• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2011 Fiscal Year Annual Research Report

タンパク質の機能調節機構における電子的効果の定量的解明

Research Project

Project/Area Number 11J00949
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

柴田 友和  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 特別研究員(DC2)

Keywordsミオグロビン / 酸素親和性 / 自動酸化 / ヘムタンパク質 / 電子密度 / トリフルオロメチル基 / 共鳴ラマン分光法 / 伸縮振動
Research Abstract

酸素貯蔵タンパク質ミオグロビン(Mb)のヘム活性部位の電子構造(特にヘム鉄の電子密度)と機能の関係を明らかにする研究を行った.まず,ヘム鉄の電子密度を大きくかつ系統的に変化させるために,ヘム側鎖として導入するトリフルオロメチル基(CF_3)の数の異なる種々の化学修飾ヘムを合成した.合成したヘムのヘム鉄の電子密度をDFT計算と酸化型Mbの酸塩基平衡定数(pK_a)を用いて定量した結果,予想通り導入したCF_3基の数が多いヘムでは大幅にヘム鉄の電子密度を減少していることが確認された.
次に,Mbの機能である酸素親和性を測定した結果,ヘム鉄の電子密度が減少すると,酸素親和性が低下することが明らかになった.更に,酸素の結合反応速度と解離反応速度の測定から,ヘム鉄の電子密度の減少は,結合反応速度には影響を与えない一方で,解離反応速度を増大させることで,結果的に酸素親和性を低下させることが明らかになった.可視共鳴ラマン分光法を用いて,ヘム鉄の電子密度が酸素とヘム鉄の配位結合の強度に与える影響を解析した.その結果,ヘム鉄の電子密度が減少すると,酸素とヘム鉄の配位結合の伸縮振動数は,わずかに低波数にシフトし,結合強度が低下することが明らかになった.また,DFT計算を用いて,ヘム鉄への酸素結合を安定化させている遠位ヒスチジンとの水素結合を解析した結果,ヘム鉄の電子密度の減少がこの水素結合を弱くすることも明らかになった.
Mbが酸素貯蔵機能を果たすためには,ヘム鉄の自動酸化を防ぐ必要がある.そこで,自動酸化反応速度を測定し,ヘム鉄の電子密度と自動酸化反応速度の関係を解析した.その結果,ヘム鉄の電子密度が減少すると,自動酸化速度が減少することが明らかになった.酸素親和性と自動酸化速度を比較すると,ヘム鉄の電子密度による機能調節では,酸素親和性の低下と自動酸化の抑制を同時に達成できることが明らかになった.この知見は人工血液の創成などに応用できると考えられる.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ミオグロビンにおいて,ヘム鉄と電子密度の変化がヘム鉄に結合した酸素の状態に及ぼす影響を半定量的に明らかにした.したがって,活性部位の電子状態がその構造にどのような影響を与えるかについて有用な知見を得ることができた.さらに,ヘム鉄の電子密度の変化を通して,酸素親和性だけでなく,自動酸化反応速度を調節できることも実証できた.

Strategy for Future Research Activity

これまで,天然のマッコウクジラのミオグロビンやその変異体を用いて研究進めてきたが,活性部位の構造が異なるレグヘモグロビン等の異なるタンパク質おいても同様の解析を行なっていく,また,本研究では化学修飾ヘムを用いてヘム鉄に電子密度を変化させた.化学修飾により,ヘム鉄の電子密度だけでなく,タンパク質の立体構造にも影響を与えている可能性がある.これまで,NMRを用いてヘムの化学修飾がタンパク質の立体構造に大きな影響を与えていないことを確認しているが,そのことを詳細に解析するために,X線結晶構造解析を行う予定にしている.

  • Research Products

    (13 results)

All 2012 2011

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (12 results)

  • [Journal Article] Structural characterization of a carbon monoxide adduct of heme-DNA complex2011

    • Author(s)
      K.Saito, H.Tai, M.Fukaya, T.Shibata, R.Nishimura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Journal Title

      J.Biol.Inorg.Chem.

