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2022 Fiscal Year Annual Research Report

ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

Planned Research

Project AreaChromatin potential for gene regulation
Project/Area Number 18H05534
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

胡桃坂 仁志  東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉山 正明  京都大学, 複合原子力科学研究所, 教授 (10253395)
河野 秀俊  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, プロジェクトディレクター (40291918)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywordsヌクレオソーム / クロマチン / 遺伝子発現 / 転写 / エピジェネティクス
Outline of Annual Research Achievements

真核生物において、遺伝情報を担うゲノムDNAは、4種類のヒストンとDNAから構成されるヌクレオソームにクロマチン制御因子群が結合することで、多様なクロマチンを形成している。このクロマチンの多様性によって遺伝子発現制御が成し遂げられると考えられる。本研究では、多様なクロマチンの形成機構とそのダイナミクスを明らかにすることで、遺伝子発現制御機構の解明を目指す。本年度は、以下の項目1-4の研究を継続した。(項目1)リンカーヒストンにより構築されるヌクレオソーム高次構造の解明:リンカーヒストン機能ホモログとヌクレオソームとの複合体の立体構造解明に成功した。さらに、そのクロマチン上での機能解析を生化学的手法を用いて行った。(項目2)ヘテロクロマチンの基盤となるヌクレオソーム高次構造の解明:複数のヘテロクロマチン関連タンパク質とジヌクレオソームとの複合体のクライオ電子顕微鏡解析を行った。様々な試料調製法や解析手法を検討することで、複合体の安定性や構造解析における分解能の向上を試みた。(項目3)遺伝子発現制御領域に形成されるヌクレオソーム高次構造の解明:骨格筋や脳において発現するヒストンバリアントH3mm18を含むヌクレオソームについて、生化学、構造生物学、細胞生物学、ゲノム生物学の手法を用いた機能・構造解析を行った。その結果、H3mm18がヌクレオソーム構造不安定性を引き起こすことが明らかになった。加えて、H3mm18の高発現により筋分化が抑制されることを見出した。(項目4)ヌクレオソーム高次構造と転写制御能の相関関係の解析:再構成ヌクレオソームを用いたin vitro転写反応系を用いて、ヒストンシャペロンFACT及び転写伸長複合体によって、RNAポリメラーゼIIが通過し崩壊したヌクレオソームが、RNAポリメラーゼIIの通過後に再形成されることを構造生物学的に明らかにした。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (104 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (21 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 18 results,  Open Access: 18 results) Presentation (78 results) (of which Int'l Joint Research: 21 results,  Invited: 6 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Stony Brook University/The University of Colorado(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Stony Brook University/The University of Colorado
  • [Int'l Joint Research] Institut Laue-Langevin(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Institut Laue-Langevin
  • [Journal Article] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Spontaneous Nucleosome Sliding of H2A.Z at the Subsecond Time Scale2023

    • Author(s)
      Morioka Shin、Sato Shoko、Horikoshi Naoki、Kujirai Tomoya、Tomita Takuya、Baba Yudai、Kakuta Takahiro、Ogoshi Tomoki、Puppulin Leonardo、Sumino Ayumi、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Kurumizaka Hitoshi、Shibata Mikihiro
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 23 Pages: 1696~1704

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.2c04346

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The cryo-EM structure of full-length RAD52 protein contains an undecameric ring2023

    • Author(s)
      Kinoshita Chiaki、Takizawa Yoshimasa、Saotome Mika、Ogino Shun、Kurumizaka Hitoshi、Kagawa Wataru
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 13 Pages: 408~418

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13565

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and biochemical analyses of the nucleosome containing Komagataella pastoris histones2022

    • Author(s)
      Fukushima Yutaro、Hatazawa Suguru、Hirai Seiya、Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 172 Pages: 79~88

    • DOI

      10.1093/jb/mvac043

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for binding diversity of acetyltransferase p300 to the nucleosome2022

    • Author(s)
      Hatazawa Suguru、Liu Jiuyang、Takizawa Yoshimasa、Zandian Mohamad、Negishi Lumi、Kutateladze Tatiana G.、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Pages: 104563~104563

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104563

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Nucleosome Structures Built from Highly Divergent Histones: Parasites and Giant DNA Viruses2022

    • Author(s)
      Sato Shoko、Dacher Mariko、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Epigenomes

      Volume: 6 Pages: 22~22

    • DOI

      10.3390/epigenomes6030022

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Method for Evaluating Effects of Non-coding RNAs on Nucleosome Stability2022

