yokogawa M, Osawa M, Shimada I.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 19537-19549

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.353888

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Segmental isotopic labeling of a 140 kDa dimeric multi-domain protein CheA from Escherichia coli by expressed protein ligation and protein trans-splicing2012

    • Author(s)
      Minato Y, Ueda T, Machiyama A, Shimada I, Iwai H.
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 53 Pages: 191-207

    • DOI

      10.1007/s10858-012-9628-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR study of ligand release from asialoglycoprotein receptor under solution conditions in early endosomes2012

    • Author(s)
      Onizuka T, Shimizu H, Moriwaki Y, Nakano T, Kanai S, Shimada I, Takahashi H.
    • Journal Title

      FEBS J

      Volume: 279 Pages: 2645-2656

    • DOI

      10.1111/j.1742-4658.2012.08643.x.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for the Golgi association by the pleckstrin homology domain of the ceramide trafficking protein (CERT)2012

    • Author(s)
      Sugiki T, Takeuchi K, Yamaji T, Takano T, Tokunaga Y, Kumagai K, Hanada K, Takahashi H, Shimada I.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 33706-33718

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of efficient electron transport between photosynthetic membrane proteins and plastocyanin in spinach revealed using nuclear magnetic resonance2012

    • Author(s)
      Ueda T, Nomoto N, Koga M, Ogasa H, Ogawa Y, Matsumoto M, Stampoulis P, Sode K, Terasawa H, Shimada I.
    • Journal Title

      Plant Cell

      Volume: 24 Pages: 4173-4186

    • DOI

      10.1105/tpc.112.102517

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional dynamics of proteins revealed by solution NMR2012

    • Author(s)
      Osawa M, Takeuchi K, Ueda T, Nishida N, Shimada I.
    • Journal Title

      Curr Opin Struct Biol

      Volume: 22 Pages: 660-669

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2012.08.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone resonance assignments for G protein α(i3) subunit in the GTP-bound state2012

    • Author(s)
      Mase Y, Yokogawa M, Osawa M, Shimada I.
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign

      Volume: 6 Pages: 217-220

    • DOI

      10.1007/s12104-012-9361-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatial distribution of cytoplasmic domains of the Mg(2+)-transporter MgtE, in a solution lacking Mg(2+), revealed by paramagnetic relaxation enhancement2012

    • Author(s)
      Imai S, Maruyama T, Osawa M, Hattori M, Ishitani R, Nureki O, Shimada I.
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta

      Volume: 1824 Pages: 1129-1135

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.06.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biological role of the two overlapping poly(A)-binding protein interacting motifs 2 (PAM2) of eukaryotic releasing factor eRF3 in mRNA decay.2012

    • Author(s)
      Osawa M, Hosoda N, Nakanishi T, Uchida N, Kimura T, Imai S, Machiyama A, Katada T, Hoshino S, Shimada I.
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 18 Pages: 1957-1967

    • DOI

      10.1261/rna.035311.112

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional equilibrium of the KcsA structure revealed by NMR2012

    • Author(s)
      Imai S, Osawa M, Mita K, Toyonaga S, Machiyama A, Ueda T, Takeuchi K, Oiki S, Shimada I.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 39634-39641

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.401265

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] NMRによる膜タンパク質の機能解明2013

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      よこはまNMR構造生物学研究会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2013-03-22
  • [Presentation] Functional Equilibrium of Membrane Proteins2013

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      Frontiers of NMR in Biology, Keystone Symposia,
    • Place of Presentation
      Snowbird, Utah, USA
    • Year and Date
      2013-01-17
  • [Presentation] Functional Dynamics of Membrane Proteins by NMR2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第85回生化学会年会
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市
    • Year and Date
      2012-12-11
    • Invited
  • [Presentation] NMRによる膜タンパク質の機能解明2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第34回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都府京都市
    • Year and Date
      2012-11-15
    • Invited
  • [Presentation] Functional Dynamics of Membrane Proteins2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      The 3rd International Symposium on Drug Discovery and Design by NM
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2012-10-11
    • Invited
  • [Presentation] Functional Dynamics of Membrane Proteins2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      2012-08-21
    • Invited
  • [Presentation] 膜タンパク質を対象としたNMR創薬基盤技術2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第25回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京都港区
    • Year and Date
      2012-08-09
    • Invited
  • [Presentation] NMRによる膜タンパク質の機能解明2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第13回若手NMR研究会
    • Place of Presentation
      北海道、支笏湖
    • Year and Date
      2012-07-20
    • Invited
  • [Presentation] NMRを用いた膜タンパク質の機能解明2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      2012-06-22
    • Invited
  • [Presentation] Dynamical aspects of membrane proteins2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      INPEC2012
    • Place of Presentation
      台北、台湾
    • Year and Date
      2012-04-06
    • Invited
  • [Remarks] 過渡的複合体 領域HP

    • URL

      http://ishimada.f.u-tokyo.ac.jp/public_html/tmc/

URL: 

Published: 2018-12-17  

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