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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Statistical physics and energetics for autonomous motion and functional design in active molecular engines

Planned Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 18H05427
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

前多 裕介  九州大学, 理学研究院, 准教授 (30557210)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 鳥谷部 祥一  東北大学, 工学研究科, 教授 (40453675)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords分子モーター / アクティブマター / エネルギー論 / 集団運動
Outline of Annual Research Achievements

本研究では,発動分子の集団運動制御と機能発現のための理論・実験基盤を構築することを目標に研究を進めてきた.前多Gでは,発動分子集団が示す非平衡ダイナミクスと構造形成の理解を通じて,自律的な物質輸送などの機能創出につなげることを目指した研究を行った.本年度は分子モーターを内包する人工細胞が周囲環境との摩擦力を介して非接着型の自律運動を実現することを明らかにすると共に(PNAS 2022),この人工細胞内に現れるアクトミオシン収縮波が細胞空間に拘束されたアクティブゲルの力学モデルで説明することに成功した(Phys Rev Res 2023).また,分子モーターによる細胞骨格構造体の成熟過程を機械学習法から解析し,可塑的安定性に関わる分子要素を同定した(PNAS2022).以上の成果は,発動分子の集団運動の理解を基に,自律的動作と安定性を両立する機能分子材料の創出につながるものといえる.

鳥谷部Gでは,領域発足時より,生体分子機械のもつ高効率なエネルギー変換機構や整流作用を明らかにし,人工発動分子の設計指針を得ることを目標に研究を進めてきた.今年度は,昨年度から引き続き,回転分子モーターF1-ATPaseが持つ整流機構について,実験と理論の力面から研究を進めた.現在,論文を執筆中である(Nakayama and Toyabe).また,F1-ATPaseが持つ効率的なエネルギー変換機構を理解するため,外部トルクによる最適制御法を探索した.数値計算を用いて,線形応答領域での最適制御法を見出した(Gupta et al., 2022).さらに,1分子実験により,一定トルクで動かした場合と外部トラップで動かしたときの仕事量を比較し,後者の方が少なくなることを確認した.以上の結果は,特定の系によらない普遍的な性質を探求したものであり,最適な人工発動分子を設計するための指針として期待できる.

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (33 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 4 results) Presentation (23 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 8 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ミネソタ大学/サイモンフレーザー大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ミネソタ大学/サイモンフレーザー大学
  • [Journal Article] State transitions of a confined actomyosin system controlled through contractility and polymerization rate2023

    • Author(s)
      Sakamoto Ryota、Miyazaki Makito、Maeda Yusuke T.
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 5 Pages: 013208

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.5.013208

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Error-suppression mechanism of PCR by blocker strands2023

    • Author(s)
      Aoyanagi Hiroyuki、Pigolotti Simone、Ono Shinji、Toyabe Shoichi
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 122 Pages: 1334~1341

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2023.02.028

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Negative autoregulation controls size scaling in confined gene expression reactions2022

    • Author(s)
      Maeda Yusuke T.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 10516

    • DOI

      10.1038/s41598-022-14719-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Collective motion of epithelial cells along a wrinkled 3D-buckled hydrogel2022

    • Author(s)
      Shigeta Kazuyuki、Fukuyama Tatsuya、Takahashi Riku、Beppu Kazusa、Tanaka Aya、Maeda Yusuke T.
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 12 Pages: 20174~20181

    • DOI

      10.1039/D2RA01768G

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Geometric trade-off between contractile force and viscous drag determines the actomyosin-based motility of a cell-sized droplet2022

    • Author(s)
      Sakamoto Ryota、Izri Ziane、Shimamoto Yuta、Miyazaki Makito、Maeda Yusuke T.
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences USA

      Volume: 119 Pages: e2121147119

    • DOI

      10.1073/pnas.2121147119

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Morphological growth dynamics, mechanical stability, and active microtubule mechanics underlying spindle self-organization2022

    • Author(s)
      Fukuyama Tatsuya、Yan Lucan、Tanaka Masahito、Yamaoka Megumi、Saito Kei、Ti Shih-Chieh、Liao Chung-Chi、Hsia Kuo-Chiang、Maeda Yusuke T.、Shimamoto Yuta
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences USA

      Volume: 119 Pages: e2209053119

    • DOI

      10.1073/pnas.2209053119

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Optimal Control of the F<sub>1</sub>-ATPase Molecular Motor2022

    • Author(s)
      Gupta Deepak、Large Steven J.、Toyabe Shoichi、Sivak David A.
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 13 Pages: 11844~11849

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c03033

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Exploring order in active turbulence: Geometric rule and pairing order transition in confined bacterial vortices2022

    • Author(s)
      Beppu Kazusa、Maeda Yusuke T.
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 19 Pages: e190020

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0020

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] F1-ATPaseが示すATP合成/分解の間での基質濃度依存性の非対称性のTASAMによる解析2023

    • Author(s)
      中山洋平,鳥谷部祥一
    • Organizer
      日本物理学会 2023年春季大会
  • [Presentation] パワーストローク型人工分子モーターの実現に向けて2023

