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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Creation of bioactive compounds by activation and engineering of microbial secondary metabolite biosynthetic genes

Research Project

Project/Area Number 15H02445
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

長田 裕之  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 副センター長 (80160836)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 加藤 直樹  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (90442946)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywords生物活性物質 / ケミカルバイオロジー / 二次代謝産物
Outline of Annual Research Achievements

天然物、特に微生物代謝産物から、抗生物質、抗がん剤、免疫抑制剤など多くの医薬品が開発されてきた。近年、合成化合物が創薬の探索源として用いられることが多いが、生物活性の強さ、構造多様性では天然物が優れている。本研究では、我々が構築してきた新世代ケミカルバイオロジー研究基盤を利用して新規生物活性物質の創出を目指してきた。
今年度も引き続き、パスウェイ工学およびNPPlotデータベースを駆使し、新規微生物代謝産物の取得に取り組んだ。これまでの解析で見出した有用代謝産物の生合成遺伝子クラスターの解析を行った。それにより、生合成経路の全容を明らかにするとともに、生合成経路遺伝子クラスター改変により多様な構造の類縁化合物を収集し、生物活性評価に供することで、今後の農薬開発に資する構造活性相関を得た。また、イネいもち病菌をモデルとした二次代謝制御系の解析から、植物感染との関連が指摘されている代謝物の生産制御を担う経路特異的転写活性化因子の同定に成功した。リベロマイシン生合成遺伝子発現を活性化する外来因子(バイオメディエーター)の解析では、候補化合物の構造最適化を行い、放線菌での作用標的を同定した。本化合物が他の放線菌においても、二次代謝物生産誘導が可能であることを実証した。NPPlotを活用した化合物探索では、ユニークな環構造を有する糸状菌代謝産物の取得に成功した。真菌版MorphoBaseを用いた抗真菌物質のスクリーニングにより、Candida albicansに対して興味深い形態変化を誘導する活性を見いだし、その放線菌培養物より、活性本体の特定に成功した。
以上のように、微生物代謝産物を起点としたケミカルバイオロジー研究に取り組んだ結果、微生物二次代謝を活性化するバイオメディエーターや病原性真菌C. albicansに対する興味深い作用を示す放線菌代謝物など、今後の新規生物活性物質の創出につながる十分な成果が得られた。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (70 results)

All 2018 2017

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 2 results) Presentation (58 results) (of which Int'l Joint Research: 24 results,  Invited: 15 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Biosynthesis and Structure-Activity Relationship Studies of Okaramines That Target Insect Glutamate-Gated Chloride Channels2018

    • Author(s)
      Kato N, Furutani S, Otaka J, Noguchi A, Kinugasa K, Kai K, Hayashi H, Ihara M, Takahashi S, Matsuda K, Osada H.
    • Journal Title

      ACS Chem Biol

      Volume: 13 Pages: 561-566

    • DOI

      10.1021/acschembio.7b00878

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of a small-molecule ligand of β-arrestin1 as an inhibitor of stromal fibroblast cell migration accelerated by cancer cells2018

    • Author(s)
      Suvarna K, Honda K, Kondoh Y, Osada H, Watanabe N.
    • Journal Title

      Cancer Med

      Volume: 7 Pages: 883-893

    • DOI

      10.1002/cam4.1339

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of cytotoxic, glutathione-reactive moieties inducing accumulation of reactive oxygen species via glutathione depletion2018

    • Author(s)
      Wilke J, Kawamura T, Watanabe N, Osada H, Ziegler S, Waldmann H.
    • Journal Title

      Bioorg Med Chem

      Volume: 26 Pages: 1453-1461

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2017.11.009

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Wakodecalines A and B, new decaline metabolites isolated from a fungus Pyrenochaetopsis sp. RK10-F0582018

    • Author(s)
      Nogawa T, Kato N, Shimizu T, Okano A, Futamura Y, Takahashi S, Osada H.
    • Journal Title

      J Antibiot

      Volume: 71 Pages: 123-128

    • DOI

      10.1038/ja.2017.103

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of a Terpenoid-Production Platform in Streptomyces reveromyceticus SN-5932017

    • Author(s)
      Khalid A, Takagi H, Panthee S, Muroi M, Chappell J, Osada H, Takahashi S.
    • Journal Title

      ACS Synth Biol

      Volume: 6 Pages: 233-2349

    • DOI

      10.1021/acssynbio.7b00249

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Regulatory Mechanism of Mycotoxin Tenuazonic Acid Production in Pyricularia oryzae2017

    • Author(s)
      Yun CS, Motoyama T, Osada H.
    • Journal Title

      ACS Chem Biol

      Volume: 12 Pages: 2270-2274

    • DOI

      10.1021/acschembio.7b00353

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of a gene cluster for telomestatin biosynthesis and heterologous expression using a specific promoter in a clean host2017

    • Author(s)
      Amagai K, Ikeda H, Hashimoto J, Kozone I, Izumikawa M, Kudo F, Eguchi T, Nakamura T, Osada H, Takahashi S, Shin-Ya K.
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 7 Pages: 3382

    • DOI

      10.1038/s41598-017-03308-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Functional annotation of chemical libraries across diverse biological processes2017

    • Author(s)
      Piotrowski JS, Li SC, et al., Osada H, Yoshida M, Myers CL, Boone C.
    • Journal Title

      Nat Chem Biol

      Volume: 13 Pages: 982-993

    • DOI

      10.1038/nchembio.2436

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Hitoyol A and B, Two Norsesquiterpenoids from the Basidiomycete Coprinopsis cinerea2017

    • Author(s)
      Otaka J, Hashizume D, Masumoto Y, Muranaka A, Uchiyama M, Koshino H, Futamura Y, Osada H.
    • Journal Title

      Org Lett

      Volume: 19 Pages: 4030-4033

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.7b01784

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification and structure-activity relationship of purine derivatives as novel MTH1 inhibitors2017

    • Author(s)
      Kumar A, Kawamura T, Kawatani M, Osada H, Zhang KYJ.
    • Journal Title

      Chem Biol Drug Des

      Volume: 89 Pages: 862-869

    • DOI

      10.1111/cbdd.12909

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of a trichothecene production inhibitor by chemical array and library screening using trichodiene synthase as a target protein2017

    • Author(s)
      Maeda K, Nakajima Y, Motoyama T, Kondoh Y, Kawamura T, Kanamaru K, Ohsato S, Nishiuchi T, Yoshida M, Osada H, Kobayashi T, Kimura M.
    • Journal Title

      Pestic Biochem Physiol

      Volume: 138 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1016/j.pestbp.2017.03.006

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 破骨細胞を標的とするリベロマイシンA:生物活性研究から生合成研究への展開2018

    • Author(s)
      長田裕之
    • Organizer
      日本薬学会第138回年会
    • Invited
  • [Presentation] 担子菌類Coprinopsis cinereaからの新規骨格を有する2種のノルセスキテルペノイド2018

    • Author(s)
      大髙潤之介、二村友史、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] 糸状菌Pyrenochaetopsis sp. RK10-F058より単離した新規デカリン骨格含有二次代謝産物wakodecaline Cの構造2018

    • Author(s)
      野川俊彦、加藤直樹、清水猛、岡野亜紀子、二村友史、高橋俊二、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] がん代謝阻害剤スクリーニングと呼吸阻害作用解析2018

    • Author(s)
      室井誠、二村友史、青野晴美、川谷誠、関根朋美、野川俊彦、林田莉奈、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] がん代謝研究を加速するオミックス解析基盤の構築2018

    • Author(s)
      佐竹華子、二村友史、室井誠、野川俊彦、川谷誠、井本正哉、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] Pyricularia oryzaeにおけるテヌアゾン酸生産誘導化合物の探索と作用機構解析2018

    • Author(s)
      本山高幸、田中陽子、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] 立体選択的デカリン形成を担うFsa2ファミリーDiels-Alderaseの機能解析2018

    • Author(s)
      加藤直樹、野川俊彦、衣笠清美、高橋俊二、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] リベロマイシン生合成に関わるサクシニル化酵素群の機能解析2018

    • Author(s)
      鬼頭奈央子、高橋 俊二、佐藤裕美、奥村英夫、熊坂崇、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] テヌアゾン酸の環状骨格形成を担うケトシンターゼドメインの結晶化解析2018

    • Author(s)
      尹忠銖、西本一希、本山高幸、日野智也、永野真吾、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] イネいもち病菌におけるpyriculol類生合成関連aldo/keto reductase遺伝子の機能解析2018

    • Author(s)
      古山祐貴、本山高幸、野川俊彦、清田洋正、鎌倉高志、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] Tolypocladium albumにおけるNPD938による二次代謝産物生合成遺伝子の発現誘導機構2018

    • Author(s)
      石井友彬、本山高幸、鎌倉高志、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] がん代謝を阻害するプレニルフラボノイドの作用機序解析2018

    • Author(s)
      二村友史、青野晴美、佐竹華子、室井誠、川谷誠、野川俊彦、井本正哉、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] がん細胞に活性酸素種産生を誘導する化合物のスクリーニング2018

    • Author(s)
      河村達郎、WILKE Julian、渡辺信元、ZIEGLER Slava、WALDMANN Herbert、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] 新規アントラキノンkinanthraquinoneの同定と生物活性評価2018

    • Author(s)
      高木海、野川俊彦、二村友史、長田裕之、高橋俊二
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] Candida albicansに菌糸形態を誘導する化合物RK-276Aのケミカルバイオロジー研究2018

    • Author(s)
      山本甲斐、二村友史、清水猛、長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [Presentation] 抗生物質学からケミカルバイオロジーへの展開(微生物創薬研究の温故知新)2018

    • Author(s)
      長田裕之
    • Organizer
      日本技術士会化学部会 2月度 講演会
    • Invited
  • [Presentation] Systematic Isolation of Microbial Metabolites and the Target Identification2018

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      International Symposium on Himalayan Biodiversity Bioresources
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] New approach to search and isolate novel secondary metabolites from microbes for a chemical biology study2018

    • Author(s)
      Toshihiko Nogawa and Hiroyuki Osada
    • Organizer
      International Symposium on Himalayan Biodiversity Bioresources
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Anti-osteoclastic agent, reveromycin A (biological activity and biosynthesis)2018

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      Department of Chemistry Bicoastal Lecture Series, The Scripps Research Institute
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Chemical Synthesis or Biosynthesis:It is the Question for Reveromycin Production2018

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      The Mona Symposium 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] がん細胞に誘起される繊維芽細胞遊走を阻害する小分子探索2017

    • Author(s)
      渡辺信元、Kruthi Suvarna、本田香織、近藤恭光、長田裕之
    • Organizer
      2107年度生命科学系学会合同年次大会
  • [Presentation] がん代謝を標的とする小分子阻害剤の探索2017

    • Author(s)
      長田裕之、二村友史、室井誠
    • Organizer
      第76回日本癌学会学術総会
    • Invited
  • [Presentation] グルコース非依存性がん代謝機構を標的とした小分子阻害剤の探索2017

    • Author(s)
      川谷誠、青野晴美、二村友史、室井誠、長田裕之
    • Organizer
      第76回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] Exploration of small molecules targeting cancer metabolism2017

    • Author(s)
      二村友史、青野晴美、川谷誠、長田裕之
    • Organizer
      第76回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] Identification of a ligand compound of beta-arrestin as an inhibitor of metastasis of carcinoma associated fibroblasts2017

    • Author(s)
      Kruthi Suvarna, Hiroyuki Osada, Nobumoto Watanabe
    • Organizer
      第76回日本癌学会学術総会
  • [Presentation] 糸状菌Pyrenochaetopsis sp. RK10-F058より単離した新規デカリン骨格含有二次代謝産物の構造2017

    • Author(s)
      野川俊彦、加藤直樹、清水猛、岡野亜紀子、二村友史、高橋俊二、長田裕之
    • Organizer
      第59回天然有機化合物討論会
  • [Presentation] 真菌の形態変化を指標とした抗真菌物質YO15001A、Bの単離2017

    • Author(s)
      山本甲斐、二村友史、長田裕之
    • Organizer
      第32回日本放線菌学会大会
  • [Presentation] リベロマイシン生合成に関わるRevMの機能解析2017

    • Author(s)
      鬼頭奈央子、高橋俊二、佐藤裕美、奥村英夫、熊坂崇、長田裕之
    • Organizer
      第32回日本放線菌学会大会
  • [Presentation] 植物病原糸状菌の感染戦略におけるテヌアゾン酸生産の関与2017

    • Author(s)
      柏毅、本山高幸、長田裕之
    • Organizer
      平成29年度植物感染生理談話会
  • [Presentation] 破骨細胞を標的とするreveromycin Aの研究2017

    • Author(s)
      長田裕之
    • Organizer
      筑波大学WPIセミナー「有機化学・創薬化学セミナー」
    • Invited
  • [Presentation] 抗生物質学からケミカルバイオロジーへの展開(微生物創薬研究の温故知新)2017

    • Author(s)
      長田裕之
    • Organizer
      ライフサイエンス技術部会・反応分科会 講演会
    • Invited
  • [Presentation] 的を射る難しさ2017

    • Author(s)
      長田 裕之
    • Organizer
      第52回 天然物化学談話会
    • Invited
  • [Presentation] エネルギー代謝を標的とした小分子化合物の探索2017

    • Author(s)
      二村友史、川谷誠、青野晴美、長田裕之
    • Organizer
      第21回日本がん分子標的治療学会学術集会
  • [Presentation] グルコース非依存性がん代謝機構を標的とした小分子阻害剤の探索2017

    • Author(s)
      川谷誠、青野晴美、二村友史、室井誠、長田裕之
    • Organizer
      第21回日本がん分子標的治療学会学術集会
  • [Presentation] アルテスネイトはミトコンドリア障害を介して幹細胞特異的生存阻害を引き起こす2017

    • Author(s)
      渡辺信元、二村友史、長田裕之
    • Organizer
      第21回日本がん分子標的治療学会学術集会
  • [Presentation] ケミカルバイオロジーの威力2017

    • Author(s)
      長田 裕之
    • Organizer
      関西学院大学化学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] ChemProteoBase を用いた化合物のオフターゲット解析2017

    • Author(s)
      室井誠、川谷誠、河村達郎、近藤恭光、二村友史、田中美帆、青野晴美、本田香織、長田裕之
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第12回年会
  • [Presentation] 植物病原糸状菌が生産する二次代謝産物テヌアゾン酸は宿主の抵抗性を誘導する2017

    • Author(s)
      柏毅、本山高幸、長田裕之
    • Organizer
      平成29年度日本植物病理学会大会
  • [Presentation] Chemical array screening, a powerful approach for exploring small molecule inhibitors against proteins2017

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      International Symposium “Systems Glycobiology and Beyond”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Screening and target identification of small molecules affecting cancer metabolism2017

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      ICBS 2017
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Biosynthesis and regulatory mechanism of mycotoxin tenuazonic acid in Pyricularia oryzae2017

    • Author(s)
      Choong-Soo Yun, Takayuki Motoyama, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Application of a fraction library for new metabolites search2017

    • Author(s)
      Toshihiko Nogawa, Akiko Okano, Yushi Futamura, Takeshi Shimizu, Nobumoto Watanabe, Shunji Takahashi, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Exploration of novel antifungal substances based on fungal morphological changes2017

    • Author(s)
      Kai Yamamoto, Yushi Futamura, Takeshi Shimizu, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Fsa2-family Diels-Alderases are responsible for the stereoselective decaline formation2017

    • Author(s)
      Naoki Kato, Toshihiko Nogawa, Kiyomi Kinugasa, Shunji Takahashi, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Identification of pyrrolizilactone biosynthetic gene cluster of the fungus RKB35642017

    • Author(s)
      Sayaka Hirosawa, Naoki Kato, Kiyomi Kinugasa, Shunji Takahashi, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] New secondary metabolites from Basidiomycete2017

    • Author(s)
      Junnosuke Otaka and Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of an FAD-dependent Monooxygenase Gene Involved in Pyriculol Biosynthesis2017

    • Author(s)
      Yuki Furuyama, Takayuki Motoyama, Toshihiko Nogawa, Takashi Kamakura, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Identification of novel anthraquinone biosynthetic gene cluster2017

    • Author(s)
      Risa Takao, Naoko Kito, Hiroshi Takagi, Hiroyuki Osada, Shunji Takahashi
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Inhibitor of stromal fibroblast migration accelerated by cancer cells2017

    • Author(s)
      Kruthi Suvarna, Kaori Honda, Yasumitsu Kondoh, Hiroyuki Osada, Nobumoto Watanabe
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Pentapeptides from Streptomyces sp. RK88-1441 by using the one strain-many compounds strategy2017

    • Author(s)
      Jun-Pil Jang, Gwi Ja Hwang, Min Cheol Kwon, In-Ja Ryoo, Sung-Kyun Ko, Jae-Hyuk Jang, Hiroyuki Osada, Jong Seong Ahn
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of lucilactaene biosynthesis gene cluster2017

    • Author(s)
      Sho Kato, Takayuki Motoyama, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      3rd KRIBB-RIKEN Chemical Biology Joint Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Activation of the sleeping gene cluster of microbial secondary metabolites2017

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      9th US-Japan Seminar on the Biosynthesis of Natural Products
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Screening of Inhibitors against Cancer Stem Cells from Natural Products Depository (NPDepo)2017

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      18th International Symposium on the Biology of Actinomycetes (ISBA18)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structure-activity relationship of NPD9055, a small-molecule inducer of reactive oxygen species2017

    • Author(s)
      Tatsuro Kawamura, Erchang Shang, Gernot Hahne, Sonja Sievers, Slava Ziegler, Nobumoto Watanabe, Herbert Waldmann, Hiroyuki Osada
    • Organizer
      RIKEN-Max Planck Joint Research Center for System Chemical Biology, The 6th Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Novel application of chemical array: Screening approach for drug discovery from natural product enantiomers2017

    • Author(s)
      Yasumitsu Kondoh, Kaori Honda, Taro Noguchi, Shinya Oishi, Hiroaki Ohno, Nobutaka Fujii, and Hiroyuki Osada
    • Organizer
      RIKEN-Max Planck Joint Research Center for System Chemical Biology, The 6th Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A proteomic profiling, ChemProteoBase, reveals non-proteinous target of compounds2017

    • Author(s)
      Makoto Muroi, Makoto Kawatani, Akira Wada, Miho Tanaka, and Hiroyuki Osada
    • Organizer
      RIKEN-Max Planck Joint Research Center for System Chemical Biology, The 6th Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Artesunate selectively inhibits of cancer stemness through the mitochondrial dysfunction2017

    • Author(s)
      Nobumoto Watanabe, Amit Subedi, Yushi Futamura, Akihide Ryo and Hiroyuki Osada
    • Organizer
      RIKEN-Max Planck Joint Research Center for System Chemical Biology, The 6th Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Screening of small molecule inhibitors of human pirin2017

    • Author(s)
      Hiroyuki Osada
    • Organizer
      253rd American Chemical Society National Meeting & Exposition
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] Bioprobes, 2nd edition2017

    • Author(s)
      Osada H (ed)
    • Total Pages
      384
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-4-431-56527-7

URL: 

Published: 2018-12-17  

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