2016 Fiscal Year Annual Research Report
縦断的エクソン全領域関連解析による生活習慣病の個別化予防システムの開発
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15H04772
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| Research Institution | Mie University |
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Principal Investigator |
山田 芳司 三重大学, 地域イノベーション推進機構, 教授 (90333286)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 高血圧 / 冠動脈疾患 / 脳梗塞 / 2型糖尿病 / 脂質異常症 / エクソーム全領域関連解析 / 一塩基多型 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
いなべ健康長寿研究における6048検体のゲノムDNAを用いて、平均5年間の経時的データによる高血圧、冠動脈疾患、脳梗塞、2型糖尿病、脂質異常症の縦断的エクソーム全領域関連解析を行った。一塩基多型（SNP）の解析には、ヒトゲノム上のエクソーム全領域に分布する約24万4千個のSNPsを同時に解析できるエクソームアレイを用いた。エクソームアレイでは、非同義置換SNPsに加え、スプライシング部位、ストップコドン部位およびプロモーター領域などに位置する機能的SNPsで、アリル頻度の高い（5%以上）SNPsだけでなくアリル頻度の低い（0.5～5%）SNPsやrare variant（0.5%未満）も解析できる。高血圧、冠動脈疾患、脳梗塞、2型糖尿病、脂質異常症（高中性脂肪血症、低HDLコレステロール血症、高LDLコレステロール血症）とSNPsとの関連は一般化推定方程式を用て解析した。また収縮期・拡張期血圧、空腹時血糖値、血中ヘモグロビンA1c値、血清中性脂肪・HDLコレステロール・LDLコレステロール値などの定量的データとSNPsとの関連は混合効果モデルを用いて解析した。統計解析は、JMP Genomics（SAS Institute）およびR（The R Project for Statistical Computing）を用いた。解析の結果、高血圧、冠動脈疾患、脳梗塞、2型糖尿病、脂質異常症（高中性脂肪血症、低HDLコレステロール血症、高LDLコレステロール血症）に有意に関連する疾患感受性遺伝子およびSNPsを同定した。特定されたSNPsが日本人および東アジア人の集団においてどの程度の頻度で存在し、各疾患の発症にどれだけの寄与度（貢献度）があるのかを明らかにした。これらの研究成果は4編の論文として投稿中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
いなべ健康長寿研究では、244,000種類のSNPsおよび平均5年間の経時的背景データを6048例について解析している。これらの医学的ビッグデータを扱っているため、解析や論文執筆に時間がかかるが、研究成果を4編の論文として投稿しており、研究は当初の予定通り順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
いなべ健康長寿研究の6048例において、肥満、メタボリックシンドローム、慢性腎臓病、高尿酸血症について同様のエクソーム全領域関連解析を行なう。また、末梢血中の赤血球、白血球、リンパ球、血小板などの数量を制御している遺伝子群を特定することにより、貧血、赤血球増多症、白血球増多症、血小板減少症、血小板増多症などの病態に関与する遺伝子およびその多型を同定する。
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Research Products
(22 results)
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[Journal Article] Identification of STXBP2 as a novel susceptibility locus for myocardial infarction in Japanese individuals by an exome-wide association study2017
Author(s)
Yoshiji Yamada, Jun Sakuma, Ichiro Takeuchi, Yoshiki Yasukochi, Kimihiko Kato, Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki, Hideki Horibe, Masaaki Muramatsu, Motoji Sawabe, Yoshinori Fujiwara, Yu Taniguchi, Shuichi Obuchi, Hisashi Kawai, Shoji Shinkai, Seijiro Mori, Tomio Arai, Masashi Tanaka
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Journal Title
Oncotarget
Volume: published online
Pages: 未定
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Identification of EGFLAM, SPATC1L, and RNASE13 as novel susceptibility loci for aortic aneurysm in Japanese individuals by exome-wide association studies2017
Author(s)
Yoshiji Yamada, Jun Sakuma, Ichiro Takeuchi, Yoshiki Yasukochi, Kimihiko Kato, Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki, Hideki Horibe, Masaaki Muramatsu, Motoji Sawabe, Yoshinori Fujiwara, Yu Taniguchi, Shuichi Obuchi, Hisashi Kawai, Shoji Shinkai, Seijiro Mori, Tomio Arai, Masashi Tanaka
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Journal Title
Int J Mol Med
Volume: published online
Pages: 1091-1100
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Genetic risk score based on the lifetime prevalence of femoral fracture in 1632 consecutive Japanese autopsy cases2016
Author(s)
Heying Zhou, Seijiro Mori, Tatsuro Ishizaki, Masashi Tanaka, Kumpei Tanisawa, Makiko Naka-Mieno, Motoji Sawabe, Tomio Arai, Masaaki Muramatsu, Yoshiji Yamada, Hideki Ito
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Journal Title
J Bone Miner Metab
Volume: 34
Pages: 685-691
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Titanium dioxide particle type and concentration influence the inflammatory response in a model of human intestinal tract2016
Author(s)
Saeko Tada-Oikawa, Gaku Ichihara, Hitomi Fukatsu, Yuka Shimanuki, Natsuki Tanaka, Yuka Suzuki, Masahiko Murakami, Kiyora Izuoka, Jie Chang, Wenting Wu, Yoshiji Yamada, Sahoko Ichihara
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Journal Title
Int J Mol Sci
Volume: 17
Pages: 576
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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