    • Author(s)
      福田朗大, 佐藤佑介, 横山武司, 田中良和, 鳥谷部祥一
    • Organizer
      2022年度日本生物物理学会 北海道-東北支部合同支部会
  • [Presentation] 情報複製の物理と遺伝子工学2023

    • Author(s)
      鳥谷部祥一
    • Organizer
      生命の情報物理学 領域会議
    • Invited
  • [Presentation] 熱で揺らぐ系の最適制御と最適輸送― 生体分子マシンを例に ―2023

    • Author(s)
      鳥谷部祥一
    • Organizer
      Workshop OT 最適輸送とその周辺 - 機械学習から熱力学的最適化まで
    • Invited
  • [Presentation] 回転する弾性リボンの変形と圧縮による形態転移2023

    • Author(s)
      榎航平, 萩原宙, 前多裕介
    • Organizer
      日本物理学会 2023年春季大会
  • [Presentation] 筋芽細胞集団における位相欠陥と収縮流れによる形態制御原理2023

    • Author(s)
      家永竜, 別府航早, 前多裕介
    • Organizer
      日本物理学会 2023年春季大会
  • [Presentation] 上皮細胞における集団運動の幾何的制御と自律振動2023

    • Author(s)
      繁田和幸, 別府航早, 前多裕介
    • Organizer
      日本物理学会 2023年春季大会
  • [Presentation] アクトミオシンの秩序転移と摩擦力による自律運動2023

    • Author(s)
      前多裕介
    • Organizer
      生命の情報物理学 領域会議
    • Invited
  • [Presentation] Kinetic approach to suppress DNA hybridization error2022

    • Author(s)
      Hiroyuki Aoyanagi, Simone Pigolotti, Shinji Ono, Shoichi Toyabe
    • Organizer
      DNA28
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Kinetic error suppression of DNA hybridization2022

    • Author(s)
      Hiroyuki Aoyanagi, Simone Pigolotti, Shinji Ono, Shoichi Toyabe
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Kinetic approach to biotechnology2022

    • Author(s)
      Shoichi Toyabe
    • Organizer
      25th Anniversary Symposium of German-Japanese Joint Research Project on Nonequilibrium Statistical Physics Perspectives for Future Collaboration
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 非平衡統計力学入門:分子モーターの研究に物理がどう役に立つのか?2022

    • Author(s)
      鳥谷部祥一
    • Organizer
      第11回分子モーター討論会
    • Invited
  • [Presentation] Collective motion of epithelil cells in a 3D wrinkled hydrogel2022

    • Author(s)
      Kazuyuki Shigeta, Tatsuya Fukuyama, Riku Takahashi, Kazusa Beppu, Aya Tanaka, Yusuke T. Maeda
    • Organizer
      The World Congress of Biomechanics(WCB2022)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Geometry of phase transitions in confined active matter2022

    • Author(s)
      Yusuke T. Maeda
    • Organizer
      the 15th Asia Pacific Physics Conference (APPC15)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 無細胞発現系における液滴形成のダイナミクス2022

    • Author(s)
      加藤修三, David Garenne, Vincent Noireaux, 前多裕介
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 上皮細胞の集団運動とペアリング秩序転移2022

    • Author(s)
      繁田和幸, 別府航早, 田中あや, 前多裕介
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 筋芽細胞集団が示す位相欠陥と収縮性流れの幾何的制御2022

    • Author(s)
      家永竜, 別府航早, 前多裕介
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Single molecule observation of kinesin-1 on collectively aligned microtubules2022

    • Author(s)
      Tomoka Kashiwabara, Syeda Rubaiya Nasrin, Arif Md Rashedul Kabir, Akira Kakugo, Yusuke T. Maeda
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 筋芽細胞集団が示す位相欠陥と収縮性流れの幾何学的制御2022

    • Author(s)
      家永竜, 別府航早, 前多裕介
    • Organizer
      第10回ソフトマター研究会
  • [Presentation] 無細胞発現系の相分離ダイナミクスと塩依存的な形状緩和過程2022

    • Author(s)
      加藤修三, David Garenne, Vincent Noireax, 前多裕介
    • Organizer
      第10回ソフトマター研究会
  • [Presentation] 溶液物性制御に基づく遊泳バクテリアのアクティブ乱流状態の解析2022

    • Author(s)
      松浦海人, 前多裕介
    • Organizer
      第10回ソフトマター研究会
  • [Presentation] Ordered patterns and geometric rule of multicellular systems explored in swimming bacterial population2022

    • Author(s)
      Yusuke T. Maeda, Kazusa Beppu
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 力が制御するアクトミオシンの秩序転移と自律運動・変形2022

    • Author(s)
      前多裕介
    • Organizer
      第11回分子モーター討論会
    • Invited
  • [Book] 生物物理学 (物理学アドバンストシリーズ)2022

    • Author(s)
      鳥谷部 祥一
    • Total Pages
      296
    • Publisher
      日本評論社
    • ISBN
      453578972X

URL: 

Published: 2023-12-25  

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