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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Investigation of biosynthetic mechanism of cyclic tetrapyrrole: Construction and cyclization of hydroxymethylbilane

Research Project

Project/Area Number 15K07018
Research InstitutionKurume University

Principal Investigator

佐藤 秀明  久留米大学, 医学部, 准教授 (60271996)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 東元 祐一郎  久留米大学, 医学部, 教授 (40352124)
杉島 正一  久留米大学, 医学部, 准教授 (30379292)
原田 二朗  久留米大学, 医学部, 講師 (10373094)
塚口 舞 (古澤舞)  久留米大学, 医学部, 助教 (40624094) [Withdrawn]
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywordsヘム生合成 / X線結晶構造解析 / 酵素反応 / ポルフィリン / テトラピロール
Outline of Annual Research Achievements

ポルフィリン生合成経路では,ヒドロキシメチルビランシンターゼ(HMBS)の合成する鎖状テトラピロールがウロポルフィリノーゲンIIIシンターゼ(UROS)により環化される。本研究ではHMBSによる4分子のポルホビリノーゲン(PBG)から1分子のヒドロキシメチルビラン(HMB)への縮合過程と,UROSによるHMBの環化過程について反応機構の解明を目指した。
前年度までにPBG類似体を1つ結合したHMBSのES1型複合体の構造解析に成功し,PBG類似体が補因子近傍に非共有結合して活性を阻害することを示した。これは活性部位への最初の基質結合のモデルとなる。最終年度にはHMBSの反応途中で生じる酵素-基質複合体の結晶構造解析を行った。補因子をもつヒトHMBSに数当量のPBGを加えてイオン交換カラムクロマトグラフィーを行うと,PBG添加前より保持時間の長いピークが複数現れた。その1つを分取して質量分析し,HMBSにPBGが2分子結合したES2複合体の形成を明らかにした。これを結晶化し,SPring-8の放射光を用いてX線回折データを収集した。構造解析の結果,ES2複合体では補因子の先に2分子のPBGが連結し,基質フリーの場合よりも補因子が活性部位の奥側へ移動して,その元の位置を2つのPBG分子が占めることが判明した。これらの構造はHMBSが単一の活性部位で多段階反応を進めることを示唆し,補因子またはピロール鎖末端近傍へのPBGの非共有結合と,脱アミノ反応による共有結合形成に伴うピロール単位の移動を繰り返して,縮合過程が進むと考えられる。
一方,HMB類似体のビリルビン等を用いて,HMBSのES4型複合体やUROS-基質類似体複合体の結晶構造解析も試みたが,各複合体の結晶が得られず構造解明には至らなかった。さらに両酵素間の相互作用をネイティブPAGE法で検討した。両酵素だけの場合やモノピロールのPBG等を加えた場合に新しい複合体のバンドは現れず,両酵素間の相互作用には鎖状テトラピロールの結合が必要と推察された。

  • Research Products

    (30 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (25 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Light-dependent accumulation of new bacteriochlorophyll- e bearing a vinyl group at the 8-position in the green sulfur bacterium Chlorobaculum limnaeum2018

    • Author(s)
      Mizoguchi Tadashi、Kinoshita Yusuke、Harada Jiro、Ogasawara Shin、Tamiaki Hitoshi
    • Journal Title

      Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry

      Volume: 358 Pages: 356~361

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2017.08.071

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In vitro enzymatic assays of photosynthetic bacterial 3-vinyl hydratases for bacteriochlorophyll biosyntheses2018

    • Author(s)
      Teramura Misato、Harada Jiro、Tamiaki Hitoshi
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: 135 Pages: 319~328

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0415-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In Vivo Energy Transfer from Bacteriochlorophyll c, d, e, or f to Bacteriochlorophyll?a in Wild-Type and Mutant Cells of the Green Sulfur Bacterium Chlorobaculum limnaeum2018

    • Author(s)
      Harada Jiro、Shibata Yutaka、Teramura Misato、Mizoguchi Tadashi、Kinoshita Yusuke、Yamamoto Ken、Tamiaki Hitoshi
    • Journal Title

