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2021 Fiscal Year Annual Research Report

進化のゆらぎ応答理論の確立と多階層・発生過程への展開

Planned Research

Project AreaEvolutionary theory for constrained and directional diversities
Project/Area Number 17H06386
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

金子 邦彦  東京大学, 大学院総合文化研究科, 名誉教授 (30177513)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤本 仰一  大阪大学, 大学院理学研究科, 准教授 (60334306)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2022-03-31
Keywords表現型進化 / ゆらぎ / 安定性 / 可塑性 / 発生進化対応
Outline of Annual Research Achievements

(i)表現型進化の方向性と拘束の理論:進化により表現型変化が低次元空間に拘束されることをタンパクのデータを用いて確認した。遺伝子制御ネットワークにおいては適応ダイナミクスが進化により低次元に束縛され、これいよる交差適応度の関係を求め、マクロポテンシャル理論で説明した。有性生殖下での進化シミュレーションにより、集団的なメンデル顕性、そして雑種強勢ならびに雑種で発現揺らぎの逓減を示した。
(ii) 階層進化理論:原始細胞においてセントラルドグマが出現する条件を細胞内分子数と変異率に関するスケーリング関係で示した。生態系レベルでは細胞が有用成分をもらすことで多種共生が生じ、それにより安定した生態系が形づくられることを示した。ホストとパラサイトの相互作用により表現型の揺らぎを増す可塑性の進化が生まれることを示した。人間社会での家族構造の四類型が生じる条件とそれによる社会、経済構造を求めた。
(iii) 進化発生対応の理論:発生の砂時計仮説が発生過程のロバストネスと遅い遺伝子発現制御過程の進化により生じることを明らかにした。また、多細胞生物に関しては遺伝子発現とエピジェネティックスの相互フィードバックで安定した分化、さらには分化した細胞の少数遺伝子強制発現でのリプログラミングを理論的に明らかにした。
[藤本グループ]動植物において、表現型の種間多様性の定量解析を進め、その発生基盤を数理モデルから予測し、実験的検証をした。完全変態昆虫では、サイズ進化の法則、被子植物では根端の形状に種を超えた普遍性を見出した。被子植物の花の多様性やコケ植物の葉の形を調節する発生ルールを数理モデルから予測した。被子植物のらせん状と同心円状、イソギンチャクの左右対称性と放射対称性など動植物のボディプランに種内多型を見出し、その発生基盤をモデルから予測した。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (46 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (16 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 16 results,  Open Access: 16 results) Presentation (30 results) (of which Int'l Joint Research: 14 results,  Invited: 11 results)

  • [Journal Article] Generic optimization by fast chaotic exploration and slow feedback fixation2023

    • Author(s)
      Matsushita Yuuki、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 5 Pages: 023017

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.5.023017

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Avoidance of error catastrophe via proofreading innate to template-directed polymerization2023

    • Author(s)
      Matsubara Yoshiya J.、Takeuchi Nobuto、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 5 Pages: 013170

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.5.013170

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Autotoxin-mediated latecomer killing in yeast communities2022

    • Author(s)
      Oda Arisa H.、Tamura Miki、Kaneko Kunihiko、Ohta Kunihiro、Hatakeyama Tetsuhiro S.
    • Journal Title

      PLOS Biology

      Volume: 20 Pages: e3001844

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3001844

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Statistical Trends of Protein Evolution: A Lesson from AlphaFold Database2022

    • Author(s)
      Tang Qian-Yuan、Ren Weitong、Wang Jun、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 39 Pages: msac197

    • DOI

      10.1093/molbev/msac197

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Heterosis of fitness and phenotypic variance in the evolution of a diploid gene regulatory network2022

    • Author(s)
      Okubo Kenji、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 1 Pages: pgac097

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac097

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dynamical systems theory of cellular reprogramming2022

    • Author(s)
      Matsushita Yuuki、Hatakeyama Tetsuhiro S.、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 4 Pages: L022008

