2002 Fiscal Year Annual Research Report

RNA情報発現系の時空間ネットワーク

Research Project

Project/Area Number	13051101
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	中村義一東京大学, 医科学研究所, 教授 (40114590)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	野本明男東京大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (70112670) 堀田凱樹国立遺伝学研究所, 所長(研究職) (30010036) 京極好正産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, センター長(研究職) 渡辺公綱東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (00134502) 谷口維紹東京大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (50133616)
Keywords	RNA / ネットワーク / RNA蛋白質複合体 / 高次複合機能 / 分子擬態 / ポストゲノム / 転写後調節 / 翻訳調節
Research Abstract	本領域は総括班と4つの計画研究班及び公募研究から構成され、緊密な連絡の下に領域全体および各班の研究目標を達成するように推進された。各研究班の研究成果の概要は以下の通りである。 (総括班)1)総括班実施メンバーにより計画研究項目の内容に関して最新の調査点検議論を実施した。2)国内外における本領域課題に関する研究集会へ出席し情報収集・議論を実施した。3)第1回公開シンポジウムを7月15〜16日につくば国際会議場において開催した。4)合同班会議を平成15年1月9〜11日に島市東レ研修センターにおいて開催した。5)第2、3回総括班会議を平成14年7月14日(於つくば市)及平成15年1月9日(於三島市)開催した。6)計上備品を予定研究機関に設置し次年度の速やかな計画研究開始の準備を完了した。 (A01班・RNPマシーン)リボソーム研究においては、ペプチド転移及び解離因子による翻訳終結の分子機構等のRNA触媒に関する研究がリボソームの立体構造を基盤として進展した。中村らが機能的な研究によって発見したペプチド・アンチコドン(仮説)がクリオ電子顕微鏡解析によって構造的に実証された。 (A02班・RNA制御スイッチ)、分裂酵母におけるアンチザイムのフレームシフト研究、植物シスタチオニンγ-シンターゼのmRNA分解制御の研究、再構成系を用いた転写開始複合体の分離解析、tRNA擬態領域の作用部位の解明等、翻訳機構を中心としたRNA制御シグナルの研究が進展した。 (A03班・動くRNA)神経特異的RNA結合蛋白質Huの多量体形成能とリボソーム相互作用の発見、クロモドメイン蛋白質の線虫始原生殖細胞の増殖制御機能の発見、スプライシングとmRNA核外輸送のカップリング等に関する分子基盤が明らかにされた。 (A04班・高次複合系RNA動態)脆弱X症候群のモデル系としてFMR1相同遺伝子(dfmr1)欠失ショウジョウバエの作成により概日リズムの異常を発見し、dfmr1蛋白質がリボゾーム蛋白質とRNA interference (RNAi)関連因子と相互作用することを示した。ミトコンドリアtRNA遺伝子の変異による「ミトコンドリア病」の病態モデルマウスを樹立し、核DMAの変異が「ミトコンドリア病」の臨床症状の多様性に関与することを明らかにした。

Research Products

(18 results)

All Other

All Publications (18 results)

[Publications] Oguro, A.: "High affinity RNA for initiation factor 4A helicase binds selectively compact form of eIF4 and hinders cap-dependent translation by blocking ATP hydrolysis"RNA. (In press). (2003)
[Publications] Laursen, B.S.: "Characterization of mutations in the GTP-binding domain of IF2 resulting in cold-sensitive growth of Escherichia coli"J. Mol. Biol.. 326. 543-551 (2003)
[Publications] Nakamura, Y.: "Making sense of mimic in translation termination"Trends Biochem. Sci.. 28. 99-105 (2003)
[Publications] Polacek, N.: "The critical role of the universally conserved A2602 of 23S ribosomal RNA in the release of the nascent peptide during translation termination"Mol. Cell. 11. 103-112 (2003)
[Publications] Blake, B.K.: "Backbone ^1H, ^<13>C, and ^<15>N assignments of the ribosome recycling factor from Thermus thermophilus"J. Biomol. NMR. 24. 81-82 (2002)
[Publications] Ito, K.: "Omnipotent decoding potential resides in eukaryotic translation termination factor eRF1 of variant-code organisms and is modulated by the interactions of amino acid sequences within the domain 1"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99. 8494-8499 (2002)
[Publications] Ito, K.: "Elongation factor G participates in ribosome disassembly by interacting with ribosome recycling factor at their tRNA-mimicry domains"Mol. Cell. 9. 1263-1272 (2002)
[Publications] Nevskaya, N.: "Structure of ribosomal protein L1 from M ethanococcus thermolithotrophicus. Functionally important structural invariants on L1 surface"Acta Cryst.. D58. 1023-1029 (2002)
[Publications] Nakamura, Y.: "A tripeptide discriminator for stop codon recognition"FEBS Lett.. 514. 30-33 (2002)
[Publications] Kervestin, S: "Isolation and expression of two genes encoding eukaryotic release factor 1 (eRF1) from Paramecium tetraurelia"J. Euk. Microbiol.. 49. 374-382 (2002)
[Publications] Nakamura, Y.: "Protein tRNA mimicry in translation termination"Cold Spring Harbor Symp. Quant Biol.. 66. 469-475 (2002)
[Publications] Uno, M.: "Polypeptide release at sense and noncognate stop codons by localized charge-exchange alterations in translational release factors"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99. 1819-1824 (2002)
[Publications] Tabara, H.: "The double-stranded RNA binding protein RDE-4 interacts in vivo with RDE-1, DCR-1 and a conserved DexH-box helicase to direct RNA interference in C. elegans"Cell. 109. 861-871 (2002)
[Publications] Vassylyev, D.G.: "Crystal structure of a bacterial RNA polymerase holoenzyme at 2.6 A resolution"Nature. 417. 712-719 (2002)
[Publications] Terada, T.: "Functional convergence of two lysyl-tRNA synthetases with unrelated topologies"Nature Struct. Biol.. 9. 257-262 (2002)
[Publications] Ohtsuki, T.: "A unique serine-specific elongation factor Tu found in nematode mitochondria"Nature Struct. Biol.. 9. 669-673 (2002)
[Publications] Lejeune, F.: "The exon-exon junction complex is detected on CBP80-bound but not eIF4E-bound mRNA in mammalian cells : dynamics of mRNP remodeling"EMBO J.. 21. 3536-3545 (2002)
[Publications] Inoue, S.B.: "A role for the fragile X mental retardation gene in the Drosophila circadian rhythms"Current Biol.. 12. 1331-1335 (2002)