    • Author(s)
      Dacher Mariko、Fujita Risa、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      piRNA: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology

      Volume: 2509 Pages: 195~208

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2380-0_12

  • [Journal Article] Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT2022

    • Author(s)
      Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Shirouzu Mikako、Kurumizaka Hitoshi、Sekine Shun-ichi
    • Journal Title

      Science

      Volume: 377 Pages: eabp9466

    • DOI

      10.1126/science.abp9466

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for p53 binding to its nucleosomal target DNA sequence2022

    • Author(s)
      Nishimura Masahiro、Takizawa Yoshimasa、Nozawa Kayo、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 1 Pages: pgac177

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac177

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cryo-electron microscopy structure of the H3-H4 octasome: A nucleosome-like particle without histones H2A and H2B2022

    • Author(s)
      Nozawa Kayo、Takizawa Yoshimasa、Pierrakeas Leonidas、Sogawa-Fujiwara Chizuru、Saikusa Kazumi、Akashi Satoko、Luk Ed、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: e2206542119

    • DOI

      10.1073/pnas.2206542119

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis of RNA polymerase II transcription on the chromatosome containing linker histone H12022

    • Author(s)
      Hirano Rina、Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Uejima Tamami、Takizawa Yoshimasa、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35003-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Efficient Multiple Domain Ligation for Proteins Using Asparaginyl Endopeptidase by Selection of Appropriate Ligation Sites Based on Steric Hindrance2022

    • Author(s)
      Okuda Aya、Shimizu Masahiro、Inoue Rintaro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 62 Pages: e202214412

    • DOI

      10.1002/anie.202214412

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Extracting time series matching a small-angle X-ray scattering profile from trajectories of molecular dynamics simulations2022

    • Author(s)
      Shimizu Masahiro、Okuda Aya、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Yunoki Yasuhiro、Urade Reiko、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 9970

    • DOI

      10.1038/s41598-022-13982-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Data Collection for Dilute Protein Solutions via a Neutron Backscattering Spectrometer2022

    • Author(s)
      Tominaga Taiki、Nakagawa Hiroshi、Sahara Masae、Oda Takashi、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Life

      Volume: 12 Pages: 675~675

    • DOI

      10.3390/life12050675

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Tracking the Structural Development of Amyloid Precursors in the Insulin B Chain and the Inhibition Effect by Fibrinogen2022

    • Author(s)
      Yamamoto Naoki、Inoue Rintaro、Makino Yoshiteru、Sekiguchi Hiroshi、Shibayama Naoya、Naito Akira、Sugiyama Masaaki、Chatani Eri
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Pages: 10797~10812

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c05136

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Orchestration of Proteins in cyanobacterial Circadian Clock System 12022

    • Author(s)
      Sugiyama Masaaki、Morishima Ken、Yunoki Yasuhiro、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Yagi Hirokazu、Kato Koichi
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2022.08.26.505376

    • Open Access
  • [Journal Article] Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule2022

    • Author(s)
      Higo Junichi、Kasahara Kota、Bekker Gert-Jan、Ma Benson、Sakuraba Shun、Iida Shinji、Kamiya Narutoshi、Fukuda Ikuo、Kono Hidetoshi、Fukunishi Yoshifumi、Nakamura Haruki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 13792

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17920-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Free Energy Landscape of H2A-H2B Displacement From Nucleosome2022

    • Author(s)
      Ishida Hisashi、Kono Hidetoshi
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 434 Pages: 167707~167707

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2022.167707

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chemical catalyst/protein hybrid as artificial histone-modifying enzyme for epigenome manipulation2022

    • Author(s)
      Fujimura Akiko、Ishida Hisashi、Nozaki Tamiko、Azumaya Yuto、Ishiguro Tadashi、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi、Kono Hidetoshi、Yamatsugu Kenzo、Kawashima Shigehiro、Kanai Motomu
    • Journal Title

      ChemRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2022-xt610

    • Open Access
  • [Journal Article] 多分散・多成分溶液中の生体高分子の構造解析のための小角散乱と各種成分分離手法の複合的アプローチ2022

    • Author(s)
      守島健、佐藤信浩、井上倫太郎、杉山正明
    • Journal Title

      波紋

      Volume: 32 Pages: 16-20

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 時計タンパク質複合体の構造解析を通して明らかとなった中性子小角散乱の強み2022

