酵母全基準株のrRNA情報データベース構築と多次元情報解析による分類体系再構築

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15380062
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 関 達治 大阪大学, 生物工学国際交流センター, 教授 (50029245)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 宮崎 智 国立遺伝学研究所, 助教授 (30290894) ; 藤山 和仁 大阪大学, 生物工学国際交流センター, 助教授 (70209112) ; 中川 浩子(川崎 浩子) 大阪大学, 生物工学国際交流センター, 助手 (30251482) ; 杉田 隆 明治薬科大学, 助教授 (10312076) ; 浜本 牧子 大阪大学, 理化学研究所, 先任研究員 (30333305)
• Keywords: 18S rDNA / データベース / 分類体系 / 酵母 / rRNA二次構造 / rRNA

Research Abstract

本研究では、研究体制を整え、酵母菌18S rDNA塩基配列の決定と、18S rDNAデータと表現形質データとのデータ整理の構築に努めた。
まず、それぞれの研究分担者が有する微生物株の18S rDNAの塩基配列を解析し、それに関連した酵母の18S rDNA塩基配列の収集と整理を行った。その結果、子嚢菌系不完全酵母Candida属の基準株100株、子嚢菌酵母Debaryomyces属全種、Q9を有するPichia属全種、Galactomyces属全種、Metschnikowia属全種、Clavispora属全種、その他、Q8を有するPichia属数種について解析が終了した。また、病原性酵母については、子嚢菌、担子菌を合わせ、50%強の解析が終了した。
次に、18S rDNAデータ解析、並びに表現形質の多次元解析については、国立大学遺伝研究所、宮崎(研究分担者)らが開発したソフトInforBIOを利用し、解析、並びにデータベースより収集した菌株のデータベースの構築を開始した。今後、生理性状のデータについても同時にデータベースかを進めていく予定である。
18S rDNAの二次構造作成用ソフトウェアの開発については、推定二次構造を考慮したアライメント作成のアルゴリズムの構築を現在行っている。アルゴリズムの完成には至っていないが、ほぼそのシステムは定まり、実際にこれらを使用する酵母のデータベース作成研究分担者の要望を考慮しつつ進めているところである。