2002 Fiscal Year Annual Research Report
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11236203
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
三谷 啓志 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (70181922)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐々木 貴史 慶応大学, 医学部, 助手 (70306843)
三田 和英 独立行政法人農業生物資源研究所, 上席研究官 (30159165)
成瀬 清 東京大学, 理学系研究科, 助手 (50208089)
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| Keywords | メダカ / ゲノム / 遺伝子地図 / cDNA / データーベース / シーケンス / マッピング / 魚類 |
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| Research Abstract |
メダカのcDNAライブラリーから約12000クローンの塩基配列を決定した。それらをクラスター処理した結果、約6000の独立なクラスターに分類された。Blastにより脊椎動物の既知遺伝子との相同性を検索し、高い相同性を示したクローンについて、配列を元に連鎖解析のためのプライマーを設計し、約1000のESTマーカーを,PCR-RFLPにより既存の連鎖地図上に新たに加えることができた。その結果、ゼブラフィッシュと同程度のヒトとのシンテニー関係がメダカでも確認された。また、ゼブラフィッシュとメダカで、ヒトとのシンテニー関係が広範囲で似ている連鎖群が認められた。例えば、HoxAクラスターのあるメダカ連鎖群の11・16には、同じHoxAクラスターのあるゼブラフィッシュの連鎖群19・16と同様にヒト1・6・7・8番染色体上の遣伝子が多く存在している。このような関係は多くの連鎖群間で認められたが、逆にゼブラフィッシュとヒトとでシンテニーが保存されている遺伝子群がメダカでは、別の連鎖群に分散する例も多く認められた。ゼブラフィッシュとメダカの染色体構成を比較したところ大部分について2対2の対応関係が見られ、魚類系統でのゲノム倍加の痕跡と考えられる。これらのデーターは、M baseとしてweb上で公開されている。さらにこれまでの雄パネル由来の遺伝子地図データーに対応して雌パネルからのデーター収集を行った結果ゲノム全体にわたって雌雄の連鎖距離の比較が可能となった。これらのデーター蓄積は、脊椎動物の染色体進化の様相を知る有用な手がかりとなる、一方、メダカ遣伝子の地図上の位置と周辺のシンテニー関係から遺伝子の成立過程を類推することができるようになった。
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[Publications] Kondo, M et al.: "Molecular cloning and characterization of DMRT genes from the medaka Oryzias latipes and the platyfish Xiphophorus maculatus"Gene. 282. 113-120 (2002)
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[Publications] Okubo, K., et al.: "Conserved physical linkage of gnRH-R and RBM8 in the medaka and human genomes"Biochem Biophys Res Commun. 293. 327-331 (2002)
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[Publications] Kondo, M et al.: "Absence of the candidate male sex determining gene dmrt1b(Y) of medaka from other fish species"Current Biology. 13. 416-420 (2003)
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[Publications] 三谷啓志: ""遺伝子と環境"生命環境科学II:環境と生物進化"日本放送出版協会. 150-160 (2002)
