2017 Fiscal Year Annual Research Report
Transcription regulatory network atlas for functional ncRNA search
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15K12139
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
島村 徹平 名古屋大学, 医学系研究科, 特任准教授 (00623943)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | バイオインフォマティクス / システム生物学 / 遺伝子ネットワーク / 発現制御 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題では、転写制御因子とそのターゲット遺伝子群の制御関係が調整因子（モジュレータ）依存的に変化するダイナミクスを記述した確率モデルを観測データから推定し、さまざまな転写制御因子の転写活性を制御するncRNAを網羅的に同定する。これにより、機能性ncRNAを効率的に探索するための転写調節ネットワークアトラスを構築する。平成２９年度は以下の進展があった。
①：ゲノム、エピゲノム、プロテオームといったトランスクリプトーム以外のオミクス情報を統合することで、モジュレータの推定精度を改善する方法を開発した。②：検証用に用いるデータベースの更新作業を行った。③：①で開発した手法をシミュレーション、および②で作成したデータベースを基に、推定精度を検証した。具体的には、The Cancer Genome Atlas における Pan-Kidney コホート研究における 893 症例のマルチオミクスデータに開発した手法を適用し、HIF1A のモジュレータ因子の探索を行った。その結果、これまでに既に報告のある HIF1A モジュレーター因子の同定に成功するとともに、新規のモジュレータ候補を同定できたことから、本解析手法の有効性を検証することができた。④：機能性ncRNAの網羅的探索を行う大規模パイプラインを構築し、同パイプラインのテストを実施した。具体的には、前年度開発したパイプラインを改良し、システムの精度・スループットを高めることによって、様々な疾患における新規モジュレータ因子の同定を可能する解析システムを構築した。
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