2015 Fiscal Year Research-status Report
ウミヘビ類の比較ゲノムに基づく海洋環境適応進化の分子的基盤の解明
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15K07184
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
岸田 拓士 京都大学, 野生動物研究センター, 助教 (40527892)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | ショットガンシークエンス / ゲノムアセンブル / ウミヘビ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
沖縄本島周辺海域においてサンプリングを行い、海棲ウミヘビ類の１種クロガシラウミヘビHydrophis melanocephalusおよび両棲ウミヘビの１種ヒロオウミヘビLaticauda laticaudataを採集した。これら採集個体からDNAを抽出してペアエンドおよびメイトペアライブラリを作成し、イルミナ社のショートリードシークエンサーで全ゲノムショットガンシークエンスを行った。
これらの配列データをもとにスーパーコンピューター上でde Novoゲノムアセンブルを行い、概ね期待通りのN50値のゲノム配列を得られつつある。今後の解析に最適の結果が得られるよう、現在は細かいパラメーターの微調整を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
現時点で全ゲノムショットガンシークエンスまで完了しており、概ね予定通りに研究が進行している。
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| Strategy for Future Research Activity |
得られたゲノムアセンブルから遺伝子のアノテーションを網羅的に行い、陸棲・両棲・海棲種間での比較を行うことで、海洋環境への適応進化に伴って大きく変化した遺伝子群をあぶりだす。また。ゲノムを解読した個体のSNPなどを解析することにより、集団遺伝学的な解析を行って、明瞭な地理的分断の存在しない海洋環境における種分化などの解明を目指す。
得られた結果は順次論文にまとめて専門誌に投稿する。
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