2016 Fiscal Year Annual Research Report
Detection of neoantigens by gene-engineered T cells
| Project/Area Number |
15K14403
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
垣見 和宏 東京大学, 医学部附属病院, 特任教授 (80273358)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 隆二 独立行政法人国立病院機構(相模原病院臨床研究センター), 診断・治療研究室, 室長 (70373470)
松下 博和 東京大学, 医学部附属病院, 特任講師 (80597782)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
|
| Keywords | 腫瘍免疫 / T細胞受容体 / がん抗原 / 次世代シーケンサー / ネオアンチゲン |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
我々は、次世代シーケンサーの特性を生かし①in silicoの新生抗原予測法と、②T細胞受容体（TCR）遺伝子解析に基づいた抗原特異的T細胞の同定法を確立し、新生抗原特異的抗腫瘍免疫応答を解明することを目的として本研究を実施した。
平成27年度は、次世代シーケンサーを用いたTCR遺伝子配列の解析技術と、腫瘍特異的新生抗原同定システムの基盤を確立した。
最終年度（平成28年度）は、エクソームシーケンスに加えて、全RNAシーケンスのデータから変異遺伝子の発現量と変異アレルを確認するステップを加えることにより、より正確に新生抗原を予測することが可能になることを明らかにした(Cancer Sci. 2017 Feb;108(2):170-177)。これにより正確に新生抗原ペプチドを合成することが可能になり、新生抗原特異的T細胞の検出の促進が期待された。
さらに最終年度は、次世代シーケンサーを用いたTCR遺伝子解析を応用し、抗原特異的T細胞遺伝子同定システムを構築した。TCR遺伝子配列が既知のpmel-1トランスジェニックマウス由来のT細胞をC57BL/6マウスの脾細胞に0.0001％～1％混入し、抗原ペプチドで72時間刺激培養したのちに、TCR遺伝子解析法とフローサイトメーターによる抗原特異的T細胞の検出を比較した。通常のフローサイトメーターによる測定では、検出限界は0.01％～0.1％であるが、我々が開発したTCR遺伝子解析法では、0.0001～0.001％の抗原特異的T細胞が検出可能であった。
これらの技術を統合して、次世代シーケンサーを活用した新生抗原と特異的T細胞同定システムを構築することができた。これにより、新生抗原を標的とした抗腫瘍免疫応答の研究と治療法の開発か可能になると期待される。
|
-
[Journal Article] Prediction and prioritization of neoantigens: integration of RNA sequencing data with whole-exome sequencing.2017
Author(s)
Karasaki T, Nagayama K, Kuwano H, Nitadori JI, Sato M, Anraku M, Hosoi A, Matsushita H, Takazawa M, Ohara O, Nakajima J, Kakimi K.
-
Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 108
Pages: 170-177
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Immunogram for Cancer-Immunity Cycle towards Personalized Immunotherapy of Lung Cancer2016
Author(s)
Takahiro Karasaki, Kazuhiro Nagayama, Hideki Kuwano, Jun-ichi Nitadori, Masaaki Sato, Masaki Anraku, Akihiro Hosoi, Hirokazu Matsushita, Yasuyuki Morishita, Kosuke Kashiwabara, Masaki Takazawa, Osamu Ohara, Kazuhiro Kakimi, Jun Nakajima
Organizer
IASLC 17th World Conference on Lung Cancer
Place of Presentation
Vienna, Austria
Year and Date
2016-12-07 – 2016-12-07
-
-
-
-
-
