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2014 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノムを支える非コードDNA領域の機能

Administrative Group

Project AreaFunctions of non-coding DNA region for genome integrity
Project/Area Number 23114001
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

小林 武彦  国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (40270475)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中山 潤一  名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 教授 (60373338)
太田 邦史  東京大学, 総合文化研究科, 教授 (90211789)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2016-03-31
Keywords非コードDNA / 反復配列 / インターメア / テロメア / セントロメア / クロマチンネットワーク
Outline of Annual Research Achievements

真核細胞ゲノムの大半はタンパク質をコードしていない非コードDNA領域である。この領域は染色体を制御、維持する作用を担っていると考えられるが、その実体は不明な点がほとんどである。本研究領域では研究者間の強力な連携体制を築き、非コードDNA領域による染色体制御機構の全貌解明を目的とする。具体的には染色体“本体部”の非コード機能配列を“インターメア”と名付け、その実体を明らかにする。さらに他の非コード機能配列であるテロメア、セントロメアを含んだ3メア間のクロマチンネットワークによる染色体統御機構を解明する。本総括班では、各研究者間の共同研究・情報交換の促進や、対外的な成果発表・情報発信、我が国の関連領域への波及効果促進などを目指す。
26年度の活動報告:
残すところ2年となった本領域の成果を総括班としてどのようにまとめて社会に発信するかを相談した。1つとしては日本語の出版物の作成に取りかかった。27年秋に出版する予定である。
多くの計画班が関わった共同研究である野生型分裂酵母のゲノム解析を論文として発表した。
第7回領域会議を新公募班員も交えて7月に湯河原で行った。ニュースレターの第6号、第7号を出版し関係者に配布した。翌2月に領域主催の高校生向け公開講演会「ゲノムの調べ」を横浜で行った。この会は、ゲノム研究に親しみをもってもらえるように、塩基配列を音符に読み替え、ピアノ演奏と歌を織り交ぜ様々なゲノムの機能配列を表現した画期的な会で、関東を中心に遠くは静岡から約30名の参加があり大変好評であった。
すべての班会議には学術調査官の先生及び評価委員の先生に出席頂いた。多くの班員が参加する「染色体ワークショプ、核ダイナミクス研究会」及び「3R 国際meeting」の後援をした。また夏に高校生向けの実習を国立遺伝学研究所で行った。詳しい活動報告は当班のホームページに掲載している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り2回の領域会議、総括班会議の開催、ニュースレターの発行、高校生向けの講演会「ゲノムの調べ」、高校生向けの実習を実施できたため。

Strategy for Future Research Activity

現在のところ特段の問題はなく、共同研究も順調に進行している。領域としての研究活動は最後の年になるので研究成果のまとめと発表を積極的に推し進める。27年度も計画通り、年2回のペースで領域会議の開催、ニュースレターの発行をルーティンとして行ない、加えて国際会議「非コードDNAと染色体の安定性」を夏に淡路島で、終了シンポジウムを春に東京で行う予定である。

  • Research Products

    (24 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 9 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 8 results) Book (1 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Dynamic transition of transcription and chromatin landscape during fission yeast adaptation to glucose starvation.2015

    • Author(s)
      Oda A, Takemata N, Hirata Y, Miyoshi T, Suzuki Y, Sugano S, Ohta K.
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 20 Pages: 392-407

    • DOI

      10.1111/gtc.12229

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] The Human PolI Transcription Terminator Complex Acts as a Replication Fork Barrier that Coordinates the Progress of Replication with rRNA Transcription Activity.2015

    • Author(s)
      Akamatsu Y, Kobayashi T.
    • Journal Title

      Mol Cell Biol.

      Volume: 35 Pages: 1871-1881

    • DOI

      10.1128/MCB.01521-14. Epub 2015 Mar 16.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Antagonistic controls of chromatin and mrna start site selection by Tup family corepressors and the CCAAT-binding factor.2015

    • Author(s)
      Asada R, Takemata N, Hoffman CS, Ohta K, Hirota K.
    • Journal Title

      Mol Cell Biol.

      Volume: 35 Pages: 847-855

    • DOI

      10.1128/MCB.00924-14.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Environmental factors that affect pupation decision in the horned flour beetle Gnatocerus cornutus2015

    • Author(s)
      Takane Ozawa, Kunihiro Ohta, Masakazu Shimada, Kensuke Okada, Yasukazu Okada
    • Journal Title

      Zoological Science

      Volume: 32 Pages: 183-187

    • DOI

      10.2108/zs140203

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Ribosomal RNA gene repeats, their stability and cellular senescence2014

    • Author(s)
      Kobayashi T
    • Journal Title

      Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci.

      Volume: 90 Pages: 119-129

    • DOI

      http://doi.org/10.2183/pjab.90.119

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Population Genomics of the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe.2014

    • Author(s)
      Fawcett JA, Iida T, Takuno S, Sugino RP, Kado T, Kugou K, Mura S, Kobayashi T, Ohta K, Nakayama J, Innan H.
    • Journal Title

      PLoS One.

