2015 Fiscal Year Research-status Report
双方向性に転写されるmRNAと長鎖非コードRNAの機能的連関の検証
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15K14397
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| Research Institution | Sapporo Medical University |
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Principal Investigator |
丸山 玲緒 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (60607985)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | lncRNA / がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、がんにおいて双方向に転写されるlncRNAとmRNAの相互作用を明らかにすることを目的とする。本年度はまずThe Cancer Genome Atlas (TCGA)のRNA-seqデータを利用し、lncRNA/mRNAペアを分類した。 30組のペアを抽出し、それらの胃がん・大腸がん・口腔がん細胞株における発現を定量RT-PCRにて解析した。発現が確認されたlncRNA/mRNAのうち、高発現だったもの6種類についてsiRNAを設計し、ノックダウンががん細胞の増殖に与える影響をcell viability assayにより検討した。その結果、ノックダウンによりがん細胞の増殖が抑制されたlncRNA/mRNAペアを2種類同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の予定通り、データベース検索を行い、該当するlncRNAをリストアップした。またがん細胞を用いてそれらの発現解析および機能解析を行い、研究目的に合致するlncRNAを同定しえた。
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| Strategy for Future Research Activity |
lncRNAとmRNAの相互作用について、がん細胞を用いてノックダウンおよび過剰発現を行い、ウエスタンブロット、flow cytometry、RNAプルダウンアッセイ、MTTアッセイ、遊走・浸潤アッセイなどによる機能解析を行う。
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| Causes of Carryover |
本年度はデータベース解析が中心であり、試薬および消耗品の購入が少なかったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
来年度は、細胞培養試薬、オリゴヌクレオチド、遺伝子導入試薬、抗体、酵素などの試薬消耗品に使用する予定である。
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[Journal Article] The relationship between EZH2 expression and microRNA-31 in colorectal cancer and the role in evolution of the serrated pathway.2016
Author(s)
Kurihara H, Maruyama R, Ishiguro K, Kanno S, Yamamoto I, Ishigami K, Mitsuhashi K, Igarashi H, Ito M, Tanuma T, Sukawa Y, Okita K, Hasegawa T, Imai K, Yamamoto H, Shinomura Y, Nosho K.
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Journal Title
Oncotarget
Volume: 7
Pages: 12704-12717
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Association of Fusobacterium nucleatum with immunity and molecular alterations in colorectal cancer.2016
Author(s)
Nosho K, Sukawa Y, Adachi Y, Ito M, Mitsuhashi K, Kurihara H, Kanno S, Yamamoto I, Ishigami K, Igarashi H, Maruyama R, Imai K, Yamamoto H, Shinomura Y.
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Journal Title
World J Gastroenterol
Volume: 22
Pages: 557-566
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Analysis of the molecular features of rectal carcinoid tumors to identify new biomarkers that predict biological malignancy.2015
Author(s)
Mitsuhashi K, Yamamoto I, Kurihara H, Kanno S, Ito M, Igarashi H, Ishigami K, Sukawa Y, Tachibana M, Takahashi H, Tokino T, Maruyama R, Suzuki H, Imai K, Shinomura Y, Yamamoto H, Nosho K.
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Journal Title
Oncotarget
Volume: 6
Pages: 22114-22125
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Somatic Cell Fusions Reveal Extensive Heterogeneity in Basal-like Breast Cancer.2015
Author(s)
Su Y, Subedee A, Bloushtain-Qimron N, Savova V, Krzystanek M, Li L, Marusyk A, Tabassum DP, Zak A, Flacker MJ, Li M, Lin JJ, Sukumar S, Suzuki H, Long H, Szallasi Z, Gimelbrant A, Maruyama R, Polyak K.
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Journal Title
Cell Rep
Volume: 11
Pages: 1549-1563
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Association of Fusobacterium nucleatum with clinical and molecular features in colorectal serrated pathway.2015
Author(s)
Ito M, Kanno S, Nosho K, Sukawa Y, Mitsuhashi K, Kurihara H, Igarashi H, Takahashi T, Tachibana M, Takahashi H, Yoshii S, Takenouchi T, Hasegawa T, Okita K, Hirata K, Maruyama R, Suzuki H, Imai K, Yamamoto H, Shinomura Y.
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Journal Title
Int J Cancer
Volume: 137
Pages: 1258-1268
DOI
Peer Reviewed
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