    • Author(s)
      柚木康弘、松本淳、守島健、Martel Anne、Porcar Lionel、佐藤信浩、與語理那、富永大輝、矢木真穂、井上倫太郎、河野秀俊、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
    • Journal Title

      波紋

      Volume: 32 Pages: 158-164

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] RNAPII driven post-translational modifications of nucleosomal histones2022

    • Author(s)
      Chan Justin、Kumar Amarjeet、Kono Hidetoshi
    • Journal Title

      Trends in Genetics

      Volume: 38 Pages: 1076~1095

    • DOI

      10.1016/j.tig.2022.04.010

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 蛋白質の階層構造ダイナミクスの解明2023

    • Author(s)
      中川洋、井上倫太郎、小田隆、矢木-内海真穂、斎尾智英、苙口友隆、長田裕也、杉山正明、佐藤衛、川北至信、岩瀬裕希、富永大輝、高田慎一
    • Organizer
      2022年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] BL02による希薄タンパク質溶液のデータ収集最適化2023

    • Author(s)
      富永大輝, 中川洋, 佐原雅恵, 小田隆, 井上倫太郎, 杉山正明
    • Organizer
      2022年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] X線小角散乱と全原子分子動力学シミュレーションによるα-glucosidaseの溶液構造研究2023

    • Author(s)
      會澤直樹、清水将裕、横田幸紀、守島健、柚木康弘、奥田綾、佐藤信浩、井上倫太郎、大田ゆかり、裏出令子、杉山正明
    • Organizer
      2022年度量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] The effect of Mg2+ ions on nucleosomal array under external force2023

    • Author(s)
      Amarjeet Kumar、Tomoko Sunami、Shoko Sato、Hitoshi Kurumizaka、Hidetoshi Kono
    • Organizer
      The 67th Biophysical Society Annual Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるクロマチン構造解析2022

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      日本顕微鏡学会 第78回学術講演会
  • [Presentation] Structural dynamics of the nucleosome during transcription elongation2022

    • Author(s)
      Kurumizaka Hitoshi
    • Organizer
      The 2022 (6th) Telluride Workshop on Chromatin Structure and Dynamics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Impact of torque and TF-binding on nucleosome investigated by molecular dynamics simulation and SAXS2022

    • Author(s)
      Kono Hidetoshi
    • Organizer
      The 2022 (6th) Telluride Workshop on Chromatin Structure and Dynamics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural insights into chromatin dynamics during gene expression2022

    • Author(s)
      Kurumizaka Hitoshi
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory "Epigenetics & Chromatin" Meeting
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 遺伝子転写におけるクロマチン構造ダイナミクス2022

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      2022年度国立遺伝学研究所クロマチン研究会 令和4年度遺伝研研究会 (クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御)
  • [Presentation] ジヌクレオソームを用いたヘテロクロマチン基盤構造のクライオ電子顕微鏡解析2022

    • Author(s)
      何承翰、鯨井智也、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      新学術領域・学術変革A合同「若手の会 2022」
  • [Presentation] ヒストンバリアントによるクロマチン転写の制御機構2022

    • Author(s)
      赤津綜隆、鯨井智也、滝沢由政、平野里奈、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      新学術領域・学術変革A合同「若手の会 2022」
  • [Presentation] ヌクレオソームにおけるヒストンN末端テールの機能2022

    • Author(s)
      大石匠美、畠澤卓、鯨井智也、林剛介、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      新学術領域・学術変革A合同「若手の会 2022」
  • [Presentation] エピジェネティックな遺伝子制御のクロマチン構造基盤2022

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 病原性寄生虫Giardia lambliaのクロマチン基盤構造2022

    • Author(s)
      佐藤 祥子、滝沢 由政、Dacher Mariko、田中大貴、立和名博昭、飯倉ゆかり、鯨井智也、Ho Cheng-Han、安達成彦、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] リンカーヒストンH1を含むヘテロクロマチン基盤構造のクライオ電顕解析2022

    • Author(s)
      何承翰、鯨井智也、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 転写におけるクロマチン構造の維持機構2022

    • Author(s)
      赤津綜隆、江原晴彦、鯨井智也、藤田理紗、滝沢由政、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] メタノール資化酵母 K. pastorisヌクレオソームにおける転写解析およびcryo-EM構造解析2022

    • Author(s)
      福島友太郎、畠澤卓、平井誠也、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] ヒストンアセチル化酵素p300によるヌクレオソーム結合の構造基盤2022

