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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of cross-scale technologies for investigating correlations of structures, dynamics, and functions of intracellular molecules

Planned Research

Project AreaNew cross-scale biology
Project/Area Number 21H05252
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

水上 進  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30420433)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤原 敬宏  京都大学, 高等研究院, 特定准教授 (80423060)
Project Period (FY) 2021-09-10 – 2026-03-31
Keywordsクロススケール / マルチ計測 / 1分子超解像イメージング / 細胞内標識
Outline of Annual Research Achievements

課題①の細胞内局所環境を可視化するプローブ技術の開発については、細胞内局所に局在可能なpH蛍光プローブを合成し、細胞内pHの定量イメ ージング技術の開発に取り組んだ。HaloTagによって細胞内の様々な局所に局在化が可能なレシオ型蛍光pHプローブを開発した。このプローブを用いることで細胞内の酸性部位を効率良く検出することができた。
課題②のマルチ計測・制御プラットフォーム技術の開発については、標的の細胞内標的蛋白質に対して蛋白質ラベル化技術と細胞内クリックケミストリーを利用して二種類の機能性分子(蛍光色素と電子顕微鏡で観察可能な構造体)を修飾するための分子モジュールの合成に着手した。
課題②のマルチ計測・制御プラットフォーム技術の開発におについては、前年度に引き続き、蛍光顕微鏡と電子顕微鏡の両方で可視化可能な標識プローブの開発に取り組み、細胞内の標識タンパク質のマルチモーダルイメージングに取り組む。
課題③の高速1分子超解像イメージング技術の開発については、アミノメチルシリコンローダミン(AMSiR)骨格を有するブリンキングプローブを設計し、複数の化合物を合成した。これらのプローブの1分子ブリンキング特性 (オン/オフ、ブリーチの時定数、オンあたりのフォトン数) を高速イメージングにより評価する方法を確立し、その結果にもとづいて、さらなる測定の高速化に向けた新たなプローブの設計と合成をおこなった。また、福間班と共同でIn-cell AFMと全反射照明蛍光顕微鏡の複合機を設計した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

概ね当初の予定通りに研究計画が進行している。

Strategy for Future Research Activity

課題①の細胞内局所環境を可視化するプローブ技術の開発については、本年度開発した細胞内局在が可能なpH蛍光プローブを用いて 、pH変化を伴う様々な細胞内現象を可視化する。具体的には、オートファジーに着目し、領域内研究者と共同してpH変化を引き起こす前のオートファジーの進行過程を可視化する。
課題②のマルチ計測・制御プラットフォーム技術の開発については、引き続き標的の細胞内標的蛋白質に対して蛋白質ラベル化技術と細胞内クリックケミストリーを利用して蛍光色素と電子顕微鏡で観察可能な構造体を修飾するための分子モジュールを開発する。
課題③の高速1分子超解像イメージング技術の開発については、高速自発的ブリンキングプローブによる細胞内のメゾ複雑体標識方法を確立し、秒オーダーの高速1分子超解像画像取得を達成する。In-cell AFM-全反射蛍光顕微鏡複合機を立ち上げ、同時観察画像の重ね合わせ技術の開発を進める。

  • Research Products

    (24 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Book (2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Organelle-Level Labile Zn2+ Mapping Based on Targetable Fluorescent Sensors2022

    • Author(s)
      Rong Liu, Toshiyuki Kowada, Yuyin Du, Yuta Amagai, Toshitaka Matsui, Kenji Inaba, Shin Mizukami
    • Journal Title

      ACS Sens.

      Volume: 7 Pages: 748-757

    • DOI

      10.1021/acssensors.1c02153

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fluorescent Probes for the Quantification of Labile Metal Ions in Living Cells2021

    • Author(s)
      Toshiyuki Kowada, Shin Mizukami
    • Journal Title

      J. Synth. Org. Chem. Jpn.

      Volume: 79 Pages: 1020-1032

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.79.1020

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optical manipulation of subcellular protein translocation using a photoactivatable covalent labeling system2021

    • Author(s)
      Toshiyuki Kowada, Keisuke Arai, Akimasa Yoshimura, Toshitaka Matsui, Kazuya Kikuchi, Shin Mizukami
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed.

      Volume: 60 Pages: 11378-11383

    • DOI

      10.1002/anie.202016684

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-Molecule Imaging Reveals Rapid Estradiol Action on the Surface Movement of AMPA Receptors in Live Neurons2021

    • Author(s)
      Soma Godo, Klaudia Barabas, Ferenc Lengyel, David Ernszt, Tamas Kovacs, Miklos Kecskes, Csaba Varga, Tibor Z. Janosi, Geza Makkai, Gergely Kovacs, Barbara Orsolits, Takahiro Fujiwara, Akihiro Kusumi, Istvan M. Abraham
    • Journal Title

      Front. Cell Dev. Biol.