      ChemPhotoChem

      Volume: 2 Pages: 190~195

    • DOI

      10.1002/cptc.201700164

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Structures and Functions of Chlorophylls-a Esterified with Geranylgeranyl, Dihydrogeranylgeranyl, and Tetrahydrogeranylgeranyl Groups at the 17-Propionate Residue in a Diatom, Chaetoceros calcitrans2017

    • Author(s)
      Mizoguchi Tadashi、Isaji Megumi、Yamano Nami、Harada Jiro、Fujii Ritsuko、Tamiaki Hitoshi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 56 Pages: 3682~3688

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00381

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 基質2分子を結合したヒドロキシメチルビランシンターゼの結晶構造解析2018

    • Author(s)
      佐藤 秀明、杉島 正一、塚口 舞、増子 隆博、小俣 義明、和田 啓、久枝 良雄、山本 健
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌Chlorobaculum limnaeumを用いたバクテリオクロロフィル c、d、eおよびfの生体内でのエネルギー移動効率の比較2018

    • Author(s)
      原田 二朗、柴田 穣、寺村 美里、溝口 正、木下 雄介、山本 健、民秋 均
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
  • [Presentation] 繊維性非酸素発生型光合成細菌Chloroflexus aurantiacusの培養条件で変化するカロテノイド合成系2018

    • Author(s)
      原田 二朗、山本 健、高市 真一
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] バクテリオクロロフィル eを合成する緑色硫黄細菌で見られる赤色光に対する応答2018

    • Author(s)
      原田 二朗、溝口 正、木下 雄介、山本 健、民秋 均
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 光化学系I型反応中心の紅色光合成細菌への導入2018

    • Author(s)
      塚谷 祐介、浅井 智広、原田 二朗、溝口 正、民秋 均、増田 真二
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 植物型カロテノイド合成系におけるZ-ISO異性化酵素の普遍性2018

    • Author(s)
      中澤 慶翼、山田 昌治、加藤 翔太、篠村 知子、原田 二朗、高市 真一、杉山 健二郎
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] NADPH-シトクロムP450還元酵素-ヘム-ヘムオキシゲナーゼ複合体の結晶構造分解能向上への取り組み2017

    • Author(s)
      杉島 正一、佐藤 秀明、和田 啓、山本 健
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 癌代謝物である2-ヒドロキシグルタル酸がヒト由来ペプチドC末端アミド化酵素PAMに与える影響2017

    • Author(s)
      下川 千寿、城田(原田) 沙織、佐藤 秀明、杉島 正一、原田 二朗、東元 祐一郎、Mario Amzel、野口 正人
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 黄疸の原因物質ビリルビンの生成反応機構の解明-ビリベルジン還元酵素-基質複合体の結晶構造解析-2017

    • Author(s)
      高尾 春奈、福山 恵一、杉島 正一、和田 啓
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 新生児黄疸を引き起こす蛋白質ビリベルジン還元酵素の基質結合様式と反応機構2017

    • Author(s)
      髙尾 春奈、福山 恵一 、杉島 正一、和田 啓
    • Organizer
      平成29年度日本結晶学会年会
  • [Presentation] ビリン還元酵素PcyA変異体I86D-BV複合体の中性子結晶構造解析2017

    • Author(s)
      五十嵐 啓介、杉島 正一、和田 啓、萩原 義徳、日下 勝弘、矢野 直峰、福山 恵一、Ostermann A、海野 昌喜
    • Organizer
      平成29年度日本結晶学会年会
  • [Presentation] Crystal structure of biliverdin reductase reveals unexpected substrate binding manner; two substrates bind to the one catalytic cleft2017

    • Author(s)
      Sugishima M, Takao H, Hagiwara Y, Yamamoto K, Fukuyama K, Wada K
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Crystal Structure of Cyanobacterial Biliverdin Reductase Reveals Two Biliverdin Molecules Bind to the One Catalytic Cleft2017