    • Author(s)
      畠澤卓、Liu Jiuyang、滝沢由政、Zandian Mohamad、根岸瑠美、Kutateladze Tatiana G.、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] ヒストンN末端テールがヌクレオソームの機能に与える影響2022

    • Author(s)
      大石匠美、畠澤卓、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 核内タンパク質による高次クロマチン形成機構の構造生物学的解析2022

    • Author(s)
      堀越直樹、三宅諒祐、曽川千鶴、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡による色素性乾皮症E群タンパク質DDB2の紫外線損傷認識機構の解明2022

    • Author(s)
      松本翔太、滝沢由政、小笠原光雄、橘春奈、山元淳平、岩井成憲、菅澤薫、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] 転写におけるクロマチン構造とダイナミクス2022

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントを標的とした細胞核抽出クロマチンの構造解析2022

    • Author(s)
      塩井琢郎、畠澤卓、大川恭行、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡解析から明らかになった新しいサブヌクレオソーム・H3-H4オクタソームの構造機能解析2022

    • Author(s)
      野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] H3-H4オクタソーム上で起こる転写機構の解析2022

    • Author(s)
      大井茉祐子、野澤佳世、西村正宏、滝沢由政、鯨井智也、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] piRNA因子Rhinoとヌクレオソームの複合体構造解析2022

    • Author(s)
      大畑健汰、大角健、滝沢由政、塩見美喜子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ピキア酵母ヌクレオソームの立体構造および転写解析2022

    • Author(s)
      福島友太郎、畠澤卓、平井誠也、鯨井智也、江原晴彦、滝沢由政、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントH3.8を含むヌクレオソームの性状解析2022

    • Author(s)
      平井誠也、鯨井智也、大川恭行、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 転写共役修復におけるRNAポリメラーゼII-ヌクレオソーム複合体の構造ダイナミクス2022

    • Author(s)
      大角健、鯨井智也、滝沢由政、江原晴彦、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] クロマチン結合因子DEKの構造とクロマチン制御機構2022

    • Author(s)
      鯨井智也、越後谷健太、岸雄介、滝沢由政、佐伯麻衣、増本博司、木村宏、後藤由季子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 細胞核内より抽出したクロマチンユニットのクライオ電顕構造解析2022

    • Author(s)
      滝沢由政、畠澤卓、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] NSD2酵素のメチル基付加機構と翻訳後修飾のヌクレオソームに与える影響2022

    • Author(s)
      河野秀俊、Kumar Amarjeet、佐藤光、仙石徹
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] ヌクレオソームDNAのほどけやすさに見られる非対称性2022

    • Author(s)
      角南智子、石田恒、河野秀俊
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 転写におけるヌクレオソーム構造のダイナミクス2022

    • Author(s)
      鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] クロマトソーム上での転写伸長機構に関する解析2022

    • Author(s)
      平野里奈、江原晴彦、鯨井智也、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] 転写因子p53によるヌクレオソーム中のDNA配列認識機構の構造的研究2022

    • Author(s)
      西村正宏
    • Organizer
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] NSD2によるヌクレオソーム上H3 Lys36メチル化の構造基盤2022

    • Author(s)
      仙石徹、佐藤光、クマールアマラジート、濱田恵輔、河野秀俊、緒方一博
    • Organizer
      第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるヒトヌクレオソームの高分解能構造解析2022

    • Author(s)
      滝沢由政、佐藤祥子、何承翰、ダネフラドスティン、胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 新しいクロマチン基盤構造 H3-H4 オクタソームのクライオ電子顕微鏡解析2022

    • Author(s)
      野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 小角散乱及び中性子準弾性散乱によるHef-IDRの構造・ダイナミクス解析2022

    • Author(s)
      井上 倫太郎、小田隆、中川洋、富永大輝、川北至信、佐藤衛、杉山 正明
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] X線小角散乱プロファイルと粗視化分子動力学計算に基づく4ドメインタンパク質ER-60の構造研究2022

    • Author(s)
      清水将裕、奥田綾、守島健、柚木康弘、井上倫太郎、佐藤信浩、裏出令子、杉山正明
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 小角散乱と超遠心分析を組み合わせた多分散溶液中の蛋白質構造解析法の開発2022

    • Author(s)
      守島健、奥田綾、佐藤信浩、井上倫太郎、清水将裕、柚木康弘、裏出令子、杉山正明
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 生物物理と計算科学の統合手法による時計タンパク質KaiABC複合体全長の溶液構造の解明2022

