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2005 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明

Research Project

Project/Area Number 16063101
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

高木 利久  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 学術研究情報研究系, 教授 (60142311)
辻 省次  東京大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (70150612)
小原 雄治  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
菅野 純夫  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
Keywords生命システム / ゲノム機能解析 / 生命シミュレーション / バイオインフォマティクス / 遺伝子ネットワーク / 表現型解析 / ゲノムオントロジー / システム生物学
Research Abstract

本総括班は、「ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明」(略称:生命システム情報)を有機的かつ円滑に運営し、研究を効率良く進めるためのものである。また、この総括班は、「生命システム情報」だけでなく、「比較ゲノム」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」を含む、ゲノム特定4領域全体の総括班としての機能も果たすように設計されている。そのため、ゲノム特定4領域の有機的、効率的運営のための活動もあわせて展開する。また、国内の関連プロジェクトやセンターとの連絡調整機能も果たす。
平成17年度に行ったおもな活動は以下の通りである。
・生命システム情報の班会議(平成17年7月4日〜5日、淡路)の開催
・ゲノム特定4領域の計画研究(63課題)、公募研究(99課題)の班員による合同班会議(平成17年9月6日〜8日、富山)の開催
・ゲノム特定4領域横断的班会議(微生物研究会(平成17年11月3日〜5日、宮崎、および平成18年3月3日〜4日、かずさ)、バイオインフォマティクス研究会(平成18年1月30日〜31日、福岡))の開催
・ゲノム研究者および市民が一堂に会して議論する「ゲノムフォーラム」(平成17年9月17日〜18日、東京、両日併せて約390人が参加)の開催
・高校生をおもな対象とした、研究者と市民との交流会「ミニゲノムひろば」(平成17年12月10日、福岡)の開催
・市民講座「ゲノム公開講座in富山」(平成17年9月8日、富山、270名の参加)の開催
・ゲノム情報国際会議GIW2005(平成17年12月19日〜21日、横浜)の開催
・ホームページの開設、運用、市民向け解説記事の充実
・ゲノム特定4領域の班員名簿および平成17年度研究成果報告書の作成
・ゲノム特定4領域で開発されたデータベースなどの成果公開用サーバの整備

  • Research Products

    (31 results)

All 2006 2005 Other

All Journal Article (30 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Event Ontology : A Pathway-Centric Ontology for Biological Processes.2006

    • Author(s)
      Kushida, T.
    • Journal Title

      Pacific Symposium on Biocomputing 11

      Pages: 152-163

  • [Journal Article] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway.2006

    • Author(s)
      Kuroki, Y.
    • Journal Title

      Nature Genetics 38

      Pages: 158-167

  • [Journal Article] Functional dissection of YabA, a negative regulator of DNA replication initiation in Bacillus subtilis.2006

    • Author(s)
      Noirot-Gros, M.
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA 103

      Pages: 2368-2373

  • [Journal Article] Diversification of transcriptional modulation : Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes.2006

    • Author(s)
      Kimura., K.
    • Journal Title

      Genome Res 16

      Pages: 55-65

  • [Journal Article] DBTSS : Database of Human Transcription Start Sites, Progress Report 2006.2006

    • Author(s)
      Yamashita, R
    • Journal Title

      Nucl.Acids Res 34

      Pages: D86-D89

  • [Journal Article] ALICE : An Algorithm to Extract Abbreviations from MEDLINE.2005

    • Author(s)
      Ao, H.
    • Journal Title

      J Am Med Inform Assoc 12(5)

      Pages: 576-586

  • [Journal Article] Reassembly and interfacing neural models registered on biological model databases.2005

    • Author(s)
      Ohtake, M.
    • Journal Title

      Genome Informatics Workshop

      Pages: 76-85

  • [Journal Article] A Sentence Classification System for Multi-document Summarization in the Biomedical Domain.2005

    • Author(s)
      Yamamoto, Y.
    • Journal Title

      In the Proc.Of International Workshop on Biomedical Data Engineering -

      Pages: 90-95

  • [Journal Article] Automatic Extraction of Gene/protein Biological Functions from Biomedical Text.2005

    • Author(s)
      Koike, A.
    • Journal Title

      Bioinformatics 21

      Pages: 1227-1236

  • [Journal Article] DNA sequence and analysis of human chromosome 18.2005

    • Author(s)
      Nusbaum, C.
    • Journal Title

      Nature 437

      Pages: 551-555

  • [Journal Article] Hagfish leukocytes express a paired receptor family with a variable domain resembling those of antigen receptors.2005

    • Author(s)
      Suzuki, T.
    • Journal Title

      J.Immunol 174

      Pages: 2885-2891

  • [Journal Article] Interference of CREB-dependent transcriptional activation by expanded polyglutamine stretches-Augmentation of transcriptional activation as a potential therapeutic strategy for polyglutamine diseases.2005

