個人識別用STRローカスのアレル頻度分布における日本人集団内の地域差に関する研究

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14570385
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 打樋 利英子 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 助手 (20223571)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 吉岡 尚文 秋田大学, 医学部, 教授 (80108935) ; 勝又 義直 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (30109326) ; 山本 敏充 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (50260592) ; 岸田 哲子 大分医科大学, 医学部, 教授 (50136793) ; 玉木 敬二 京都大学, 大学院・医学研究科, 教授 (90217175)
• Keywords: 日本人 / STR / Y染色体 / 遺伝的多型 / 遺伝マーカー

Research Abstract

本年度は、名古屋200名、秋田199名、沖縄196名のDNA試料からAmpFlSTR Identifiler kitを用いて常染色体上の15STRローカスのタイピングを行い、各ローカスのアレル頻度を算出した。また、これらの頻度について、Hardy-Weinberg平衡(HWE)からの乖離を、homozygosity test、likelihood ratio test exact testにより検定したところ、全てのローカスにおいて、少なくともexact testで乖離は認められなかった。また、アメリカ合衆国NISTが開発した10ローカス(DYS436、DYS439、DYS435、DYS19、DYS460、YGATAH4、DYS391、DYS392、DYS438、DYS437)のY-STRをマルチプレックス法により型判定できるシステムにおいて、非常に情報量が少ないDYS436をMinimal Databaseに含まれるDYS389Iに入れ換えた改良型の10-plexシステムを作製し、このシステムと、市販のY-PLEX6キット(DYS393、DYS19、DYS389、DYS390、DYS391、DYS385)を用いて、名古屋207名、秋田122名、沖縄87名の男性DNA試料から、共通な2ローカスを除く14ローカスのハプロタイプ解析を行った。また、同様に、大分で採取された135名のDNA試料についても現在解析中である。今後、少なくとも全ての集団で200サンプル以上収集し、できれば、他の地域から収集したDNA試料や我々が開発したマルチプレックスに含まれるローカスをダイピングした後、各ローカスの地域差について、GenepopやStructure programなどのソフトを使って検討したいと考えている。

Research Products

• [Publications] H.Ohtaki: "A powerful, novel, multiplex typing system for six short tandem repeat loci and the allele frequency distributions in two Japanese regional populations"Electrophoresis. 23(19). 3332-3340 (2002)
• [Publications] T.Yoshimoto: "A novel fluorescent quadruplex STR typing system and the allele frequency distributions in a Thai population"J. Forensic Sciences. 48(1). 116-121 (2003)
• [Publications] R.Uchihi: "Haplotype analysis with 14 Y-STR loci using 2 multiplex amplification and typing systems in 2 regional populations in Japan"International J. Legal Medicine. 117. 34-38 (2003)
• [Publications] 栗原リナ: "ヒトY染色体のSTRで観察された突然変異"DNA多型. 10. 110-113 (2002)
• [Publications] 臼田奏子: "新しいタイピングシステムを用いた10 Y-STRの日本人及びタイ人におけるハプロタイプ分析"DNA多型. 10. 164-167 (2002)
• [Publications] 打樋利英子: "低分子化DNA試料に有用な新しいY-STR quadruplexタイピングシステム"DNA多型. 11(印刷中). (2003)