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2008 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明

Research Project

Project/Area Number 16063101
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

高木 利久  The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
Keywords生命システム / ゲノム機能解析 / 生命シミュレーション / バイオインフォマティクス / 遺伝子ネットワーク / 表現型解析 / ゲノムオントロジー / システム生物学
Research Abstract

本総括班は、「ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明上(略称 : 生命システム情報)を有機的かつ円滑に運営し、研究を効率良く進めるためのものである。また、この総括班は、「生命システム情報」だけでなく、「比較ゲノム」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」を含む、ゲノム特定4領域全体の総括班としての機能も果たすように設計されている。そのため、ゲノム特定4領域の有機的、効率的運営のための活動もあわせて展開する。また、国内の関連プロジェクトやセンターとの連絡調整機能も果たす。
平成20年度に行ったおもな活動は以下の通りである。
国際シンポジウム「新しいシークエンス技術とメタゲノム解析のインパクト」(平成20年5月28日、弥生講堂)の開催
ゲノム特定4領域の計画研究(69課題)、公募研究(84課題)、支援班(5課題)の班員による合同班会議(平成20年8月25日〜27日、神戸)の開催
ゲノム研究者と一般市民の交流イベント「ゲノムひろば」(平成20年10月25日〜26日、名古屋)の開催
領域横断微生物研究会(平成20年11月12目〜14日、石川)の開催
インフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(平成20年11月21日〜22目、柏)の開催
高校生をおもな対象とした、研究者と市民との交流会「ミニゲノムひろば」(平成20年12月23日、福岡)の開催
成果公開シンポジウム(平成21年2月25日、東京)の開催
ホームページの運用
ゲノム特定4領域の電子名簿および平成20年度研究成果報告書の作成
ゲノム特定4領域で開発されたデータベースなどの成果公開用サーバの整備
新型シーケンサー(454FLX)を利用した研究支援活動
班員専用SNS(ソーシャルネットワーキングサービス)運用

  • Research Products

    (11 results)

All 2009 2008

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Rapid Pathway Evolution Facilitated by Horizontal Gene Transfers across Prokaryotic Lineages2009

    • Author(s)
      Iwasaki, W.
    • Journal Title

      PLoS Genetics 5(3)

      Pages: e1000402

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Classifying biomedical figures using combination of bag of keypoints and bag of keywords2009

    • Author(s)
      Koike, A.
    • Journal Title

      Proc. of 2nd Int. Workshop on Intell. Inform. in Biol. and Med 1(印刷中)(掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Differential binding profiles of StpA in wild-type and has mutantcells : a comparative analysis of cooperative partners by chromatin immunoprecipitation-microarray analysis2009

    • Author(s)
      Uyar, E.
    • Journal Title

      J Bacteriol 191

      Pages: 2388-2391

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Figure Classification in Biomedical Literature towards Figure Mining2008

    • Author(s)
      Ishii, N.
    • Journal Title

      2008 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine

      Pages: 263-269

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The functional analysis of YabA, which interacts with DnaA and regulates initiation of chromosome replication in Bacillus subtils2008

    • Author(s)
      Cho, E.
    • Journal Title

      Genes Genet Sys 83

      Pages: 111-125

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Metabolomics approach for determining growth-specific metabolites based on Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry2008

    • Author(s)
      Takahashi, H.
    • Journal Title

      Anal Bioanal Chem 391

      Pages: 2769-2782

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 既知複合体立体構造データベースを利用したタンパク質一リガンド相互作用パターンの解析と結合様式予測手法の開発2009

    • Author(s)
      笠原浩太
    • Organizer
      日本薬学会第129年会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2009-03-27
  • [Presentation] 枯草菌染色体のDnaA結合配列の機能2009

    • Author(s)
      奥村元
    • Organizer
      第3回日本ゲノム微生物学会年会
    • Year and Date
      2009-03-07
  • [Presentation] Control of RNA polymerase dynamics by GreA in B. subtilis2009

    • Author(s)
      楠屋陽子
    • Organizer
      第3回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2009-03-06
  • [Presentation] 既知複合体立体構造の知識に基づいたタンパク質-リガンド結合様式予測手法の開発2008

    • Author(s)
      笠原浩太
    • Organizer
      第31回情報化学討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-13
  • [Presentation] Distribution of RNA polymerase on the Bacillus subtilis genome2008

    • Author(s)
      Ogasawara, N.
    • Organizer
      GENOMES 2008, Functional Genomics of Microorganisms
    • Place of Presentation
      Paris, France
    • Year and Date
      2008-04-09

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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