    • Author(s)
      Shimohata, M.
    • Journal Title

      J Neurochem 93

      Pages: 654-663

  • [Journal Article] Polyglutamine represses cAMP-responsive-element-mediated transcription without aggregate formation.2005

    • Author(s)
      Takahashi, T
    • Journal Title

      Neuroreport 16(3)

      Pages: 295-299

  • [Journal Article] The C. elegans RUNX transcription factor MAB-2/RNT-1 is required for asymmetrical cell division of the T blast cell.2005

    • Author(s)
      KAGOSHIMA, H.
    • Journal Title

      Developmental Biology 287

      Pages: 262-273

  • [Journal Article] nfi-1 affects behavior and life-span in C. elegans but is not essential for-DNA replication or survival.2005

    • Author(s)
      Lazakovitch, E.
    • Journal Title

      BMC Developmental Biology 5

      Pages: 24

  • [Journal Article] Synergistic regulation of competence development in Bacillus subtilis by two Rap-Phr systems.2005

    • Author(s)
      Bongiorni, C.
    • Journal Title

      J Bacteriol 187

      Pages: 4353-4361

  • [Journal Article] Bacillus subtlis YabA is involved in determining the timing and synchrony of replication initiation.2005

    • Author(s)
      Hayashi, M.
    • Journal Title

      FEMS Microbiol Lett 247

      Pages: 73-79

  • [Journal Article] 5'SAGE :5'-end Serial Analysis of Gene Expression database.2005

    • Author(s)
      Kasai, Y.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 33

      Pages: D550-D552

  • [Journal Article] Substitution Rate and Structural Divergence of 5'UTR Evolution : Comparative Analysis Between Human and Cynomolgus Monkey cDNAs.2005

    • Author(s)
      Osada, N.
    • Journal Title

      Mol Biol Evol 22

      Pages: 1976-1982

  • [Journal Article] Identification and characterization of a canine highly similar to retinoic acid receptor alpha.2005

    • Author(s)
      Miyajima, N.
    • Journal Title

      DNA Seq 16

      Pages: 7-15

  • [Journal Article] Cyclopedic protein expression analysis of cultured canine mammary gland adeno carcinoma cells from six tumours.2005

    • Author(s)
      Nakagawa, T.
    • Journal Title

      Res Vet Sci 80

      Pages: 317-323

  • [Journal Article] Cell surface labeling and mass spectrometry reveal diversity of cell-surface markers and signaling molecules expressed in undifferentiated mouse embryonic stem cells.2005

    • Author(s)
      Nunomura, K.
    • Journal Title

      Mol Cell Proteomics 4

      Pages: 1968-1976

  • [Journal Article] Signal Sequence and Keyword Trap in silico for Selection of Full-Length Human cDNAs Encoding Secretion or Membrane Proteins from Oligo-Capped cDNA Libraries.2005

    • Author(s)
      Otsuki, T.
    • Journal Title

      DNA Res 12

      Pages: 117-126

  • [Journal Article] Centaurin-alpha 1 is a PI3K dependent activator of ERK1/2 map kinases.2005

    • Author(s)
      Hayashi H
    • Journal Title

      J Biol Chem 281

      Pages: 1332-1337

  • [Journal Article] Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with nearby transcription start sites of genes and their tissue specificity.2005

    • Author(s)
      Yamashita, R
    • Journal Title

      Gene 350

      Pages: 129-136

  • [Journal Article] A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3'-end subsequences.2005

    • Author(s)
      Miura, F.
    • Journal Title

      Bioinformatics 21(24)

      Pages: 4363-4370

  • [Journal Article] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network.

    • Author(s)
      Koike, A.
    • Journal Title

      J Am Soc Info Sci Tech (印刷中)

  • [Journal Article] The GTP-binding protein, YlgF, participates in the late step of 50S ribosomal subunit assembly in Bacillus subtilis.

    • Author(s)
      Matsuo, Y.
    • Journal Title

      J Biol Chem (印刷中)

  • [Journal Article] Bacillus subtilis EzrA abd FtsL synergistically regulate FtsZ ring dynamics during cell division.

    • Author(s)
      Kawai, Y.
    • Journal Title

      Microbiol (印刷中)

  • [Journal Article] Transcriptional activators in yeast.

    • Author(s)
      Titz, B.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res (印刷中)

  • [Book] Genome Informatics 2005.2005

    • Author(s)
      Edited by Takagi, T.et al.
    • Total Pages
      293
    • Publisher
      UNIVERSAL ACADEMY PRESS, INC

URL: 

Published: 2007-04-02   Modified: 2016-04-21  

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