マルチプレックスPCRとシークエンスによる新しいSTR多型解析法の開発

1997 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 09557040
• Research Institution: Nagoya City University
• Principal Investigator: 的場 梁次 名古屋市立大学, 医学部, 教授 (20107056)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 岩佐 峰雄 名古屋市立大学, 医学部, 講師 (00021452)
• Keywords: STR / マルチプレックス / PCR / DNAシークエンス

Research Abstract

マルチプレックスPCRとシークエンスによるSTR多型解析システムの開発にあたって、以下に示す基本的条件に従って各種STRを検索した。即ち、(1)一回のマルチプレックスとして組み合わせるSTRは3-4種類を限度とし、泳動像が互いに重ならないこと。(2)組み合わせるSTRは、本邦でよく利用されており、アリルの出現頻度などの基礎的データが入手可能なものであること。(3)アリルの塩基配列に変異が少ないSTRの組み合わせから変異が多い組み合わせのものまで3-4種類のマルチプレックスシステムを準備し、親子鑑定や個人識別での利用に際しては前者のものから順次実施すること。(4)当初からのシークエンス解析は避け、必要な場合にも全てのアリルを対象とするのではなく、既に変異が報告されているアリルを優先的にシークエンス解析すること、などを基本的条件とした。
VWA-FES-THO1のtriplexシステムでは、VWAおよびFESについては良好な泳動像が得られ、型判定も可能であった。しかし、Edwardsらによって報告されたプライマーによるTHO1は、その一部のアリルがVWAのそれらと重なり型判定が不能であった。(本補助金で購入したDNAシーケンサー(LIC・4200・A00)は一種類の標識色素を用いるため、泳動像に重なりがあれば、型判定はできない)。そこで、Gillらによるプライマーについて検討すると、泳動位置に問題はないもののVWAの泳動位置に余剰なバンドが出現し、VWAは判定不能と成った。現在、THO1に換えて、F13A1を用いるVWA-FES-F13A1のtriplexシステムについて検討を進めている。