    • Author(s)
      Sugishima M, Takao H, Hagiwara Y, Yamamoto K, Fukuyama K, Wada K
    • Organizer
      13th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors of Photosynthetic Organisms (ICTPPO)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 18 1,18 2-Dihydrobiliverdin as a Chromophore for Cyanobacteriochromes from Chlorophyll d-bearing Cyanobacterium Acaryochloris marina2017

    • Author(s)
      Miyake K, Fushimi K, Ni-Ni-Win, Kimura H, Sugishima M, Ikeuchi M, Narikawa R
    • Organizer
      13th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors of Photosynthetic Organisms (ICTPPO)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Protonation States of PcyA-Biliverdin and Its I86D Mutant Protein-Biliverdin Complexes Revealed by Neutron and X-ray Crystallographic Analyses2017

    • Author(s)
      Fukuyama K, Wada K, Sugishima M, Unno M
    • Organizer
      13th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors of Photosynthetic Organisms (ICTPPO)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新生児黄疸の原因蛋白質ビリベルジン還元酵素の反応機構2017

    • Author(s)
      高尾 春奈、福山 恵一、杉島 正一、和田 啓
    • Organizer
      平成29年度日本生化学会九州支部例会
  • [Presentation] 沈降平衡法によるheme oxygenase-1とNADPH-cytochrome P450 reductaseの相互作用解析2017

    • Author(s)
      相良 達哉、平 順一、杉島 正一、小松 英幸、坂本 寛
    • Organizer
      平成29年度日本生化学会九州支部例会
  • [Presentation] Two synthetic pathways from phytoene to lycopene in phototrophs: Chloroflexus aurantiacus has CrtI-type phytoene desaturase2017

    • Author(s)
      S. Takaichi, J. Harada
    • Organizer
      18th International Symposium on Carotenoids
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In vitro assay of stereoselective enzymatic reactions in bacteriochlorophyll biosynthetic pathways2017

    • Author(s)
      M. Teramura, J. Harada, Y. Tsukatani, T. Mizoguchi, H. Tamiaki
    • Organizer
      8th International Conferene “Photosunthesis and Hydrogen Energy Research for Sustainability-2017”
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Hydridization of amphiphilic zinc chlorophyll derivatives with light-harvesting complexes chlorosomes in green sulfur photosynthetic bacteria2017

    • Author(s)
      H. Yamashita, N. Takahashi, J. Harada, H. Tamiaki, Y. Saga
    • Organizer
      The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌Chlorobaculum limnaeumが赤色光照射下において合成するC8位ビニルバクテリオクロロフィル eの役割について2017

    • Author(s)
      原田 二朗、溝口 正、木下 雄介、小笠原 伸、山本 健、民秋 均
    • Organizer
      第8回光合成学会年会およびシンポジウム
  • [Presentation] 光合成細菌のアンテナクロロフィル色素の代謝系2017

    • Author(s)
      原田 二朗
    • Organizer
      第25回「光合成セミナー2017:反応中心と色素系の多様性」
  • [Presentation] 多才な色素合成酵素CORとBchJに関する生化学分子生物学的研究2017

    • Author(s)
      塚谷 祐介、原田 二朗、溝口 正、藤田 祐一、民秋 均
    • Organizer
      第25回「光合成セミナー2017:反応中心と色素系の多様性」
  • [Presentation] 天然クロロフィルのゲル化の検討2017

    • Author(s)
      原田 二朗、溝口 正、木下 雄介、山本 健、民秋 均
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 繊維状非酸素発生型光合成細菌Chloroflexus aurantiacusのカロテノイド合成経路:ゲノムに見られる3つのCrtIホモログとCrtYの大腸菌内での機能解析2017

    • Author(s)
      原田 二朗、山本 健、高市 真一
    • Organizer
      第31回カロテノイド研究談話会
  • [Remarks] ホームページ「久留米大学研究者紹介:佐藤秀明」

    • URL

      http://research.kurume-u.ac.jp/data.php?scode=62235632885110

URL: 

Published: 2018-12-17  

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