2002 Fiscal Year Annual Research Report
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12557041
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
勝又 義直 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (30109326)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
玉木 敬二 京都大学, 大学院・医学研究科, 教授 (90217175)
打樋 利英子 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (20223571)
山本 敏充 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (50260592)
荒川 宜親 国立感染症研究所, 細菌・血液製剤部, 部長(研究職) (10212622)
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| Keywords | SNP / 法医学的応用 / チップ / 半田遺伝子 / 遺伝子的多型 / 蛍光標識プライマー |
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| Research Abstract |
昨年度から継続して、ローカスの選定を行った。The SNP Consortiumの新たに公表されたデータベースから東洋人で2つのアレルの頻度ができるだけ同じに近いローカスを200ほど選択し、そのうち、ゲノムデータベースのマップ上で遺伝子あるいは候補遺伝子領域外にある51ローカスを選んだ。それらのローカスについて、日本人32名のDNA試料を用いてアレル特異的PCR法を行った。そのうちアレル特異的PCRがうまく反応しなかった7ローカスを除く44ローカスでアレル頻度を算出した。
これらについて、カイ二乗検定によりハーディ・ワインベルグ平衡(HWE)からの乖離を検定したところ、5つのローカスで有意差(P < 0.05)が多くみられた。(HWE)からの乖離がみられなかった39ローカス中で、ほぼ同じ頻度(片一方のアレル頻度が0.4以上)のものは22ローカスであった。また、やや偏りのある頻度(片一方のアレル頻度が0.3以上)のものは14ローカスであった。今までに我々が多種DNAマーカーを型判定する蛍光標識マルチプレックスの技術を通じて得た経験を生かして、多座位同時増幅・型判定できる方法を開発しつつある。他の方法についてもできるだけハイスループットの方法を模索している段階で、効率の良いSNPタイピング方法として、Pyrosequencing法やLuminex蛍光ビーズ解析法などについても検討していく予定である。また、現在のローカス数では充分ではないので、今後も、継続して日本人に適したSNPローカスの選定をし、併せて、ヒト集団の違いを区別できるローカスの選定も行い、法医学的応用をしていく予定である。
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[Publications] H.Ohtaki: "A powerful, novel, multiplex typing system for six short tandem repeat loci and allele frequency distributions in two Japanese regional populations"Electrophoresis. 23(19). 3332-3340 (2002)
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[Publications] T.Yoshimoto: "A novel fluorescent quadruplex STR typing system and the allele frequency distributions in a Thai population"J. Forensic Sciences. 48(1). 116-121 (2003)
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[Publications] R.Uchihi: "Haplotype analysis with 14 Y-STR loci using 2 multiplex amplification and typing systems in 2 regional populations in Japan"International J. Legal Medicine. 117. 34-38 (2003)
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[Publications] 栗原リナ: "ヒトY染色体のSTRで観察された突然変異"DNA多型. 10. 110-113 (2002)
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[Publications] 臼田奏子: "新しいマルチタイピングシステムを用いた10Y-STRの日本人及びタイ人におけるハプロタイプ分析"DNA多型. 10. 164-167 (2002)
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[Publications] 打樋利英子: "低分子化DNA試料に有用な新しい Y-STR quadruplex タイピングシステム"DNA多型. 11(印刷中). (2003)
