2000 Fiscal Year Annual Research Report
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12470105
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| Research Institution | Osaka Prefectural Institute of Public Health |
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Principal Investigator |
鈴木 定彦 大阪府立公衆衛生研究所, 公衆衛生部, 主任研究員 (90206540)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
旧丸 亜貴 大阪府立公衆衛生研究所, 公衆衛生部, 研究員 (70270767)
織田 肇 大阪府立公衆衛生研究所, 労働衛生部, 部長兼副所長 (00132845)
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| Keywords | 結核菌 / 挿入配列 / セルフライゲーションPCR / ポリカルボジイミド樹脂 / DNAチップ / ダイレクトリピート / ハイブリダイゼーション / 疫学的解析法 |
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| Research Abstract |
1)ミックスドリンカーPCR、セルフライゲーションPCRの条件の至適化
結核菌標準菌株より抽出したDNAを用いて切断、ライゲーショシ、PCRそれぞれの条件の至適化を行った。得られた条件を用いて臨床分離株の分析を行った。また、結核集団発生より得られた菌株においては両方法とも同一のパターンが得られることが判明し、これらの方法により得られたプローブが有効なものであることが確認された(Kekkaku 76(1)、9-18、2001)。
2)プロトタイプ結核菌ゲノムチップの作製
結核菌標準菌青山B株の整列遺伝子クローンをポリカルボジイミド樹脂でコートしたスライドグラスにスポットしプロトタイプDNAチップを作成した(スポッティングは外注した)。結核菌標準菌株より作成したプローブを用いてハイブリダイゼーション温度、時間、溶液、ぞれの条件の至適化を行った。シグナルの均一性に改良の余地が残った。
3)スペーサーオリゴヌクレオチドチップの作製
直位反復配列(ダイレクトリピート)領域に存在するスペーサー配列をポリカルボジイミド樹脂でコートしたスライドグラスにスポットしスペーサーオリゴDNAチップを作成した(スポッティングは外注した)。結核菌より抽出したDNAを鋳型としてダイレクトリピート領域を増幅させた。これをプローブとして用いてハイブリダイゼーションを行い条件の至適化を行った。シグナルの均一性に改良の余地が残った。
4)結核菌株の収集およびDNAの抽出
約100検体の結核菌DNAを新たに抽出しストックとした。
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[Publications] Ruhul,A.,Suzuki,Y.,Takatorige,T.,Tatara,K.,Shirakura,R.: "Usefulness of self ligation mediated polymerase chain reaction : A rapid method for fingerprinting in molecular epidemiology of tuberculosis"Kekkaku. 76(1). 9-18 (2001)
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[Publications] 鈴木定彦,市原竜生,田丸亜貴,Amin Ruhul,勝川千尋 他: "DNAチップによる結核菌の耐性診断"Bioindustry. 17(5). 36-41 (2000)
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[Publications] 鈴木定彦,田丸亜貴,Amin Ruhul,勝川千尋: "結核菌の薬剤耐性獲得機序の解析と迅速診断への展開"防菌防徽. 28(9). 561-573 (2000)
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[Publications] 長谷川好規,阿部千代治,飯沼山嗣,鈴木定彦,高橋光良,水口康雄: "結核-分子遺伝学からのアプローチ"結核. 75(12). 725-728 (2000)
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[Publications] 鈴木定彦,田丸亜貴,鈴木文,勝川千尋: "細菌の化学療法剤と薬剤耐性(結核菌)"臨床と微生物. 28(1). 35-41 (2001)
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[Publications] Suzuki Y,Yoda T,Ruhul A,Sugiura W: "Molecular cloning and characterization of the gene coding for azoreductae from Bacillus sp.OY 1-2 isolated from soil."J.Biol.Chem. (in press). (2001)
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[Publications] 鈴木定彦,市原竜生,田丸亜貴,Amin Ruhul,勝川千尋 他: "DNAチップ応用技術、第15章 結核菌の薬剤耐性"監修 松永 是,発行者 島 健太郎,第15章執筆. 12(225) (2000)
