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2010 Fiscal Year Annual Research Report

細胞核の機能的複合体の構造と動作メカニズム

Planned Research

Project AreaThe physicochemical field for genetic activities
Project/Area Number 20114005
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

胡桃坂 仁志  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)

Keywordsゲノム再編・発現・維持 / 遺伝子及び染色体 / タンパク質と酵素 / 生体分子立体構造解析及び予測 / 構造生物学 / X線結晶解析
Research Abstract

クロマチンは染色体の基盤構造であり、遺伝子発現、DNA複製、DNA組換え、DNA修復などにおいて重要な働きを担っている。特に、染色体の特定領域の核内配置や、局所的・過渡的な構造の変動などが、DNA代謝の調節に重要な役割を果たしていることが近年明らかになってきた。本研究では、遺伝情報収納・発現・継承のための「場」の実体として、局所的・過渡的な染色体の核内配置やダイナミクスを考え、それらを制御する核内の"機能的複合体"の動作メカニズムを生化学的および構造生物学的手法により解明することを目的とする。このような研究を通して、遺伝子の収納・発現・継承の分子基盤を明らかにする。本年度では、クロマチンの最小構造ユニットであるヌクレオソームを、リコンビナントヒストンによって再構成することに成功した。本ヌクレオソーム再構成系を用いて、種々のヒストンバリアントやヒストンの化学修飾をミミックした変異体を含んだヌクレオソームを再構成し、ヌクレオソームの結晶化を蒸気拡散法によって行った。その際、本年度に購入した、タンパク質結晶化用液体ハンドリングシステムおよび光散乱分光光度計を使用した。そして、種々のヒストンバリアントやヒストンの化学修飾をミミックした変異体を含むヌクレオソームの単結晶を得ることができた。これらのヌクレオソーム結晶を用いて、X線回折データを得た。高分解能でのデータは、SPring8放射光施設を利用して収集した。そして、ヒト精巣特異的に存在するヒストンH3バリアントである、H3Tを含むヌクレオソームの立体構造決定に成功した。加えて、H3Tヌクレオソームが、通常のヌクレオソームと比較して非常に壊れやすい性質であることを明らかにした。これらの解析によって、精巣での染色体基盤構造の形成および機能発現機構の解明に重要な知見を与えることができた。

  • Research Products

    (51 results)

All 2011 2010

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (41 results)

  • [Journal Article] Structural and biochemical analyses of the human PAD4 variant encoded by a functional haplotype gene2011

    • Author(s)
      Naoki Horikoshi, et al.
    • Journal Title

      Acta Cryst.D

      Volume: 67 Pages: 112-118

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] KIAA1018/FAN1 nuclease protects cells against genomic instability induced by interstrand cross-linking agents2010

    • Author(s)
      Kazunori Yoshikiyo, et al.
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      Volume: 107 Pages: 21553-21557

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of instability of the nucleosome containing a testis-specific histone variant, human H3T2010

    • Author(s)
      Hiroaki Tachiwana, et al.
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      Volume: 107 Pages: 10454-10459

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deimination stabilizes histone H2A/H2B dimers as revealed by electrospray ionization mass spectrometry2010

    • Author(s)
      Shingo Shimoyama, et al.
    • Journal Title

      J.Mass Spectrom.

      Volume: 45 Pages: 900-908

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleosome formation activity of human sNASP2010

    • Author(s)
      Akihisa Osakabe, et al.
    • Journal Title

      J.Biol.Chem.

      Volume: 285 Pages: 11913-11921

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-stranded DNA catenation mediated by human EVL and a type I topoisomerase2010

    • Author(s)
      Motoki Takaku, et al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 38 Pages: 7579-7586

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] GEMIN2 promotes accumulation of RAD51 at double-strand breaks in homologous recombination2010

    • Author(s)
      Yoshimasa Takizawa, et al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 38 Pages: 5059-5074

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The putative nuclear localization signal of the human RAD52 protein is a potential sumoylation site2010

    • Author(s)
      Kengo Saito, et al.
    • Journal Title

      J.Biochem.

      Volume: 147 Pages: 833-842

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Holliday junction binding activity of human SPF452010

    • Author(s)
      Naoki Horikoshi, et al.
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 5 Pages: 373-383

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 発がん防御に重要な相同組換えの分子機構2010

    • Author(s)
      齋藤健吾, 他
    • Journal Title

      最新医学

      Volume: 65 Pages: 1318-1330

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Atomic Resolution Structures of the Human Nucleosomes Containing Histone Variants2011

    • Author(s)
      Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan(招待講演)
    • Year and Date
      2011-01-25
  • [Presentation] Roles of the N-terminal and C-terminal domains of the Rad52 protein in homologous recombination repair2011

    • Author(s)
      Wataru Kagawa, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-25
  • [Presentation] Biochemical and cell biological analyses of a novel histone interacting factor, SPT22011

    • Author(s)
      Akihisa Osakabe, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] Functional analyses of the Fanconi anemia protein, FANCD22011

    • Author(s)
      Koichi Sato, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] The Crystal STructure of Centromere Specific Nucleosome2011

    • Author(s)
      Hiroaki Tachiwana, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] A novel homologous recomination factor, human EVL forms single-stranded DNA catemers with a type I topoisomerase2011

    • Author(s)
      Motoki Takaku, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] Regulation of Radiation-induced focus formation by SUMOylation2011

    • Author(s)
      Hiroki Shima, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] C-terminal Tail of Histone H2AX Reduces Intra-nucleosome Array Interaction2011

