2012 Fiscal Year Annual Research Report
Understanding the virus-host network by post genome analysis
| Project Area | Molecular basis of host cell competency in virus infection |
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| Project/Area Number |
24115007
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
夏目 徹 独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 研究チーム長 (00357683)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
伊庭 英夫 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60111449)
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| Project Period (FY) |
2012-06-28 – 2017-03-31
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| Keywords | LC-MSMS / NS1 / YBX1 / miRNA / miR-199a / HSV-1 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ウイルス因子と宿主因子のタンパク質間相互作用ネットワークを明らかとするために、ウイルス側の因子としてインフルエンザウイルスのNonstractural protein NS1（NS1）をHEK293T細胞にタグを付加した形で発現させ、タグに対する抗体で免疫沈降を行い相互作用タンパク質を抽出した。得られた相互作用タンパク質複合体をLC-MS/MSによって解析し相互作用タンパク質の網羅的な同定を行った。次にNS1と同様の方法で宿主側の因子でありウイルスRNA/タンパク質複合体の輸送に関わる因子であるYBX1についてネットワーク解析を行った。その結果、NS1およびYBX1についてそれぞれ約60種類および約80種類のタンパク質が同定された。大部分の既知の相互作用因子のRNA結合因子が同定でき、さらにいくつかの新規相互作用と思われる因子が同定された。
また、多くのウイルス種でmiR-199a-3pがウイルス感染・複製を抑制する場合があることが、我々を含めた複数のグループで示されている。そこでヘルペスウイルスのHSV-1を例にとり各種ヒト上皮がん株やglioblastoma株の細胞内のmiR-199a-3p発現量をTuD やmiR-199a の発現ベクターで制御したところ期待通りにHSV-1の複製能は、細胞内のmiR-199a-3p の活性と逆相関することが示された。この過程でmiR-199a-3p活性の抑制能を最適化したTuD分子を作製しこの発現ユニットを搭載したウイルスベクターを作製した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ウイルス側因子のNS1および宿主側因子のYBX1について多くの宿主因子との相互作用が同定でき新規と思われる相互作用も同定できた。今後のウイルス感染時の相互作用変化の定量の指標となる情報が収集できたと考えられる。
また、miR-199a-3pに対するTuDによる阻害によりHSV-1の複製に3倍程度の活性化が見られた。今後TuD の導入法や、TuDの構造を模したS-TuD 分子の最適化を行なうことにより、この活性化をさらに増強して分子機構の解明につなげたい。
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| Strategy for Future Research Activity |
他のウイルス側因子にターゲットを広げてネットワーク解析を行う。また、インフルエンザウイルス等を感染させYBX1等の宿主側因子の相互作用の変化を定量する系の確立を目指す。
miRNAに関してはmiR-199a-3pによるウイルス複製の制御の普遍性を調べるために解析の対象ウイルス種を、ヘルペスウイルス以外に、アデノウイルス、インフルエンザウイルスにも広げていく予定である。
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[Journal Article] The Kelch Repeat Protein KLHDC10 Regulates Oxidative Stress-Induced ASK1 Activation by Suppressing PP5.2012
Author(s)
Sekine, Y., R. Hatanaka, T. Watanabe, N. Sono, S. Iemura, T. Natsume, E. Kuranaga, M. Miura, K. Takeda, H. Ichijo
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Journal Title
Mol cell
Volume: 48(5)
Pages: 692-704
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification and functional analysis of Zranb2 as a novel Smad-binding protein that suppresses BMP signaling.2012
Author(s)
Ohte, S., S. Kokabu, S. Iemura, H. Sasanuma, K. Yoneyama, M. Shin, S. Suzuki, T. Fukuda, Y. Nakamura, E. Jimi, T. Natsume, T. Katagiri
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Journal Title
J Cell Biochem
Volume: 113(3)
Pages: 808-814
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A potent 2’-O-methylated RNA-based microRNA inhibitor with unique secondary structures.2012
Author(s)
Haraguchi, T., Nakano, H., Tagawa, T., Ohki, T., Ueno, Y., Yoshida, T., and Iba, H.
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Journal Title
Nucleic Acids Res.
Volume: 40
Pages: e58
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Double plant homeodomain (PHD) finger proteins DPF3a and -3b are required as transcriptional co-activators in SWI/SNF complex-dependent activation of NF-#61547;B RelA/p50 heterodimer.2012
Author(s)
Ishizaka, A., Mizutani, T., Kobayashi, K., Tando, T., Sakurai, K., Fujiwara, T., and Iba, H.
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Journal Title
J. Biol. Chem.
Volume: 287
Pages: 11924-11933
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Extracellular ATP mediates mast cell-dependent intestinal inflammation through P2X7 purinoceptors.2012
Author(s)
Kurashima, Y., Amiya T., Nochi T., Fujisawa K., Haraguchi T., Iba H., Tsutsui H., Sato S., Nakajima S., Iijima H., Kubo M., Kunisawa, J., and Kiyono H.
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Journal Title
Nature Communications.
Volume: 3
Pages: 1-11
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Multiple microRNAs induced by Cdx1 suppress Cdx2 in human colorectal tumor cells.2012
Author(s)
Tagawa, T., Haraguchi, T., Hiramatsu, H., Kobayashi, K., Sakurai, K., Inada, K., and Iba, H.
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Journal Title
Biochem. J.
Volume: 447
Pages: 449-455
DOI
Peer Reviewed
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