2015 Fiscal Year Research-status Report
機能性ncRNA探索のための転写調節ネットワークアトラス
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15K12139
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
島村 徹平 名古屋大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任准教授 (00623943)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / システム生物学 / 遺伝子ネットワーク / 転写制御 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題では、転写制御因子とそのターゲット遺伝子群の制御関係が調整因子（モジュレータ）依存的に変化するダイナミクスを記述した確率モデルを観測データから推定し、さまざまな転写制御因子の転写活性を制御するncRNAを網羅的に同定する。これにより、機能性ncRNAを効率的に探索するための転写調節ネットワークアトラスを構築する。平成２７年度は以下の進展があった。
① エネルギー統計量に基づく距離相関の変化量によって、転写制御因子の転写活性度とモジュレータの関係をモデル化した。また、転写活性度の変化量を統計量として定義し、その変化が統計的に有意かどうかを検定する手法を開発した。
② ①で開発したエネルギー統計量に基づくモジュレータ探索のための解析ソフトウェアを開発した。具体的には、遺伝子発現データを用いたエネルギー統計量の変化量の計算、モジュレータの統計的有意性を検定するための関数群を開発し、統計言語RのパッケージとしてGithub上に公開した。
③ ②で開発した解析ソフトウェアを用いて網羅的なモジュレータ探索を行うために、東大ヒトゲノム解析センターおよび京コンピュータ上に小規模解析パイプラインを構築し、パイプラインのテストを実施した。
④ 研究協力者との共同研究の下、開発したデータを肺腺癌患者の遺伝子発現データに適用し、がん遺伝子MYCを制御するモジュレータの探索を行った。その結果、MYCを制御する可能性のある新規ncRNAを同定した。この新規ncRNAについては、インビトロ実験においても有意にMYCを制御することが確かめられ、本開発手法の有用性が確かめられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究課題に必要な解析の要素技術を開発し、研究協力者との共同研究も順調に進めることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
前年度までに行った研究成果を踏まえ、新規の機能性ncRNAを同定するための方法論をさらに深化させ、ncRNA研究に劇的な変化をもたらす解析プラットフォームの構築を目指す。また、得られた研究成果を積極的に論文として投稿し、国内外の学会・研究会における研究発表、開発したソフトウェアの公開を通じて、広く社会へ発信する。
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[Journal Article] An Integrative Analysis to Identify Driver Genes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma2015
Author(s)
Sawada G, Niida A, Hirata H, Komatsu H, Uchi R, Shimamura T, Takahashi Y, Kurashige J, Matsumura T, Ueo H, Takano Y, Ueda M, Sakimura S, Shinden Y, Eguchi H, Sudo T, Sugimachi K, Yamasaki M, Tanaka F, Tachimori Y, Kajiyama Y, Natsugoe S, Fujita H, Tanaka Y, Calin G, Miyano S, Doki Y, Mori M, Mimori K
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Journal Title
PLoS One
Volume: 10(10)
Pages: e0139808
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Elevated β-catenin pathway as a novel target for patients with resistance to EGF receptor targeting drugs2015
Author(s)
Nakata A, Yoshida R, Yamaguchi R, Yamauchi M, Tamada Y, Fujita A, Shimamura T, Imoto S, Higuchi T, Nomura M, Kimura T, Nokihara H, Higashiyama M, Kondoh K, Nishihara H, Tojo A, Yano S, Miyano S, Gotoh N
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Journal Title
Scientific Report
Volume: 5
Pages: 13076
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Integrated genetic and epigenetic analysis defines novel molecular subgroups in rhabdomyosarcoma2015
Author(s)
Seki M, Nishimura R, Yoshida K, Shimamura T, Shiraishi Y, Sato Y, Kato M, Chiba K, Tanaka H, Hoshino N, Nagae G, Shiozawa Y, Okuno Y, Hosoi H, Tanaka Y, Okita H, Miyachi M, Souzaki R, Taguchi T, Koh K, Hanada R, Kato K, Nomura Y, Akiyama M, Oka A, Igarashi T, Miyano S, Aburatani H, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 6
Pages: 7557
DOI
Peer Reviewed
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