    • Author(s)
      柚木康弘、松本淳、守島健、マーテル アン、ポーカー リオネル、佐藤信浩、與語理那、富永大輝、井上倫太郎、矢木真穂、奥田綾、清水将裕、裏出令子、寺内一姫、河野秀俊、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] X線小角散乱法による酸化的フォールディング酵素ER-60の溶液構造解析2022

    • Author(s)
      奥田綾、清水将裕、守島健、井上倫太郎、佐藤信浩、柚木康弘、裏出令子、杉山正明
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] ヌクレオソームとその関連タンパク質との相互作用2022

    • Author(s)
      河野秀俊
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] ヌクレオソームDNAの配列依存的アンラッピングのFRET解析2022

    • Author(s)
      角南智子、河野秀俊
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] JRR3で最先端の生体高分子の中性子溶液散乱を!2022

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      日本中性子科学会第22回年会
  • [Presentation] 好熱性古細菌由来天然変性タンパク質の生理的温度における動的構造とダイナミクス2022

    • Author(s)
      小田隆、井上倫太郎、富永大輝、中川洋、守島健、岩瀬裕希、石野良純、佐藤衛、杉山正明
    • Organizer
      日本中性子科学会第22回年会
  • [Presentation] 超遠心分析と小角散乱の複合手法による時計タンパク質複合体の溶液構造解析2022

    • Author(s)
      守島健、柚木康弘、清水将裕、奥田綾、井上倫太郎、佐藤信浩、矢木宏和、加藤晃一、杉山正明
    • Organizer
      日本中性子科学会第22回年会
  • [Presentation] 逆転コントラスト同調中性子小角散乱解析を目指したER-60の重水素化試料調製2022

    • Author(s)
      奥田綾、井上倫太郎、守島健、柚木康弘、清水将裕、佐藤信浩、裏出令子、杉山正明
    • Organizer
      日本中性子科学会第22回年会
  • [Presentation] 高濃度環境下のα-クリスタリンのサブユニット交換2022

    • Author(s)
      井上倫太郎、守島健、奥田綾、佐藤信浩、 杉山正明
    • Organizer
      日本中性子科学会第22回年会
  • [Presentation] Future Perspective of Biological Small-Angle Scattering2022

    • Author(s)
      Sugiyama M
    • Organizer
      Neutron Scattering on continuous sources - future developments, US-Japan workshop, Oak Ridge National Laboratory, USA
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] SANS for soft matter2022

    • Author(s)
      Inoue R, Sugiyama M
    • Organizer
      Neutron Scattering on continuous sources - future developments, US-Japan workshop, Oak Ridge National Laboratory, USA
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Integrated Method with Analytical Ultracentrifugation and Small-Angle Scattering (AUC-SAS) for the Structural Analysis of a Biomacromolecule in a Polydisperse Solution2022

    • Author(s)
      Morishima K, Okuda A, Sato N, Shimizu M, Yunoki Y, Inoue R, Urade R, Sugiyama M
    • Organizer
      XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Solution Structure Analysis of the Multi-domain Protein, ER-60 by Small Angle Scattering2022

    • Author(s)
      Okuda A, Shimizu M, Morishima K, Inoue R, Sato N, Yunoki Y, Urade R, Sugiyama M
    • Organizer
      XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Domain Conformation of Multi-domain Protein ER-60 Studied with Hybrid Approach of Coarse-grained Simulations and Small-angle X-ray Scattering2022

    • Author(s)
      Shimizu M, Okuda A, Morishima K, Sato N, Inoue R, Yunoki Y, Urade R, Sugiyama M
    • Organizer
      XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamics and Structure of Intrinsically Disordered Region of Hef as Studied by Solution Scattering2022

    • Author(s)
      Inoue R, Oda T, Nakagwa H, Tominaga T, Kawakita Y, Sato M, Sugiyama M
    • Organizer
      XVIII International Small-Angle Scattering Conference (SAS2022)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新しいクロマチン基盤ユニットであるH3-H4オクタソームのクライオ電子顕微鏡解析2022

    • Author(s)
      野澤佳世、滝沢由政、七種和美、明石知子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Internal Dynamics of Intrinsically Disordered Protein as Studied by Neutron Scattering2022

    • Author(s)
      井上倫太郎、小田隆、中川洋、富永大輝、川北至信、佐藤衛、杉山正明
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 多分散溶液中の生体高分子の構造解析のための超遠心分析と小角散乱による統合アプローチ2022

    • Author(s)
      守島健、井上倫太郎、奥田綾、佐藤信浩、清水将裕、柚木康弘、裏出令子、杉山正明
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Kai 時計システムにおける分子の統合運動2022

