2016 Fiscal Year Research-status Report
機能性ncRNA探索のための転写調節ネットワークアトラス
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15K12139
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
島村 徹平 名古屋大学, 医学系研究科, 特任准教授 (00623943)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / システム生物学 / 遺伝子ネットワーク / 転写制御 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題では、転写制御因子とそのターゲット遺伝子群の制御関係が調整因子（モジュレータ）依存的に変化するダイナミクスを記述した確率モデルを観測データから推定し、さまざまな転写制御因子の転写活性を制御するncRNAを網羅的に同定する。これにより、機能性ncRNAを効率的に探索するための転写調節ネットワークアトラスを構築する。平成２８年度は以下の進展があった。
① 実データを模倣したシミュレーションデータを作成し、データのS/N比を変化させたときの開発手法の精度を検証した。
② 検証用に用いるデータベースの更新作業を行った。
③ MYC以外の10種類の転写因子に対して、網羅的なモジュレータ探索が可能かどうかの検証を前年度検証した肺腺癌、およびそれ以外の5つのがん種（肺扁平上皮細胞癌、乳癌、肝臓癌、神経膠腫、卵巣がん）の発現データを用いて行った。
④ 前年度東大ヒトゲノム解析センターおよび京コンピュータ上に構築した小規模解析パイプラインから、より大規模な解析を行うためのパイプラインに改良した。また、同パイプラインのテストを実施した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究課題に必要な解析の要素技術を開発し、研究協力者との共同研究も順調に進めることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
前年度までに行った研究成果を踏まえ、新規の機能性ncRNAを同定するための方法論をさらに深化させるとともに、多種多様な機能性ncRNAを同定するための大規模パイプライン、および解析プラットフォームの構築を目指す。また、得られた研究成果を積極的に論文として投稿し、国内外の学会・研究会における研究発表、開発したソフトウェアの公開を通じて、広く社会へ発信する。
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| Causes of Carryover |
平成28年度に本研究課題の推進に必要なデータベースの基盤整備のために人件費・謝金を計上していたが、申請者自らが整備を行ったため、その一部を使用しなかった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
本研究課題は、連携研究者の協力(実験等)をいかに得るかが問題であり、既に連携関係ができている実験系の研究者に加えて、新たに共同研究を探索する必要がある。そこで、研究成果の発表や情報収集のため、国内外の研究集会に積極的に参加する予定である。
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[Journal Article] Dynamically and epigenetically coordinated GATA/ETS/SOX transcription factor expression is indispensable for endothelial cell differentiation2017
Author(s)
Kanki Y, Nakaki R, Shimamura T, Matsunaga T, Yamamizu K, Katayama S, Suehiro JI, Osawa T, Aburatani H, Kodama T, Wada Y, Yamashita JK, Minami T
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Journal Title
Nucleic Acids Res
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Aberrant Methylation of FOXE1 Contributes to a Poor Prognosis for Patients with Colorectal Cancer2016
Author(s)
Sugimachi K, Matsumura T, Shimamura T, Hirata H, Uchi R, Ueda M, Sakimura S, Iguchi T, Eguchi H, Masuda T, Morita K, Takenaka K, Maehara Y, Mori M, Mimori K
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Journal Title
Ann Surg Oncol
Volume: 23
Pages: 3948-3955
DOI
Peer Reviewed
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