      Volume: 9 Pages: 708715

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.708715

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Extracellular vesicles synchronize cellular phenotypes of differentiating cells2021

    • Author(s)
      Tomohiro Minakawa, Tetsuya Matoba, Fumiyoshi Ishidate, Takahiro K. Fujiwara, Sho Takehana, Yasuhiko Tabata, Jun Yamashita
    • Journal Title

      J. Extracell. Vesicles

      Volume: 10 Pages: e12147

    • DOI

      10.1002/jev2.12147

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 局在型レシオ蛍光プローブを用いた細胞内局所pHの定量イメージング2022

    • Author(s)
      岩下 誠,小和田俊行,伊藤理紗,松井敏高,水上 進
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 光可逆的タンパク質ラベル化技術を利用したタンパク質局在の光制御2022

    • Author(s)
      間下 貴斗,小和田 俊行,松井 敏高,水上 進
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
  • [Presentation] Controlling IEDDA Reaction with Macrocyclic Tetrazine2022

    • Author(s)
      Ira Novianti,Toshiyuki Kowada,Shin Mizukami
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 生体分子機能の定量的光制御を可能とする生体解析基盤技術の開発2022

    • Author(s)
      水上 進
    • Organizer
      中谷医工計測技術振興財団 令和元年度特別研究助成成果報告
  • [Presentation] 細胞内 pH 変化のリアルタイムイメージング用蛍光プローブの開発2021

    • Author(s)
      岩下 誠,小和田俊行,伊藤理紗,松井敏高,水上 進
    • Organizer
      令和3年度多元研発表会
  • [Presentation] Development of a chemical biology tool enabling reversible optical control of protein labeling2021

    • Author(s)
      Himadri Sekhar Sarkar,Takato Mashita,Toshiyuki Kowada,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • Organizer
      The 10th Annual Conference Of The International Chemical Biology Society (ICBS2021)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞小器官内遊離Zn2+の濃度定量と動態観察を可能とする小分子蛍光プローブの開発2021

    • Author(s)
      小和田俊行,劉 熔,杜 雨音,松井敏高,水上 進
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Quantitative imaging of labile Zn2+ using organelle-localizable fluorescent probes2021

    • Author(s)
      Rong Liu,Toshiyuki Kowada,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • Organizer
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
  • [Presentation] 共有結合型蛋白質ラベル化技術を利用した細胞内蛋白質二量化の光制御2021

    • Author(s)
      小和田俊行,荒井啓介,吉村彰真,松井敏高,菊地和也,水上進
    • Organizer
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
  • [Presentation] Visualization and quantification of labile Zn2+ in the acidic subcellular compartments using a small-molecule fluorescent probe2021

    • Author(s)
      Yuyin Du,Rong Liu,小和田 俊行,松井 敏高,門倉 広,稲葉 謙次,水上 進
    • Organizer
      第32回万有仙台シンポジウム
  • [Presentation] 細胞内分子の構造・動態・機能相関を調べるための クロススケール可視化制御技術の開発2021

    • Author(s)
      水上進
    • Organizer
      学術変革領域研究(A)「クロススケール新生物学」 キックオフミーティング
  • [Presentation] Development of fluorescent probes for visualizing Zn2+/H+ dynamics in living cells2021

    • Author(s)
      小和田俊行,松井敏高,水上 進
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新?物学 第一回領域会議
  • [Presentation] Development of photo-reversible protein labeling system2021

    • Author(s)
      Takato Mashita,Toshiyuki Kowada,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学 第一回領域会議
  • [Presentation] Development of novel fluorescent probes for detection of extracellular sulfatases2021

    • Author(s)
      Yi Ding,Kashfia Ahamed,Toshiyuki Kowada,Norihiko Sasaki,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • Organizer
      第21回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
  • [Presentation] Unraveling mesoscopic organization of the plasma membrane by ultrafast single fluorescent-molecule tracking and localization microscopy2021

    • Author(s)
      Takahiro Fujiwara
    • Organizer
      金沢大学ナノ生命科学研究所 「NanoLSI Open Seminar」
  • [Book] 先端の分析法 第2版 (澤田嗣郎 監修 第4章 第3節4項)2022

    • Author(s)
      藤原敬宏
    • Total Pages
      1072
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      978-4-86043-737-4
  • [Book] Live Cell Imaging: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol 2274, Eds by Sung-Bae Kim (Chapter 20)2021

    • Author(s)
      Priya Ranjan Sahoo, Toshiyuki Kowada, Shin Mizukami
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-1-0716-1257-6
  • [Remarks] 水上研究室 東北大学多元物質科学研究所

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 外部刺激応答性クリック反応技術2021

    • Inventor(s)
      水上進,イラノヴィアンティ,小和田俊行
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人 東北大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2021/040154
    • Overseas

URL: 

Published: 2023-12-25  

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