2010 Fiscal Year Annual Research Report
ノンコーディングRNAによる発現統御ネットワークの解明に基づくがんの個性の描出
| Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
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| Project/Area Number |
22134005
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
高橋 隆 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (50231395)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
長田 啓隆 愛知県がんセンター(研究所), 分子腫瘍学分野, 室長 (30204176)
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| Keywords | がん / ノンコーディングRNA / マイクロRNA / ネットワーク / パスウェイ |
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| Research Abstract |
128株の肺癌細胞株のmiRNAとmRNAのマイクロアレイデータをダウンロードして、発現量に顕著な差を認める364mRNAと42miRNAを抽出し、宮野研の玉田らとの共同研究によって非線形ベイジアンネットワーク解析ソフトウェアSiGNを用いたネットワーク推定を行った。我々がASH1によって発現誘導されて神経内分泌(NE)分化に重要な役割を担うマイクロRNAとして同定したmiR-375を、本ネットワーク推定はASH1下流に正しく推定できており、その高い確度が示唆された。また、124例のNSCLC症例について、mRNAとmiRNA双方の網羅的発現プロファイルデータの取得を完了しており、術後再発・予後など各種臨床病態と有意に関連するサブネットワークの抽出へと進む予定である。
気道上皮のNE細胞の発生に必須な転写因子であり、また、我々が肺小細胞癌のNE分化と生存の鍵を握ることを示してきたASH1について、miRNAとlong intergenic non-coding RNA(lincRNA)に注目しつつ、その遺伝子制御ネットワークのシステム生物学的理解を目指した検討を開始した。肺腺癌細胞株A549にレンチウイルスベクターを用いたASH1の発現誘導系(Tet-On)を構築し、小細胞癌類似のNE分化の誘導を確認し、さらに時系列データを採取した。また、ASH1のmRNA量よりもその転写活性度をよく反映する遺伝子セットを、実験的にASH1による発現制御を確認した遺伝子群をもとに、宮野研の新井田らが開発したソフトウェア(EEM)を用いて抽出し、ASH1モジュールとして規定した。現在、ASH1モジュールの活性度と相関を示すmRNA,miRNA,lincRNAの探索・同定を進めつつある。
今後さらにmRNAとマイクロRNAの双方を含むネットワークの綿密な解析を推進し、ヒト肺癌の分子病態の全貌に迫りたい。
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