2002 Fiscal Year Annual Research Report

RNA情報発現系の時空間ネットワーク

Principal Investigator

中村 義一 東京大学, 医科学研究所, 教授 (40114590)

Research Products

[Publications] Oguro, A.: "High affinity RNA for initiation factor 4A helicase binds selectively compact form of eIF4 and hinders cap-dependent translation by blocking ATP hydrolysis"RNA. (In press). (2003)

[Publications] Laursen, B.S.: "Characterization of mutations in the GTP-binding domain of IF2 resulting in cold-sensitive growth of Escherichia coli"J. Mol. Biol.. 326. 543-551 (2003)

[Publications] Nakamura, Y.: "Making sense of mimic in translation termination"Trends Biochem. Sci.. 28. 99-105 (2003)

[Publications] Polacek, N.: "The critical role of the universally conserved A2602 of 23S ribosomal RNA in the release of the nascent peptide during translation termination"Mol. Cell. 11. 103-112 (2003)

[Publications] Blake, B.K.: "Backbone ^1H, ^<13>C, and ^<15>N assignments of the ribosome recycling factor from Thermus thermophilus"J. Biomol. NMR. 24. 81-82 (2002)

[Publications] Ito, K.: "Omnipotent decoding potential resides in eukaryotic translation termination factor eRF1 of variant-code organisms and is modulated by the interactions of amino acid sequences within the domain 1"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99. 8494-8499 (2002)

[Publications] Ito, K.: "Elongation factor G participates in ribosome disassembly by interacting with ribosome recycling factor at their tRNA-mimicry domains"Mol. Cell. 9. 1263-1272 (2002)

[Publications] Nevskaya, N.: "Structure of ribosomal protein L1 from M ethanococcus thermolithotrophicus. Functionally important structural invariants on L1 surface"Acta Cryst.. D58. 1023-1029 (2002)

[Publications] Nakamura, Y.: "A tripeptide discriminator for stop codon recognition"FEBS Lett.. 514. 30-33 (2002)

[Publications] Kervestin, S: "Isolation and expression of two genes encoding eukaryotic release factor 1 (eRF1) from Paramecium tetraurelia"J. Euk. Microbiol.. 49. 374-382 (2002)

[Publications] Nakamura, Y.: "Protein tRNA mimicry in translation termination"Cold Spring Harbor Symp. Quant Biol.. 66. 469-475 (2002)

[Publications] Uno, M.: "Polypeptide release at sense and noncognate stop codons by localized charge-exchange alterations in translational release factors"Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99. 1819-1824 (2002)

[Publications] Tabara, H.: "The double-stranded RNA binding protein RDE-4 interacts in vivo with RDE-1, DCR-1 and a conserved DexH-box helicase to direct RNA interference in C. elegans"Cell. 109. 861-871 (2002)

[Publications] Vassylyev, D.G.: "Crystal structure of a bacterial RNA polymerase holoenzyme at 2.6 A resolution"Nature. 417. 712-719 (2002)

[Publications] Terada, T.: "Functional convergence of two lysyl-tRNA synthetases with unrelated topologies"Nature Struct. Biol.. 9. 257-262 (2002)

[Publications] Ohtsuki, T.: "A unique serine-specific elongation factor Tu found in nematode mitochondria"Nature Struct. Biol.. 9. 669-673 (2002)

[Publications] Lejeune, F.: "The exon-exon junction complex is detected on CBP80-bound but not eIF4E-bound mRNA in mammalian cells : dynamics of mRNP remodeling"EMBO J.. 21. 3536-3545 (2002)

[Publications] Inoue, S.B.: "A role for the fragile X mental retardation gene in the Drosophila circadian rhythms"Current Biol.. 12. 1331-1335 (2002)

中村義一東京大学, 医科学研究所, 教授 (40114590)