      Volume: 17 Pages: 437-445

    • DOI

      10.1007/s00775-011-0866-8

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 遠位ヒスチジンをロイシンに置換したミオグロビンにおける酸素親和性と自動酸化反応の分子機構の解明2012

    • Author(s)
      西山康太郎, 西村龍, 松本大地, 柴田友和, 長尾聡, 深谷昌史, 太虎林, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会第92回春季年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学(横浜市)
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] Characterization of Electronic Structure of Heme Active Site in Carbon monoxy Form of Sperm Whale Myoglobin2012

    • Author(s)
      Y.Yamamoto, T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya
    • Organizer
      2nd International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2012-02-09
  • [Presentation] Strucural Characterization of a Complex between Heme and an All-parallel G-quadruplex DNA2012

    • Author(s)
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, Y.Yamamoto
    • Organizer
      2nd International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2012-02-09
  • [Presentation] Relationship between ^<13>C NMR Shift of Fe-bond CO and Electronic Structure of Heme Active Site in Myoglobin2011

    • Author(s)
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Organizer
      1st International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2011-12-17
  • [Presentation] Carbon Monoxide Adduct of a Complex between Heme and a Parallel G-quadruplex DNA2011

    • Author(s)
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, Y.Yamamoto
    • Organizer
      1st International Symposium on Creation of Functional Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2011-12-17
  • [Presentation] Relationship between ^<13>C NMR shift of Fe-bound CO and electron density of heme2011

    • Author(s)
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, H.Tai, T.Matsuo, S.Hirota, A.Suzuki, I.Ishigami, T.Ogura, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Organizer
      第50回NMR討論会記念国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      大さん橋ホール(横浜市)
    • Year and Date
      2011-11-16
  • [Presentation] Structural characterization of carbon monoxide adduct of a complex between heme and a parallel G-quadruplex DNA2011

    • Author(s)
      H.Tai, K.Saito, M.Fukaya, T.Shibata, S.Neya, Y.Yamamoto
    • Organizer
      第50回NMR討論会記念国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      大さん橋ホール(横浜市)
    • Year and Date
      2011-11-16
  • [Presentation] ヘム鉄の電子密度がミオグロビンの自動酸化反応に与える影響の解明2011

    • Author(s)
      西村龍, 松本大地, 西山康太郎, 柴田友和, 深谷昌史, 太虎林, 長尾聡, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 石上泉, 小倉尚志, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • Organizer
      第61回錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      岡山理科大学(岡山市)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] ヘモグロビンにおけるサブユニット間相互作用がヘムの電子構造に与える影響2011

    • Author(s)
      柴田友和, 長尾聡, 太虎林, 鈴木秋弘, 今井清博, 山本泰彦
    • Organizer
      第5回バイオ関連化学シンポジウム(2011)
    • Place of Presentation
      エポカルつくば(つくば市)
    • Year and Date
      2011-09-13
  • [Presentation] Toward complete understanding of myoglobin function2011

    • Author(s)
      Y.Yamamoto, R.Nishimura, T.Shibata, M.Fukaya, H.Tai, S.Nagatomo, S.Nagao, T.Matsuo, S.Hirota, I.Ishigami, T.Ogura, O.Shoji, Y.Watanabe, S.Neya, K.Imai, A.Suzuki
    • Organizer
      15th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      Vancouver (Canada)
    • Year and Date
      2011-08-07
  • [Presentation] ミオグロビンの機能調節機構の解明2011

    • Author(s)
      西村龍, 松本大地, 西山康太郎, 柴田友和, 深谷昌史, 太虎林, 長尾聡, 松尾貴史, 廣田俊, 鈴木秋弘, 今井清博, 石上泉, 小倉尚志, 根矢三郎, 荘司長三, 渡辺芳人, 山本泰彦
    • Organizer
      第38回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      筑波大学(つくば市)
    • Year and Date
      2011-06-23
  • [Presentation] Molecular mechanism responsible for the control of functional properties of myoglobin2011

    • Author(s)
      T.Shibata, R.Nishimura, M.Fukaya, S.Nagatomo, H.Tai, S.Nagao, T.Matsuo, S.Hirota, I.Ishizumi, T.Ogura, K.Imai, A.Suzuki, Y.Yamamoto
    • Organizer
      3rd Georgian Bay International Conference on Bioinorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      Parry Sound (Canada)
    • Year and Date
      2011-06-02

URL: 

Published: 2013-06-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi