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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Statistical modeling of spatio-temporal data on natural and social phenomena, and those understanding

Research Project

Project/Area Number 15H02670
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

西井 龍映  九州大学, マス・フォア・インダストリ研究所, 教授 (40127684)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 持田 恵一  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (90387960)
恩田 義彦  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (50547073) [Withdrawn]
松田 安昌  東北大学, 経済学研究科, 教授 (10301590)
田中 章司郎  広島経済大学, 経済学部, 教授 (00197427)
前園 宜彦  九州大学, 数理学研究院, 教授 (30173701)
増田 弘毅  九州大学, 数理学研究院, 教授 (10380669)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords超高解像度画像 / マルチラベル判別 / 遺伝子ネットワーク / コンピュータビジョン / 植物の表現型
Outline of Annual Research Achievements

2018年度に公開された論文の概要は以下の通りである.
ドローンで地表面を観測した超高解像度画像は,解像度が数cmとなるため各画素ごとではなく,各タイル(例:5m四方)に,含まれているカテゴリを複数答えることが求められ,これをマルチラベル判別という.構造化 SVM はデータの構造を反映するように構成された判別関数を定義し,L2損失に誤判別に対するペナルティを加えた目的関数最小化で判別を行う.提案手法は,さらに隣接タイル間の判別結果は大きく異ならないというルールを埋め込んだ構造化SVMを提案し,複数の実画像で構造化 SVMより優れた性能を示した.
ハイスループットな遺伝子発現データに基づき,植物の遺伝子ネットワーク(GRN)を推定する統計的手法や機械学習手法が進歩してきている.大きいGNRは遺伝子の機能を導き出す基本的道具であり,得られるハブ遺伝子は機能解析において重要である.ここではGNR 推定に関連した60編以上の論文を,統計手法のみ,機械学習のみ,両者を併用した論文に大別してレビューした.また GNR は植物の成長過程に応じて変化するため,時系列を意識して GNR 推定を行う論文にも注目した.
コンピュータビジョンは植物の画像やビデオから成長の成長過程に関する有益な情報を抽出するためのキーテクノロジーである.画像解析には前処理,画像分割(葉と茎の同定,個別の葉の同定等),成長過程に関する特徴抽出,成長過程の判別といったプロセスが求められる.画像解析における最近の発展は深層学習等の機械学習の発展によるところが大きい.また人工衛星,航空機,ドローンやトラクター搭載のセンサで,複数の波長帯で観測するリモートセンシングが穀物の成長やデジタル農業に用いられている.本論文ではコンピュータビジョンを用いて植物の表現型を評価する131編の論文についてレビューした.

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (22 results)

All 2018 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 10 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] 大連理工大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      大連理工大学
  • [Int'l Joint Research] トレント大学(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      トレント大学
  • [Int'l Joint Research] イリノイ大学/アリゾナ大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      イリノイ大学/アリゾナ大学
  • [Journal Article] Spatial and Structured SVM for Multilabel Image Classification2018

    • Author(s)
      Koda Satoru、Zeggada Abdallah、Melgani Farid、Nishii Ryuei
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing

      Volume: 56 Pages: 1~13

    • DOI

      10.1109/TGRS.2018.2828862

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Statistical and Machine Learning Approaches to Predict Gene Regulatory Networks From Transcriptome Datasets2018

    • Author(s)
      Mochida Keiichi、Koda Satoru、Inoue Komaki、Nishii Ryuei
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 9 Pages: 1-8

    • DOI

      10.3389/fpls.2018.01770

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Computer vision-based phenotyping for improvement of plant productivity: a machine learning perspective2018

    • Author(s)
      Mochida Keiichi、Koda Satoru、Inoue Komaki、Hirayama Takashi、Tanaka Shojiro、Nishii Ryuei、Melgani Farid
    • Journal Title

      GigaScience

      Volume: 8 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1093/gigascience/giy153

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Homoeolog-specific activation of genes for heat acclimation in the allopolyploid grass Brachypodium hybridum2018

    • Author(s)
      Takahagi Kotaro、Inoue Komaki、Shimizu Minami、Uehara-Yamaguchi Yukiko、Onda Yoshihiko、Mochida Keiichi
    • Journal Title

