2000 Fiscal Year Annual Research Report
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11236203
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
三谷 啓志 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (70181922)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三田 和英 放射線医学総合研究所, 第二研究グループ, 研究員 (30159165)
成瀬 清 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助手 (50208089)
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| Keywords | メダカ / ゲノム / cDNA / 遺伝子地図 / シーケンス / データーベース / マッピング / 魚類 |
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| Research Abstract |
平成12年度は、5種類のcDNAライブラリーからランダムにクローンを選び、田中班員の協力によりABI3700シーケンサーにより塩基配列解析を進めた。これらは、すべて北日本集団由来のHNI系統から作製した。
平成12年度に解析したcDNAライブラリー
1)OLa libarary RNA source HNI系統成体(雌雄 全組織)東大医科研 菅野・川上博士より供与
2)OLb libarary RNA source HNI培養細胞株OLHNI 本研究で作製
3)OLc library RNA source HNI培養細胞株OLHNI(紫外線・可視光処理)本研究で作製
4)OLd library RNA source HNI系統成体(卵巣)本研究で作製
5)OLe library RNA source HNI系統成体(雌雄 肝臓)本研究で作製
これらのライブラリーから約6000クローンの塩基配列を決定した。それらをクラスター処理をした結果、約3000の独立なクラスターに分類された。また、遺伝子地図の作製も進め、約100のESTマーカーを既存の連鎖地図上に新たに加えた。その結果、ゼブラフィッシュやヒトとの染色体相同領域がいくつか同定された。これらのデーターは、M baseとしてweb上で公開した。さらにこれまでの雄パネル由来の遺伝子地図データーに対応して雌パネルからのデーター収集を開始した。その結果、雌雄の連鎖距離の比較が可能となり、さらに遺伝子マーカー間の相対的な位置関係が明らかとなった。来年度以降も、これまでのライブラリーからcDNAの配列決定と遺伝子地図の作製を引き続き進め、順次成果を公開していく予定である。
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[Publications] Naruse et al.: "A Detailed Linkage Map of Medaka, Oryzias latipes.Comparative genomics and genome evolution."Genetics. 154. 1773-1784 (2000)
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[Publications] 成瀬清 他: "メダカ連鎖地図からみえるもの-ポジショナルクローニング、比較マッピングからゲノム進化まで"蛋白質核酸酵素. 45. 2844-2852 (2000)
