1996 Fiscal Year Annual Research Report
DNAマーカー利用による量的形質解析のための総合的情報システムの開発
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07556004
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| Section | 試験 |
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
鵜飼 保雄 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80240729)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
二宮 正士 農水省農業研究センター研究情報部, 上席研究官
高野 泰 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 講師 (40012009)
岸野 洋久 東京大学, 教養学部, 助教授
原田 久也 千葉大学, 園芸学部, 教授
斎尾 乾二郎 東京大学, 名誉教授 (80011831)
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| Keywords | 量的形質 / QTL / 連鎖地図 / DNA多型 / 遺伝効果 / マーカー / プログラム / 形態 |
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| Research Abstract |
DNAマーカー連鎖地図の作成とそれに基づく量的形質遺伝子座(QTL)の解析・利用のためのプログラム・パッケージMAPLをWindows95上で稼働できるようにVBへの移植作業を続け,マーカー遺伝子型データ入力、分離比検定、組換価推定、連鎖群振分け、連鎖群内順番決定、連鎖地図作成表示、グラフ遺伝子型、QTLデータ入力、全遺伝変異解析、単純区間マッピング法、等の部分について終了した。また改訂に伴い機能の拡張を計った。すなわちF_2や戻し交配集団だけでなく、倍加半数体、組換え近交系、他殖性集団などにも適用できるようにした。またQTL解析のテスト用に各種集団のシミュレーションデータを発生し利用できるようにした。
牧草などの他殖性作物を対象として、DNAマーカーを利用した選抜法の効率を理論およびシミュレーションによって検討した。とくにマーカー遺伝子型と量的形質表現型の両方の情報を利用した総合指標を提案し、それに基づく選抜法(MPS法)の効率を計算した。その結果、MPS法はマーカーのみに基づく選抜法(MS法)よりつねに効率が高く、とくに遺伝率が高く、マーカーとQTLの間の距離が遠い場合にその優位性が高いことが示された。またMS法では早い世代で選抜効果が飽和に達してしまうのに対して、長い世代の間選抜が有効であった。MPS法、MS法および従来の量的形質の表現型のみに基づく母系選抜法(PS法)のいずれが効率がよいかを、遺伝率、マーカー密度、選抜割合の条件に対して明らかにした。
組換価と地図距離の関係が染色体長によって異なることが、本研究ですでにイネの実験データを用いて示されていたが、その実験結果はSturtの地図関数を中部動原体型に改良した新しい地図関数によってよく表現できることが示された。この地図関数は染色体長をパラメータとして含まない従来のHaldane関数やKosambi関数より適合性が優れていることがわかった。
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[Publications] 程融ほか: "Detection and estimation of lethal factors by using a DNA polymorphism linkage map." Theor.Appl.Genet.93. 494-502 (1996)
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[Publications] 間野吉郎ほか: "Mapping genes for callus growth and shoot regeneration in barley(Hordeum vulgare L.)." Breed.Sci.46・3. 137-142 (1996)
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[Publications] 梶矢弘美ほか: "Effective production of RFLP markers between closely related varieties of rice by genomic subtraction." Breed.Sci.46・4. 387-391 (1996)
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[Publications] Chow,S.ほか: "Phylogenetic relationships between tuna species of the genus Thunnus(Scombridae:Teleostei)" J.Mol.Evol.41. 741-748 (1995)
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[Publications] 林正紀ほか: "マイクロサテエライトモチーフによるダイズのゲノムスキャニング" 明治大学農学部研究報告. 104. 25-30 (1995)
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[Publications] 生出真理ほか: "ダイズ草姿判別におけるニューラルネットワークモデル." システム農学. 12. 13-20 (1996)
