1996 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌ゲノム解析の完成

Research Project

Project/Area Number	08309009
Research Institution	(National Institute For Basic Biology) Okazaki National Research Institutes
Principal Investigator	堀内嵩岡崎国立共同研究機構, 基礎生物学研究所, 教授 (60108644)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	三木健良九州大学, 薬学部, 助教授 (40037586) 山本義弘兵庫医科大学, 助教授 (60068567) 中村義一東京大学, 医科学研究所, 助教授 (40114590) 饗場弘二名古屋大学, 理学部, 教授 (20025662) 森浩禎奈良先端科学技術大学院大学, 教授 (90182203)
Keywords	大腸菌 / ゲノム解析 / 遺伝子解析 / 塩基配列決定 / データバンク / WWW
Research Abstract	全生物種の中で、大腸菌は生化学的、遺伝学的解析が最も進んでおり、これらのデータやゲノム解析から得られる情報は、他の生物種のゲノムを解読する上で、基準として役立つことが期待されてきた。平成6年度までにわが国では大腸菌ゲノム地図の0〜13分に対応する約0.58Mbの配列決定を行ってきた。平成7年度より、13名が自主的に解析グループを組織し、新しく開発したプロトコールのもとで徹底した分業化と経済化を計りながら解析に取り組んできた。本研究はこのような背景と実績のもとに平成8年度1年間で29〜50分に対応する1Mbの配列を決定しようとした。その結果、目的とした1Mbばかりでなく、米国のグループが、平成7年までにすでに決定し登録していた100〜70分の領域に到達することができ、その結果大腸菌ゲノムの配列を一本にし、そのゲノムの全構造を完成することが出来た。日本としては合わせて0〜70分の領域を連続した配列を決定したことになる。また、決定した配列を直ちに解析し、遺伝子の解析を進めるとともに、その結果をよく早くより多くの研究者に理解され、利用されるよう、論文発表を行うとともに、配列とその解析結果を公的なデータバンク(DDBJ)を通して登録、公開した。さらに、DDBJの協力も得て、より使いやすいかたちにデータを変換しWWWでの公開も行っている。以上のような計画以上の成果が得られた原因は、いろいろあるが、グループ全員の一致した協力、配列決定の技術的改良、コンピューター関連のサポート(電子メール、インターネット、配列アッセンブルソフト)、米国との競争などが挙げられよう。

Research Products
(4 results)

All Other

All Publications (4 results)

[Publications] Oshima,T.,Aiba,H.,et al.: "A 718-kb DNA sequence of the Escherichia coliK-12 genome corresponding to the 12.7-28.0 min region on the linkage map." DNA Research. 3. 1-19 (1996)
[Publications] Aiba,H.,Baba,T.,et al.: "A 570-kb DNA sequence of the Escherichia coliK-12 genome corresponding to the 28.0-40.1 min region on the linkage map." DNA Research. 3. 363-377 (1996)
[Publications] Itoh,T.,Aiba,H.,et al.: "A 460-kb DNA sequence of the Escherichia coliK-12 genome corresponding to the 40.1-50.0 min region on the linkage map." DNA Research. 3. 379-392 (1996)
[Publications] Yamamoto,Y.,Aiba,H.,et al.: "Construction of a contiguous 874 kb sequence of the Escherichia coli-K12 genome corresponding to the 50.0-68.8 min region on the linkage map and analysis of its sequence features." DNA Research in press.(1997)

1996 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌ゲノム解析の完成

Principal Investigator

堀内 嵩 岡崎国立共同研究機構, 基礎生物学研究所, 教授 (60108644)

Research Products

[Publications] Oshima,T.,Aiba,H.,et al.: "A 718-kb DNA sequence of the Escherichia coliK-12 genome corresponding to the 12.7-28.0 min region on the linkage map." DNA Research. 3. 1-19 (1996)

[Publications] Aiba,H.,Baba,T.,et al.: "A 570-kb DNA sequence of the Escherichia coliK-12 genome corresponding to the 28.0-40.1 min region on the linkage map." DNA Research. 3. 363-377 (1996)

[Publications] Itoh,T.,Aiba,H.,et al.: "A 460-kb DNA sequence of the Escherichia coliK-12 genome corresponding to the 40.1-50.0 min region on the linkage map." DNA Research. 3. 379-392 (1996)

[Publications] Yamamoto,Y.,Aiba,H.,et al.: "Construction of a contiguous 874 kb sequence of the Escherichia coli-K12 genome corresponding to the 50.0-68.8 min region on the linkage map and analysis of its sequence features." DNA Research in press.(1997)

堀内嵩岡崎国立共同研究機構, 基礎生物学研究所, 教授 (60108644)