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.4.L022008

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Emergence of kinship structures and descent systems: multi-level evolutionary simulation and empirical data analysis2022

    • Author(s)
      Itao Kenji、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences

      Volume: 289 Pages: 20212641

    • DOI

      10.1098/rspb.2021.2641

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 器官の形に共通性をもらたらす物理2022

    • Author(s)
      郷達明, 藤原基洋, 津川暁, 藤本仰一
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 62 Pages: 7~12

    • DOI

      10.2142/biophys.62.7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Evolution of phenotypic fluctuation under host-parasite interactions2021

    • Author(s)
      Nishiura Naoto、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 17 Pages: e1008694

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1008694

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exploitation by asymmetry of information reference in coevolutionary learning in prisoner’s dilemma game2021

    • Author(s)
      Fujimoto Yuma、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Journal of Physics: Complexity

      Volume: 2 Pages: 045007

    • DOI

      10.1088/2632-072X/ac301a

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A scaling law of multilevel evolution: how the balance between within- and among-collective evolution is determined2021

    • Author(s)
      Takeuchi Nobuto、Mitarai Namiko、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Genetics

      Volume: 220 Pages: iyab182

    • DOI

      10.1093/genetics/iyab182

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Evolution of family systems and resultant socio-economic structures2021

    • Author(s)
      Itao Kenji、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Humanities and Social Sciences Communications

      Volume: 8 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1057/s41599-021-00919-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dynamics-Evolution Correspondence in Protein Structures2021

    • Author(s)
      Tang Qian-Yuan、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Physical Review Letters

      Volume: 127 Pages: 098103

    • DOI

      10.1103/PhysRevLett.127.098103

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Entangled gene regulatory networks with cooperative expression endow robust adaptive responses to unforeseen environmental changes2021

    • Author(s)
      Inoue Masayo、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 3 Pages: 033183

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.3.033183

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Evolution of dominance in gene expression pattern associated with phenotypic robustness2021

    • Author(s)
      Okubo Kenji、Kaneko Kunihiko
    • Journal Title

      BMC Ecology and Evolution

      Volume: 21 Pages: 110

    • DOI

      10.1186/s12862-021-01841-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polymorphism in the symmetries of gastric pouch arrangements in the sea anemone D. lineata2021

    • Author(s)
      Sarper Safiye E.、Hirai Tamami、Matsuyama Take、Kuratani Shigeru、Fujimoto Koichi
    • Journal Title

      Zoological Letters

      Volume: 7 Pages: 12

    • DOI

      10.1186/s40851-021-00180-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Dynamical systems theory of robust cell differentiation and reprogramming2022

    • Author(s)
      Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      Net Bio Med 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Universal biology in adaptation and evolution: dimensional reduction and fluctuation-response relationship2022

    • Author(s)
      Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      2nd Biology for Physics Conference "Biological Evolution and Nonequilibrium Physics: Close Encounters"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Harnessing Complexity through Evolutionary Dimensional Reduction2022

    • Author(s)
      Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      Evolution of Complexity from the Statistical Physics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Universal Biology in Adaptation and Evolution: Dimensional Reduction, and Fluctuation-Response Relationship2022

    • Author(s)
      Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      IBS-BIMAG Colloquium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The direction of protein evolution: A lesson from AlphaFold Database2022

    • Author(s)
      唐乾元A, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 二倍体遺伝子発現制御ネットワークにおけるヘテロシスの進化と適応度地形2022

    • Author(s)
      大窪健児, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 速い遺伝子制御ダイナミクスと遅いエピジェネティック制御との相互作用による細胞分化とリプログラミングの力学系理論2022

    • Author(s)
      松下優貴, 畠山哲央, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 鋳型指示重合に内在する校正効果によるエラーカタストロフの回避2022

    • Author(s)
      松原嘉哉, 竹内信人, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 贈与関係による階層構造の生成2022

