1992 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌ゲノムのシステマティック・シーケンシング

Research Project

Project/Area Number	04305005
Research Institution	The University of Electro-Communications
Principal Investigator	溝渕潔電気通信大学, 電気通信学部, 教授 (00092346)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	井口八郎京都大学, 理学部, 助教授 (20028195) 水野猛名古屋大学, 農学部, 教授 (10174038) 磯野克己神戸大学, 理学部, 教授 (70011640) 中田篤男大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (80029769) 由良隆京都大学, ウイルス研究所, 教授 (20027311)
Keywords	ゲノム解析 / 大腸菌 / 整列クローン / 高速塩基配列解析法
Research Abstract	大腸菌ゲノムは470万塩基対(4700kb,分子量3x10^9)からなる環状DNAであり、そこには3000から4000の遺伝子が存在すると推定されている。これまで、約1400余りの遺伝子が検出され、そのうち800遺伝子の塩基配列が個々別に解析されてきた。その結果、断片的ではあるが延べ1800kb(全体の38-40%)に相当する部分が明らかにされている。しかし、連続する長大な塩基配列となると、大腸菌染色体0-6.2分と84.5-86.5分にそれぞれ対応する300kbと91kbがわが国と米国の研究グループによって解析されたにすぎない。本研究は6.2-13分領域に対応する300kbの塩基配列を決定することをめざして実施されている。本年度はまず、この領域に対応する大腸菌ゲノム整列クローン(小原クローン)#130-160を用いて、正確な物理地図を作成し、それをすでに塩基配列の決定されているDNA断片を対応させることにより、未だに解析されていない領域のマップを作成した。次いで、かくクローンから塩基配列解析のために必要な多数のサブクローンを作製してその一部については塩基配列の解析に着手した。一方、ゲノム解析のためには長大なシーケンスを迅速に解析できる手法の開発が必須である。このため、ミニトランスポゾンTn5とPCRを併用し、サブクローニングすることなしに直接小原クローンをシーケンスする方法の開発に成功した。また、これとは別に、ショットガン法によるランダムシーケンシング法の検討も行った。さらに、大腸菌ゲノムデータベースの構築のため、解析シフトの整備を行い、得られたデータを集中的に解析・管理する方策についても検討を行った。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Yura, T.: "Systematic sequencing of the Escherichia coli genome:Analysis of the 0-2.4 min region." Nucl. Acids Res.20. 3305-3308 (1992)
[Publications] Kasai, T.: "Efficient Large-scale sequencing of the Escherichia sole genome:Implementation of transposon-and PCR-based strategy of the analysis of ordered phage clones." Nucl. Acid Res.20. 6509-6515 (1992)
[Publications] Kitabatake, M.: "A simplified method for generating step-wise deletions using PCR." Gene. 23. 59-61 (1992)
[Publications] Nagasawa, S.: "A novel sensor-regulator protein that belongs to the homologous family of signal transduction proteins involved in adaptive responses in Escherichia coli" Mol. Microbiol.6. 799-807 (1992)
[Publications] Kawakami, K.: "Differential regulation of two genes encoding lysyl-tRNA synthe-tases in Escherichia doli;lysU-constitutive mutants compensate for a lysS null mutation" Mol. Microbiol.6. 1739-1746 (1992)
[Publications] Nishimura, K.: "Location of the ubia gene on the physical map of Escherichia coli" J. Bacteriol.174. 5762 (1992)

1992 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌ゲノムのシステマティック・シーケンシング

Principal Investigator

溝渕 潔 電気通信大学, 電気通信学部, 教授 (00092346)

Research Products

[Publications] Yura, T.: "Systematic sequencing of the Escherichia coli genome:Analysis of the 0-2.4 min region." Nucl. Acids Res.20. 3305-3308 (1992)

[Publications] Kasai, T.: "Efficient Large-scale sequencing of the Escherichia sole genome:Implementation of transposon-and PCR-based strategy of the analysis of ordered phage clones." Nucl. Acid Res.20. 6509-6515 (1992)

[Publications] Kitabatake, M.: "A simplified method for generating step-wise deletions using PCR." Gene. 23. 59-61 (1992)

[Publications] Nagasawa, S.: "A novel sensor-regulator protein that belongs to the homologous family of signal transduction proteins involved in adaptive responses in Escherichia coli" Mol. Microbiol.6. 799-807 (1992)

[Publications] Kawakami, K.: "Differential regulation of two genes encoding lysyl-tRNA synthe-tases in Escherichia doli;lysU-constitutive mutants compensate for a lysS null mutation" Mol. Microbiol.6. 1739-1746 (1992)

[Publications] Nishimura, K.: "Location of the ubia gene on the physical map of Escherichia coli" J. Bacteriol.174. 5762 (1992)

溝渕潔電気通信大学, 電気通信学部, 教授 (00092346)