1994 Fiscal Year Annual Research Report
全ゲノム選抜とその自動化のための育種情報解析システムの開発
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04556001
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
鵜飼 保雄 東京大学, 農学部, 教授 (80240729)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
二宮 正士 農水省農業環境技術研究所, 環境管理部, 研究室長
高野 泰 東京大学, 農学部, 助手 (40012009)
上村 賢治 東京大学, 農学部, 助教授 (60012043)
武田 元吉 東京大学, 農学部, 教授 (90134501)
斎尾 乾二郎 東京大学, 農学部, 名誉教授 (80011831)
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| Keywords | ゲノム / PFLP / DNA多型 / 遺伝 / 選抜 / 育種方式 / 連鎖地図 / プログラム |
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| Research Abstract |
平成4年度に公開したDNA多型連鎖地図作成用のプログラムMAPLに、つぎの改良を加えた。
(1)他殖性植物においては、交配親の遺伝子型がヘテロ接合であること、座により遺伝子型がことなること、遺伝子型が未知の場合が多いこと、などから、連鎖地図作成に必要なアルゴリズムが自殖性植物の場合とは異なる。そこで他殖性植物専用の分離比検定と組換価推定のプログラムを作成し、ホウレンソウのデータに適用した。(2)DNA多型連鎖地図を利用した量的形質遺伝子座(QTL)の解析のためのプログラムとして、分散分析法によるQTL検出のためのプログラムを追加した。
MAPLは、公開後国内外から計40件以上の配付依頼を受け、イネをはじめとする主要作物の連鎖解析や連鎖地図作成に応用された。
プログラム開発と併せて、連鎖地図利用のQTL解析における課題の理論的検討を行った。(1)分散分析法によるQTL解析において、平均平方の期待値とそれに基づくQTL検出に必要な個体数を、遺伝率および遺伝効果の種々の場合について計算した。(2)マーカーと同一染色体上の近傍に致死因子が存在する場合の、区間地図化法によるQTLの位置と遺伝効果の推定に及ぼす致死因子の影響を、遺伝率、致死因子作用、致死因子強度等についての種々条件下で解析した。
量的形質の計測精度向上のための研究として、イネ穀粒の形態を画像解析と楕円フーリエ記述子の適用によって解析し、形態特徴量をイネ連鎖地図上にマップすることができた。またダイズ葉形、オオムギ葉形についても、従来抽出できなかった形態特徴量について、ダイアレル分析等により個々の遺伝様式が明らかにされた。さらに他殖性作物のソバの粒形や、永年性樹木であるカンキツ葉形についても、形態解析による品種分類や環境適応性の解析が行われた。
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Research Products
(7 results)
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[Publications] 鵜飼保雄 ほか: "DNA多型連鎖地図作成とQTL解析のためのプログラムMAPL" Breeding Science. 45(印刷中). (1995)
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[Publications] 鷲谷いずみほか: "Patterns of female fertility in heterostylous Primula sieboldii under severe pollinator limitation" J.Ecology. 82. 571-579 (1994)
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[Publications] 山田昌彦ほか: "Genetic analysis of Japanese persimmon fruit weight" J.Amer.Soc.Hort.Sci.119. 1298-1302 (1994)
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[Publications] 二宮正士ほか: "Estimation of lodging in paddy fields by texture analysis based on co-occurrence matrices" Trans.ASAE. (印刷中). (1995)
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[Publications] 林武司ほか: "Detection of additive and dominance effects of QTLs in interval mapping of F2 RFLP data" Theor.Appl.Genet.87. 1021-1027 (1994)
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[Publications] 山田昌彦ほか: "カキ育種において量的な果実形質の年次変異を減少させるために用いられる対照品種の効率について" 果樹試験場報告. 26. 29-37 (1994)
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[Publications] 大澤良ほか: "花粉学事典" 朝倉書店, 454 (1994)