    • Author(s)
      板尾健司, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] Heterosis Related to Fitness and Phenotypic Variance in the Evolution of Diploid Gene Regulatory Network2022

    • Author(s)
      Kenji Okubo
    • Organizer
      Fifth Bangalore School on Population Genetics and Evolution
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Quantitative modeling of multicellular mechanics promoting pathogenesis and organogenesis2022

    • Author(s)
      Koichi Fujimoto
    • Organizer
      International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The advantage of leakage of essential metabolites and resultant symbiosis of diverse microbes2021

    • Author(s)
      山岸純平, 斉藤稔, 金子邦彦
    • Organizer
      日本生物物理学大会
  • [Presentation] 多階層進化モデルによる社会構造の生成2021

    • Author(s)
      板尾健司
    • Organizer
      統計物理と統計科学のセミナー
    • Invited
  • [Presentation] 婚姻交換による親族構造形成のダイナミクス2021

    • Author(s)
      板尾健司、金子邦彦
    • Organizer
      日本人類学会大会
  • [Presentation] Microbial Potlatch: The advantage of leakage of essential metabolites and resultant symbiosis of diverse species2021

    • Author(s)
      山岸純平, 斉藤稔, 金子邦彦
    • Organizer
      国際生物物理学大会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 親族構造と出自様式の多階層進化2021

    • Author(s)
      板尾健司, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] アロステリック効果の進化モデルと次元圧縮仮説2021

    • Author(s)
      坂田綾香, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 遺伝子発現制御系の進化における発現パターン顕性2021

    • Author(s)
      大窪健児, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 細胞集団系における低次元摂動応答2021

    • Author(s)
      山岸純平, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] The Dynamics-Evolution Correspondence in Protein Structures2021

    • Author(s)
      唐乾元, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] Universal Biology in Adaptation and Evolution: Dimensional Reduction, and Fluctuation-Response Relationship2021

    • Author(s)
      金子邦彦
    • Organizer
      Statistical Physics of Complex Systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Relevance of Noise to Adaption and Evolution2021

    • Author(s)
      金子邦彦
    • Organizer
      Storchastic Resonance 40
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細胞配置と器官配置の周期を構成し変調するメリステム動態の理論生物学2021

    • Author(s)
      藤本仰一,鎌本直也,北沢美帆,嶋村正樹
    • Organizer
      日本植物学会第83回大会 シンポジウム「異分野協調と周期の変調で解き明かす植物の発生メカニズム」
    • Invited
  • [Presentation] 細胞から個体に至る動植物の形を定量し生まれる仕組みを探る数理2021

    • Author(s)
      藤本仰一
    • Organizer
      第23回日本進化学会 夏の学校
  • [Presentation] Heterosis, Phenotypic Variance and Dominance in Diploid Gene Regulatory Network2021

    • Author(s)
      大窪健児
    • Organizer
      AsiaEvo Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Evolution of kinship structures driven by marriage tie and competition.2021

    • Author(s)
      Kenji Itao and Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      International Conference on Computational Social Science
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Multi-level evolution of families and societies reveals the universality in anthropological phenomena2021

    • Author(s)
      Kenji Itao
    • Organizer
      Mathematical geographical modelling for environmental humanities(数理地理モデリング研究会2021年ワークショップ)
    • Invited
  • [Presentation] Evolution of kinship structures driven by marriage tie and competition.2021

    • Author(s)
      Kenji Itao and Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      Human Behavior & Evolution Society 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Macroscopic Theory for Adaptation and Evolution: Multilevel Consistency, Dimensional Reduction, and Fluctuation-Response Relationship2021

    • Author(s)
      Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      Solvay Workshop on ‘Nonlinear Phenomena and Complex Systems'
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Evolution of kinship structures driven by marriage tie and competition.2021

    • Author(s)
      Kenji Itao and Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      Cultural Evolution Society Conference 2021 Sapporo
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-12-25  

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