    • Author(s)
      Noriyuki Suka, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] Monitoring Histone Modifications in Single Cells using FabLEM (Fab-based Live Endogenous Modification Labeling)2011

    • Author(s)
      Yoko Hayashi-Takanaka, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] SLX4 links the Fanconi anemia pathway to structure-specific endonucleases, SLX1, XPF and MUS81 in interstrand crosslink repair2011

    • Author(s)
      Kimiyo N.Yamamoto, et al.
    • Organizer
      International Symposium of the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] H2A.Bbdを含むヌクレオソームの生化学的解析2011

    • Author(s)
      有村泰宏, 他
    • Organizer
      第28回染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      加賀
    • Year and Date
      2011-01-12
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントCENP-Aを含むヌクレオソームのX線結晶構造解析2011

    • Author(s)
      立和名博昭, 他
    • Organizer
      第28回染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      加賀
    • Year and Date
      2011-01-12
  • [Presentation] 出芽酵母Rad51によるD-loop形成促進のためのRad52第二DNA結合部位の機能2011

    • Author(s)
      新井直人, 他
    • Organizer
      第28回染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      加賀
    • Year and Date
      2011-01-12
  • [Presentation] 新規ヒストン結合因子ヒトSPT2のDNA損傷修復における機能解析2010

    • Author(s)
      越坂部晃永, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-10
  • [Presentation] セントロメア領域に特異的なヌクレオソームのX線結晶構造解析2010

    • Author(s)
      立和名博昭, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-10
  • [Presentation] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2010

    • Author(s)
      森脇義仁, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] 質量分析を用いたヒストンH2A-H2Bのシトルリン化の解析2010

    • Author(s)
      浅野裕輝, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] CENP-Aターゲッティングドメインを含むH3変異体が形成するヌクレオソームのX線結晶構造解析2010

    • Author(s)
      志賀達也, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] ファンコニ貧血原因遺伝子産物FANCD2およびFANCIの複合体形成と機能解析2010

    • Author(s)
      佐藤浩一, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] Chd2 interacts with H3.3 to determine cell fate in myogenesis2010

    • Author(s)
      Akihito Harada, et al.
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] DNA結合活性を有するCCANタンパク質群の機能解析2010

    • Author(s)
      竹内康造, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] 酵母とヒトDNA修復タンパク質Rad52の機能ドメイン解析2010

    • Author(s)
      香川亘, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] ヒストンバリアントを含むヌクレオソームの構造多様性と機能2010

    • Author(s)
      胡桃坂仁志, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸(招待講演)
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] 生細胞におけるメチル化およびアセチル化修飾ヒストンの可視化2010

    • Author(s)
      林陽子, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] RAD51によるparanemic joint molecule形成過程へのtopoisomerase III αの役割2010

    • Author(s)
      高久誉大, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] 新規RAD51組換え活性制御化合物の同定とその作用機序2010

    • Author(s)
      石田恭子, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] PSFによるDNA組換え酵素DMC1の活性化2010

    • Author(s)
      両角佑一, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] 出芽酵母Rad52の第二DNA結合部位も相同組換えに必要である2010

    • Author(s)
      新井直人, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] DNA修復タンパク質RAD52の翻訳後修飾による機能制御機構の解析2010

    • Author(s)
      齋藤健吾, 他
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] ヌクレオソームの立体構造からみたエピジェネティクスの分子機構2010

    • Author(s)
      胡桃坂仁志
    • Organizer
      第21回フォーラム・イン・ドージン エピジェネティクスによる細胞のメタモルフォーゼ
    • Place of Presentation
      熊本(招待講演)
    • Year and Date
      2010-11-26
  • [Presentation] Structual and biochemical studies of DMC1 polymorphisms in the human population2010

    • Author(s)
      Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      European Genomics Meeting & European Neurodegenerative Diseases-2010-Meeting
    • Place of Presentation
      Oxford, United Kingdom(招待講演)
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] ヒトと酵母のDNA修復タンパク質Rad52の機能比較2010

    • Author(s)
      齋藤健吾, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-28
  • [Presentation] ブーケ配向形成因子S.japonicas Bqt1-Bqt2複合体の生化学的解析2010

    • Author(s)
      市川雄一, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-28
  • [Presentation] シトルリン化タンパク質PAD4のSNP変異体の解析2010

    • Author(s)
      堀越直樹, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-28
  • [Presentation] 低分子化合物によるRAD51依存的相同組換え反応の制御2010

    • Author(s)
      石田恭子, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-28
  • [Presentation] Fanconi貧血原因遺伝子FANCD2及びFANCIの機能解析2010

    • Author(s)
      佐藤浩一, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-28
  • [Presentation] ヒストンシャペロンsNASPの生化学的解析2010

    • Author(s)
      越坂部晃永, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-28
  • [Presentation] SUMO修飾システムによるRAD51核内ドメイン形成の制御2010

    • Author(s)
      島弘季, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-28
  • [Presentation] 新規RAD51活性化因子GEMIN2の相同組換え修復における機能2010

    • Author(s)
      高久誉大, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-27
  • [Presentation] ヒストンバリアントH3Tを含むヌクレオソームの構造解析および生化学的解析2010

    • Author(s)
      立和名博昭, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-27
  • [Presentation] Rad52タンパク質のDNA positive supercoiling活性の役割2010

    • Author(s)
      香川亘, 他
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      伊豆
    • Year and Date
      2010-05-27

URL: 

Published: 2012-07-19  

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