2017 Fiscal Year Annual Research Report
Study of genome maintenance / inheritance mechanism based on chromosome 4D structure analysis
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15H02369
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
須谷 尚史 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 講師 (30401524)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 染色体 / 染色体構築原理 / 染色体高次構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、核内の染色体構造を高解像度に描出すること、そしてその制御機構を明らかにすることを目指している。今年度は、次世代シークエンサーを用いて染色体高次構造を可視化する実験手法であるHi-C法の導入を行った。実験パラメータの最適化により、100 kb程度という非常に高い解像度で核内のDNA相互作用の様子を捉えることに成功した。これは世界の最先端の精度と並ぶものであると考えている。また取得したデータセットをコンピュータ上で解析するためのパイプラインの整備も終えることができた。確立した実験手技を用いて、これまでにヒト培養細胞の各細胞周期における核内高次構造データを取得した。また、染色体凝縮因子コンデンシンを欠くM期細胞での高次構造や、間期核において構造構築に重要な役割を果たす各種因子（コヒーシン、NIPBL、CTCF、ESCO等）を欠く間期細胞での高次構造データの取得も終えることができた。これらのデータと、昨年までに取得した各種因子の染色体上結合位置の高精度マップ（定量ChIP-seqにより取得されたもの）が揃ったことで、核内高次構造の制御機構の詳細理解を志向した系統的解析を今後遂行してゆくために不可欠なデータベースが整備された。各種染色体制御因子の変異により引き起こされる希少疾患患者由来の細胞についても同様の解析を行ったので、染色体高次構造と染色体機能の連携とその破綻のメカニズムについても解明を進める。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] DBTSS/DBKERO for integrated analysis of transcriptional regulation.2018
Author(s)
Suzuki A, Kawano S, Mitsuyama T, Suyama M, Kanai Y, Shirahige K, Sasaki H, Tokunaga K, Tsuchihara K, Sugano S, Nakai K, Suzuki Y.
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Journal Title
Nucleic Acids Res.
Volume: 46
Pages: D229-D238
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Genome-Wide Target Analyses of Otx2 Homeoprotein in Postnatal Cortex.2017
Author(s)
Sakai A, Nakato R, Ling Y, Hou X, Hara N, Iijima T, Yanagawa Y, Kuwano R, Okuda S, Shirahige K, Sugiyama S
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Journal Title
Front Neurosci
Volume: 11
Pages: 307
DOI
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[Journal Article] Decreased cohesin in the brain leads to defective synapse development and anxiety-related behavior.2017
Author(s)
Fujita Y, Masuda K, Bando M, Nakato R, Katou Y, Tanaka T, Nakayama M, Takao K, Miyakawa T, Tanaka T, Ago Y, Hashimoto H, Shirahige K*, Yamashita T*.(*Equally Contributed Authors)
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Journal Title
J Exp Med.
Volume: 214
Pages: 1431-1452
DOI
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