    • Author(s)
      杉山正明、守島健、柚木康弘、井上倫太郎、佐藤信浩、矢木宏和、加藤晃一
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヌクレオソームからH2A-H2B2量体が脱離する際の自由エネルギー局面解析2022

    • Author(s)
      Ishida H, Kono H.
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Study on photoactivated enzyme OaPAC by QM/MM molecular simulation2022

    • Author(s)
      Taguchi M, Sakuraba S, Wai S. Chan, Kono H.
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Building a Coarse-grained Model of Chromatin2022

    • Author(s)
      Justin Chan, Hidetoshi Kono
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] FRET study of the sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping2022

    • Author(s)
      Sunami T, Kono H.
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Benchmark of force fields to characterize the short intrinsically disordered region of FUS-LC domain2022

    • Author(s)
      Maud Chan-Yao-Chong, Justin Chan, Hidetoshi Kono
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular insight into photoactivation mechanism of BLUF protein by QM/MM free energy simulation2022

    • Author(s)
      Taguchi M, Sakuraba S, Wai S. Chan, Kono H.
    • Organizer
      The 5th International Forum on Quantum Metrology and Sensing
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 転写伸長におけるヌクレオソームの崩壊と再構築機構の構造生物学的解析2022

    • Author(s)
      鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] ヌクレオソームにおけるヒストンN末端テールによる転写制御2022

    • Author(s)
      大石匠美、畠澤卓、赤津綜隆、鯨井智也、林剛介、江原晴彦、関根俊一、滝沢由政、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] ヌクレオソームからのH2A-H2B脱離における重要なアミノ酸残基の特定2022

    • Author(s)
      石田恒、河野秀俊
    • Organizer
      第40回染色体ワークショップ・第21回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] Benchmark of force fields to characterize the intrinsically disordered region of FUS-LC domain2022

    • Author(s)
      Chan-Yao-Chong Maud, Chan S. Wai, Kono H.
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
  • [Presentation] Building a Coarse-grained Model of Chromatin: Nucleosome-Nucleosome Interaction Patterns2022

    • Author(s)
      Chan S. Wai, Kono H.
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
  • [Presentation] 転写開始点のヌクレオソームDNAアンラッピングのFRET解析2022

    • Author(s)
      角南智子、河野秀俊
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
  • [Presentation] 全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヒストンH2A-H2B のヌクレオソームからの脱離メカニズム解析2022

    • Author(s)
      石田恒、河野秀俊
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
  • [Presentation] QM/MM 分子シミュレーションによ る光活性化酵素 PAC の機能解析2022

    • Author(s)
      田口真彦、櫻庭俊、ソオンチワ、河野秀俊
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
  • [Presentation] 核内DNA収納体の構造形成崩壊の自由エネルギー地形解析2022

    • Author(s)
      石田恒
    • Organizer
      第9回「富岳」を中核とするHPCIシステム利用研究課題
  • [Presentation] 溶液散乱と計算手法の統合解析によるシアノバクテリアの時計タンパク質KaiABC複合体の全体構造の解明2022

    • Author(s)
      柚木康弘、松本淳、守島健、Martel A、Porcar L、佐藤信浩、與語 理那、富永大輝、井上倫太郎、矢木真穂、et al.
    • Organizer
      第29回日本時間生物学会学術大会
  • [Presentation] Structure and dynamics of nucleosomes, the fundamental structural unit of chromatin2022

    • Author(s)
      Hidetoshi Kono、Jinzen Ikebe、Hisashi Ishida、Shun Sakuraba
    • Organizer
      Joint Meeting of the 20th KIAS Conference on Protein Structure and Function and The 7th Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 実験医学 増刊号Vol.40 No.12「セントラルドグマの新常識」 『転写・翻訳の驚きの新機構と再定義されるDNA・RNA・タンパク質の世界』第2章「転写の新常識」1.「クロマチンにおける転写機構の新たな知見」2022

    • Author(s)
      鯨井智也、胡桃坂仁志
    • Total Pages
      264
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-0404-3
  • [Remarks] 東京大学 定量生命科学研究所 胡桃坂仁志研究室

    • URL

      https://www.iqb.u-tokyo.ac.jp/kurumizakalab/

  • [Remarks] 京都大学 複合原子力科学研究所 粒子線物性学研究室

    • URL

      https://www.rri.kyoto-u.ac.jp/PSlab/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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