2017 Fiscal Year Annual Research Report
Developments of methods for T-cell receptor sequence data analysis and understanding of diversities in the immune cells
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15K00399
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
山口 類 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (90380675)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 免疫細胞集団シークエンス / 適応免疫 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、前年度までに開発を進めたTCRレパトア精密決定解析基盤を改良を進めると共に、それを元にB細胞受容体 (BCR)レパトアの精密決定解析基盤を開発した。また上記の解析基盤群の開発と平行して実データの解析も進めた。その結果、TCR解析においては、子宮体がんにおける腫瘍浸潤T細胞のT細胞クローン集団の多様性と免疫関連遺伝子群の発現量との関連を調べ、予後因子としての可能性を見いだし報告した。BCR解析においては、食物アレルギー患者に対する経口免疫療法前後のB細胞クローン集団の多様性を調べ、免疫療法後にある種IGHAおよびIGHBのクローンの有意な濃縮が起きていることを観測した。またそれに加えて開発を行ってきた新規遺伝子配列探索法により新規IGH-V遺伝子配列候補も見いだし報告した。
更に、通常のRNA-seq計測により得られた遺伝子発現データからTCRの多様性を推定する方法の開発を進めた。前述のTCRレパトア精密決定解析基盤は、TCR遺伝子転写産物のみを対象としたターゲットシークエンシングにより得られた比較的長いリード配列中のV(D)JC遺伝子セグメントを高精度に決定するものである。一方、通常のRNA-seq計測では得られるリード長は短く、またターゲット抽出を行わないためTCR転写産物由来のリード数は限られる。しかしながらTCGAを初めとする巨大レポジトリに蓄積されている多数のRNA-seqデータから、ターゲットシークエンスに比べて精度は劣るもののTCR多様性に関わる情報を抽出することは意味がある。また同時に計測された他の遺伝子群の発現情報を加味することで、腫瘍浸潤細胞群と周辺細胞群の相互作用に関する情報を抽出出来る可能性がある。本年度はTCGAやICGCのRNA-seqデータを対象に、上記の手法の開発を進め予後情報等との関連の探索を行った。
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