      GigaScience

      Volume: 7 Pages: 1-13

    • DOI

      10.1093/gigascience/giy020

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Multiplex PCR Targeted Amplicon Sequencing (MTA-Seq): Simple, Flexible, and Versatile SNP Genotyping by Highly Multiplexed PCR Amplicon Sequencing2018

    • Author(s)
      Onda Yoshihiko、Takahagi Kotaro、Shimizu Minami、Inoue Komaki、Mochida Keiichi
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 9 Pages: 1-10

    • DOI

      10.3389/fpls.2018.00201

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Gene Co-expression Network Analysis Suggests the Existence of Transcriptional Modules Containing a High Proportion of Transcriptionally Differentiated Homoeologs in Hexaploid Wheat2018

    • Author(s)
      Takahagi Kotaro、Inoue Komaki、Mochida Keiichi
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 9 Pages: 1-10

    • DOI

      10.3389/fpls.2018.01163

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Smoothed alternatives of the two-sample median and Wilcoxon's rank sum tests2018

    • Author(s)
      Moriyama Taku、Maesono Yoshihiko
    • Journal Title

      Statistics

      Volume: 52 Pages: 1096~1115

    • DOI

      10.1080/02331888.2018.1469634

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] On direct kernel estimator of density ratio2018

    • Author(s)
      M. Motoyama and Y. Maesono
    • Journal Title

      Bulletin of Informatics and Cybernetics

      Volume: 50 Pages: 27-42

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Asymptotic mean squared error of kernel estimator of excess distribution function2018

    • Author(s)
      A. Shimokihara and Y. Maesono
    • Journal Title

      Bulletin of Informatics and Cybernetics

      Volume: 50 Pages: 51-64

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Formulation of Huge Lattice Spatial Adjacency Matrices With Non-rectangular Shape of Socio-economic Grid-Cell Data for the Analysis of Sustainable Economy With High Computational Efficiency2018

    • Author(s)
      Fitrianto Gigih、Tanaka Shojiro、Nishii Ryuei
    • Journal Title

      Research in World Economy

      Volume: 9 Pages: 1~1

    • DOI

      10.5430/rwe.v9n2p1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Robust Relative Error Estimation2018

    • Author(s)
      Hirose Kei、Masuda Hiroki
    • Journal Title

      Entropy

      Volume: 20 Pages: 632~632

    • DOI

      10.3390/e20090632

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ビッグデータ時代の機械学習と統計手法2018

    • Author(s)
      西井龍映
    • Organizer
      電気情報通信学会 九州支部専門講習会
    • Invited
  • [Presentation] Kullback-Leibler 情報量に基づく Alternating Direction Method of Multipliers による精度行列のスパース推定2018

    • Author(s)
      上田勇祐、西井龍映、江田智尊
    • Organizer
      統計関連学会連合大会
  • [Presentation] Preliminary exploration on the usage of analysis-ready Spatio- temporal Satellite Data in NASA Open Data Cube Project2018

    • Author(s)
      Gigih Fitrianto and Shojiro Tanaka
    • Organizer
      統計数理研究所平成30年度共同研究集会
  • [Presentation] New type of gamma kernel density estimator2018

    • Author(s)
      Rizky Reza Fauzi,前園宜彦
    • Organizer
      The 5th Institute of Mathematical Statistics Asia Pacific Rim Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ノンパラメトリックなハザード比推定のバイアス推定について2018

    • Author(s)
      森山卓,前園宜彦
    • Organizer
      統計関連学会連合大会
  • [Presentation] Optimal stable regression2018

    • Author(s)
      Hiroki Masuda
    • Organizer
      APRM 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Locally stable regression with unknown activity index2018

    • Author(s)
      Hiroki Masuda
    • Organizer
      CMStatistics 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 塗色評価用の等色範囲設定方法及び等色範囲設定装置2018

    • Inventor(s)
      西井龍映,中本尊元 ほか4名
    • Industrial Property Rights Holder
      九州大学, マツダ株式会社
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2018-182317
    • Overseas

URL: 

Published: 2019-12-27  

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