全ゲノムシーケンス法による放射線誘発突然変異率の計測

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K16125
• Research Institution: Hiroshima University
• Principal Investigator: 金井 昭教 広島大学, 原爆放射線医科学研究所, 助教 (60549567)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 放射線

Outline of Annual Research Achievements

放射線による変異導入頻度の測定を行うため、ヒト繊維肉腫細胞 HT1080を用いることとした。細胞を一度クローン化し、均一な細胞集団を形成させ、これらの細胞を96ウェルプレートにFACS Ariaを用いてソーティングを行い１細胞/ウェルの状態にした。137CS γ線源放射照射装置を使用して放射線照射群・非照射群を作成した。放射線照射群の線量はγ線照射2.5 Gy・500 ｍGy・100 ｍGy・20 mGyとしそれぞれのγ線照射細胞を得た。これらの細胞の全ゲノムシーケンスを行うために細胞を分裂増殖させた後にPCRフリーの系にてシーケンス用サンプル調整を行い、HiSeq2500を用いて全ゲノムシーケンスを行った。現在シーケンスデータを得て計算機による解析を行っている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

放射線照射を行う細胞の準備から放射線照射を行い、シーケンスサンプルの調整、全ゲノムシーケンスまで進んでおり、現在データの解析中である。初年度ではシーケンスを行うあたりまでを計画していたのでおおむね順調に計画は進捗ている。

Strategy for Future Research Activity

放射線照射を行った細胞からDNAを抽出し全ゲノムシーケンスを行っておりシーケンスデータの解析中であるが、解析方法も決まった方法があるわけではなく必要にあわせて自分でプログラムを組んで解析する場合が出てきている。これらの解析を組み合わせることで詳細な変異導入頻度を測定に努める方針である。

Causes of Carryover

全ゲノムシーケンスとして次年度に繰り越したシーケンスが存在するため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

全ゲノムシーケンスを行い現在解析を行っているが、実験データの再現性を確認するために同じ系を繰り返し確認を行う。

Research Products

• [Journal Article] ALKR1275Q perturbs extracellular matrix, enhances cell invasion and leads to the development of neuroblastoma in cooperation with MYCN. (2016)
  • Author(s): Ueda T, Nakata Y, Yamasaki N, Oda H, Sentani K, Kanai A, Onishi N, Ikeda K, Sera Y, Honda ZI, Tanaka K, Sata M, Ogawa S, Yasui W, Saya H, Takita J, Honda H.
  • Journal Title: Oncogene. Volume: 無 Pages: 無
  • DOI: 10.1038/onc.2015.519.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] H-NS Facilitates Sequence Diversification of Horizontally Transferred DNAs during Their Integration in Host Chromosomes. (2016)
  • Author(s): Higashi K, Tobe T, Kanai A, Uyar E, Ishikawa S, Suzuki Y, Ogasawara N, Kurokawa K, Oshima T.
  • Journal Title: PLoS Genet. Volume: 12(1) Pages: 無
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1005796.
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] AF4 uses the SL1 components of RNAP1 machinery to initiate MLL fusion- and AEP-dependent transcription. (2015)
  • Author(s): Okuda H, Kanai A, Ito S, Matsui H, Yokoyama A.
  • Journal Title: Nat Commun. Volume: 23;6 Pages: 無
  • DOI: 10.1038/ncomms9869.
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Fbxl10 overexpression in murine hematopoietic stem cells induces leukemia involving metabolic activation and upregulation of Nsg2. (2015)
  • Author(s): Ueda T, Nagamachi A, Takubo K, Yamasaki N, Matsui H, Kanai A, Nakata Y, Ikeda K, Konuma T, Oda H, Wolff L, Honda Z, Wu X, Helin K, Iwama A, Suda T, Inaba T, Honda H.
  • Journal Title: Blood. Volume: 125(22) Pages: 3437-46.
  • DOI: 10.1182/blood-2014-03-562694.
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2015)
  • Author(s): 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • Organizer: 第４０回中国地区放射線影響研究会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2015-07-17
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2015)
  • Author(s): 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • Organizer: NGS現場の会第四回研究会
  • Place of Presentation: つくば国際会議場
  • Year and Date: 2015-07-01 – 2015-07-03
• [Presentation] 次世代シーケンサーを用いた放射線誘発変異解析 (2015)
  • Author(s): 金井昭教、長町安希子、河合秀彦、松井啓隆、神谷研二、稲葉俊哉
  • Organizer: 平成27年度広島大学・長崎大学連携研究カンファランス
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2015-06-06
• [Presentation] Analysis of radiation induced mutations using next generation sequencer. (2015)
  • Author(s): Akinori Kanai, Akiko Nagamachi, Hidehiko Kawai, Hirotaka Matsui, Kamiya Kenji, Toshiya Inaba
  • Organizer: 15th International Congress of Radiation Research (ICRR)
  • Place of Presentation: Kyoto International Conference Center
  • Year and Date: 2015-05-25 – 2015-05-29
  • Int'l Joint Research