      Volume: 9 Pages: e104241

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0104241

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] N-terminal phosphorylation of HP1α increases its nucleosome-binding specificity.2014

    • Author(s)
      Nishibuchi G, Machida S, Osakabe A, Murakoshi H, Hiragami-Hamada K, Nakagawa R, Fischle W, Nishimura Y, Kurumizaka H, Tagami H, Nakayama JI.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 42 Pages: 12498-12511

    • DOI

      10.1093/nar/gku995

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Physical and Functional Interactions between the Histone H3K4 Demethylase KDM5A and the Nucleosome Remodeling and Deacetylase (NuRD) Complex.2014

    • Author(s)
      Nishibuchi G, Shibata Y, Hayakawa T, Hayakawa N, Ohtani Y, Shinmyozu K, Tagami H, Nakayama JI.
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: 289 Pages: 28956-28970

    • DOI

      10.1074/jbc.M114.573725.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Biochemical and structural properties of heterochromatin protein 1: understanding its role in chromatin assembly.2014

    • Author(s)
      Nishibuchi G, Nakayama J
    • Journal Title

      J Biochem

      Volume: 56 Pages: 11-20

    • DOI

      10.1093/jb/mvu032.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] HP1における分裂期特異的リン酸化の動的制御とその機能2014

    • Author(s)
      西淵剛平、中山潤一
    • Organizer
      第32回染色体ワークショップ、第13回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      広島市、安芸グランドホテル
    • Year and Date
      2014-12-16 – 2014-12-16
  • [Presentation] Stability of ribosomal RNA gene cluster and cellular senescence2014

    • Author(s)
      小林武彦
    • Organizer
      Vienna Biocenter seminar
    • Place of Presentation
      オーストリア、ウイーン
    • Year and Date
      2014-12-04 – 2014-12-06
    • Invited
  • [Presentation] Instability of repetitive sequence and cellular senescence2014

    • Author(s)
      小林武彦
    • Organizer
      日本分子生物学会シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜、パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Invited
  • [Presentation] ゲノムの安定性と細胞老化2014

    • Author(s)
      小林武彦
    • Organizer
      第87回 日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都、京都国際会議場
    • Year and Date
      2014-10-18 – 2014-10-18
    • Invited
  • [Presentation] HP1のリン酸化はH3K9me3 nucleosomeに対する結合特異性を制御している2014

    • Author(s)
      西淵剛平、町田晋一、越阪部晃永、村越大夢、濱田京子、中川れい子、Wolfgang Fischle、胡桃坂仁志、田上英明、中山潤一
    • Organizer
      第87回 日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都市、京都国際会議場
    • Year and Date
      2014-10-16 – 2014-10-16
  • [Presentation] rDNA Instability and Cellular Senescence2014

    • Author(s)
      小林武彦
    • Organizer
      Gordon research conference
    • Place of Presentation
      香港、香港科学技術大学
    • Year and Date
      2014-07-06 – 2014-07-11
    • Invited
  • [Presentation] Meiotic DSB Cold Spots in Yeast Chromosomal Axes2014

    • Author(s)
      太田邦史
    • Organizer
      2014 Meiosis Gordon Research Conference
    • Place of Presentation
      米国、ニューハンプシャー州
    • Year and Date
      2014-06-01 – 2014-06-06
    • Invited
  • [Presentation] Role of Heterochromatin Protein 1 in higher-order chromatin assembly2014

    • Author(s)
      Jun-ichi Nakayama
    • Organizer
      IIAS Research Conference 2014 Chromatin Decoding
    • Place of Presentation
      木津川市、国際高等研究所
    • Year and Date
      2014-05-14 – 2014-05-14
    • Invited
  • [Presentation] Epigenetics and dynamics of non-coding genome2014

    • Author(s)
      太田邦史
    • Organizer
      高等研カンファレンス2014
    • Place of Presentation
      京都府木津川市、国際高等研究所
    • Year and Date
      2014-05-12 – 2014-05-15
    • Invited
  • [Presentation] 栄養代謝・環境要素のエピゲノムへの影響2014

    • Author(s)
      太田邦史
    • Organizer
      第87回日本内分泌学会学術総会
    • Place of Presentation
      福岡市
    • Year and Date
      2014-04-24 – 2014-04-25
    • Invited
  • [Book] 遺伝子が語る生命38億年の謎―なぜ、ゾウはネズミより長生きか?2014

    • Author(s)
      小林武彦(共著)
    • Total Pages
      248(124-133)
    • Publisher
      悠書館
  • [Remarks] ゲノムを支える非コードDNA領域の機能

    • URL

      http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~jnakayam/ncDNA.html

  • [Remarks] 小林研究室

    • URL

      http://lafula-com.info/kobayashiken/CytoGen/

  • [Remarks] 中山研究室

    • URL

      http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~jnakayam/

  • [Remarks] 太田研究室

    • URL

      http://www.ohta-lab.c.u-tokyo.ac.jp/

URL: 

Published: 2016-06-01  

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