2016 Fiscal Year Research-status Report
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15K08986
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
澤井 裕美 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (60377124)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | B型肝炎 / 疾患関連遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成27年度に引き続き、ゲノムワイド関連解析(GWAS)およびHLAアリルの関連解析を実施する為の検体収集を実施した。前年度までに主に取集を実施した検体とはワクチンの種類が異なるため、今年度は改めて川崎医科大学を中心として、筑波大学、長崎大学等への検体収集を依頼した。検体は一度国立国際医療研究センターに送付され、検体の臨床情報収集に関しては昨年度に引き続き、多施設での収集を実施する為、共通の臨床情報シートを利用した。臨床情報としては、年齢・性別等の基礎情報に加え、投与されたHBワクチン製剤名、過去のワクチン接種歴、今回のHBs抗体価、HBc抗体価の項目を設定した。複数の施設から送付された検体及び臨床情報をデータベースに登録した後、東京大学大学院医学系研究科人類遺伝学分野のヒトSNPタイピングセンターへ送付した。
また平成28年度は、昨年度検体収集を実施した約1,300検体についてAffymetrix社のAXIOM ASI1アレイを用いたゲノムワイドSNPタイピングおよびGWASを実施した。その結果、P<5x10-8のゲノムワイド有意水準に達するSNPが検出された。またゲノムワイドSNPタイピングデータを利用したHLA imputationを実施し、HLA遺伝子6座位の関連解析も実施した。その結果、特定の遺伝子座の特定のアリルがワクチン応答性に関連する事が見出された。平成29年度も検体取集を継続して実施すると共に、独立した日本人検体または海外の検体を用いた検証を実施する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成27年度から継続して実施している検体収集については、ゲノムワイドSNPタイピングを実施した約1,300検体に対して臨床情報の登録が完了し、GWASを実施した。また、日本人検体についてはさらなる検体収集を現在進めており、現在300検体程度について、ゲノムDNAおよび血清を収集できている。また、今後海外との共同研究も進めることも予定しており、おおむね予定通りに進行している。
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| Strategy for Future Research Activity |
GWASで候補SNPとして見出された箇所に対して、新たに収集された検体を用いて、DigiTag2法またはTaqMan法による解析結果の検証を実施する。SNPタイピングは東京大学大学院医学系研究科人類遺伝学分野内にあるヒトSNPタイピングセンター内で行う。また、状況に応じて、新たに収集された検体についてもゲノムワイドSNPタイピングを実施しGWAS実施の検体数を増やすことで、更に新たな遺伝要因の探索を試みる。海外の検体については、GWASで見出された候補SNPの検証を実施する。ケース群とコントロール群でSNPごとにアリル頻度の差の有無を検定し、HBワクチン応答性に関連する候補SNPを同定する。
またGWASに用いた検体については、HLA imputation (HLAアリルの推定)を実施し、HLAアリルの関連解析に用いる。HLA imputationはゲノムワイドSNPタイピングデータを使って実施する事を予定しており、HIBAG Rパッケージを用いて日本人の健常者データを参照配列として解析を実施する事で、HLA imputationの精度を95.1-99.5%にまで向上させる事が可能となっている。このシステムを用いて、HLA遺伝子座を含む6座(HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DRB1)について、HLA imputationを実施した結果を用いた関連解析を実施する。関連解析は各遺伝子座での解析の他、組合せ（ハプロタイプ）についても検討し、特定の組合せによる相加効果についても検討する。
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Research Products
(7 results)
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[Journal Article] Genome-wide association study using the ethnicity-specific Japonica array: identification of new susceptibility loci for cold medicine-related Stevens-Johnson syndrome with severe ocular complications2017
Author(s)
Mayumi Ueta , Hiromi Sawai*, Ryosei Shingaki, Yusuke Kawai, Chie Sotozono, Kaname Kojima, Kyung-Chul Yoon, Mee Kum Kim, Kyoung Yul Seo, Choun-Ki Joo, et al. *Contributed equally with the first author
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 62
Pages: 485-489
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Genome-Wide Association Study Identifies TLL1 Variant Associated With Development of Hepatocellular Carcinoma After Eradication of Hepatitis C Virus Infection.2017
Author(s)
Kentaro Matsuura, Hiromi Sawai, Kazuho Ikeo, Shintaro Ogawa, Etsuko Iio, Masanori Isogawa, Noritomo Shimada, Atsumasa Komori, Hidenori Toyoda, Takashi Kumada, et al.
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Journal Title
Gastroenterology
Volume: 152
Pages: 1383-1394
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Understanding of HLA-conferred susceptibility to chronic hepatitis B infection requires HLA genotypingbased association analysis2016
Author(s)
Nao Nishida, Jun Ohashi, Seik-Soon Khor, Masaya Sugiyama, Takayo Tsuchiura, Hiromi Sawai, Keisuke Hino, Masao Honda, Shuichi Kaneko, Hiroshi Yatsuhashi, et al.
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 6
Pages: 24767
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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