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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Development of Analysis Method for Reconbinant Biomacromolecular System utlizing Neutron Scattering

Research Project

Project/Area Number 15H02042
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

杉山 正明  京都大学, 原子炉実験所, 教授 (10253395)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 加藤 晃一  名古屋市立大学, 大学院薬学研究科, 教授 (20211849)
矢木 宏和  名古屋市立大学, 大学院薬学研究科, 講師 (70565423)
井上 倫太郎  京都大学, 原子炉実験所, 准教授 (80563840)
藤井 紀子  京都大学, 原子炉実験所, 教授 (90199290)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywords中性子散乱 / 重水素化 / クラウディング
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、「1.重水素化タンパク質の調製系の立ち上げ」「2.調製タンパク質における重水素化率の制御、特に75%重水素化タンパク質調製」「3.75%重水素化タンパク質を用いた逆転コントラスト同調-中性子溶液散乱法の確立」「4.高濃度75%重水素化タンパク質を用いた水晶体模倣系でのクリスタリンの構造研究」の4つの項目を目的とした。昨年度までの研究により第3項目まではほぼ達成されており(ただし、重水素化率の精密制御は今後の課題である)、今年度はタンパク質高濃度系の構築とその中での構造測定(第4項目)を目的として研究を行った。タンパク質をクラウダーとして高濃度系を構築するための予備実験として、グリセロールをクラウダーとした高濃度溶液中でのαBクリスタリンのX線小角散乱、動的光散乱測定を行い測定可能であることを確認した。この結果を踏まえ「高濃度タンパク質溶液中のタンパク質の構造を粒子間干渉効果を影響を受けずに測定するため」に75%重水素化αBクリスタリンの30mg/mL重水溶液中に0.5mg/mL軽水素化αBクリスタリンを混合した溶液を調製した。この溶液では逆転コントラスト同調-中性子溶液散乱法により、希薄な軽水素化αBクリスタリンの構造を選択的に測定が可能である。測定はオーストラリアの中性子散乱研究施設(ANSTO)に設置された中性子小角散乱分光器(QUAKKA)及び米国のオークリッジ国立研究所のた中性子小角散乱分光器(Bio-SANS)を用いて行った。測定結果より、高濃度系においてもαBクリスタリン間でサブユニットが交換されている事が確認された。加えて、非常に興味深い事に交換の時定数は希薄系とほぼ等しいという結果が得られ、現在解析中である。水晶体により近い100mg/mLを越える高濃度系の構築とその系での測定手法の確立が今後の課題である。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2018 2017

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 3 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Elucidating the Solvent Effect on the Switch of the Helicity of Poly(quinoxaline-2,3-diyl)s: A Conformational Analysis by Small-Angle Neutron Scattering2018

    • Author(s)
      Nagata Yuuya、Nishikawa Tsuyoshi、Suginome Michinori、Sato Sota、Sugiyama Masaaki、Porcar Lionel、Martel Anne、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 140 Pages: 2722~2726

    • DOI

      10.1021/jacs.7b11626

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Solution scattering approaches to dynamical ordering in biomolecular systems2018

    • Author(s)
      Bernad? Pau、Shimizu Nobutaka、Zaccai Giuseppe、Kamikubo Hironari、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1862 Pages: 253~274

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.10.015

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Conversion of functionally undefined homopentameric protein PbaA into a proteasome activator by mutational modification of its C-terminal segment conformation2017

    • Author(s)
      Yagi-Utsumi Maho、Sikdar Arunima、Kozai Toshiya、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Uchihashi Takayuki、Yagi Hirokazu、Satoh Tadashi、Kato Koichi
    • Journal Title

      Protein Engineering, Design and Selection

      Volume: 31 Pages: 29~36

    • DOI

      10.1093/protein/gzx066

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of the overlapping dinucleosome composed of hexasome and octasome2017

    • Author(s)
      Kato Daiki、Osakabe Akihisa、Arimura Yasuhiro、Mizukami Yuka、Horikoshi Naoki、Saikusa Kazumi、Akashi Satoko、Nishimura Yoshifumi、Park Sam-Yong、Nogami Jumpei、Maehara Kazumitsu、Ohkawa Yasuyuki、Matsumoto Atsushi、Kono Hidetoshi、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Kurumizaka Hitoshi
    • Journal Title

      Science

      Volume: 356 Pages: 205~208

    • DOI

      10.1126/science.aak9867

    • Open Access
  • [Journal Article] Characterization of conformational deformation-coupled interaction between immunoglobulin G1 Fc glycoprotein and a low-affinity Fcγ receptor by deuteration-assisted small-angle neutron scattering2017

    • Author(s)
      Yogo Rina、Yanaka Saeko、Yagi Hirokazu、Martel Anne、Porcar Linoel、Ueki Yutaro、Inoue Rintaro、Sato Nobuhiro、Sugiyama Masaaki、Kato Koichi
    • Journal Title

      Biochemistry and Biophysics Reports

      Volume: 12 Pages: 1~4

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2017.08.004

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 2017 publication guidelines for structural modelling of small-angle scattering data from biomolecules in solution: an update2017

    • Author(s)
      Trewhella Jill、Sugiyama Masaaki, etal.,
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      Volume: 73 Pages: 710~728

    • DOI

      10.1107/S2059798317011597

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of heteromolecular binding sites in transcription factors Sp1 and TAF4 using high-resolution nuclear magnetic resonance spectroscopy2017

    • Author(s)
      Hibino Emi、Inoue Rintaro、Sugiyama Masaaki、Kuwahara Jun、Matsuzaki Katsumi、Hoshino Masaru
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 26 Pages: 2280~2290

    • DOI

      10.1002/pro.3287

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gliadins from wheat grain: an overview, from primary structure to nanostructures of aggregates2017

    • Author(s)
      Urade Reiko、Sato Nobuhiro、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Biophysical Reviews

      Volume: 10 Pages: 435~443

    • DOI

      10.1007/s12551-017-0367-2

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Integrative approach to protein structure and dynamics2018

    • Author(s)
      M.Sugiyama, R.Inoue, M.Morishima, Y.Sakamaki, N.Fujii, K.Ishii, S.Uchiyama
    • Organizer
      The 8th The 8th Taiwan-Japan Joint Meeting on Neutron and X-ray Scattering
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 中性子散乱による蛋白質のドメイン運動の研究2018

    • Author(s)
      杉山正明, 井上倫太郎, 小田 隆, 佐藤 衛, 苙口友隆
    • Organizer
      2017年度 量子ビームサイエンスフェスタ
  • [Presentation] 統合構造生物学における中性子溶液散乱法2017

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      第17回日本中性子科学会年会
  • [Presentation] Study on intra- and inter-protein dynamics by neutron solution scattering2017

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama
    • Organizer
      The 17th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 溶液中性子散乱2017

    • Author(s)
      杉山正明
    • Organizer
      中性子生物構造研究会
    • Invited
  • [Presentation] Investigation on domain motion of protein by neutron scattering2017

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama
    • Organizer
      Frontier Bioorganization Forum :Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular system
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2018-12-17  

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