2004 Fiscal Year Annual Research Report
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16500185
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| Research Institution | Iwate University |
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Principal Investigator |
坂田 和実 岩手大学, 工学部, 助手 (80261163)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
新貝 鉚蔵 岩手大学, 工学部, 教授 (00089088)
若林 篤光 岩手大学, 工学部, 助手 (30332498)
小栗栖 太郎 岩手大学, 工学部, 教授 (70177202)
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| Keywords | 線虫 / Caenorhabitis elegans / シミュレーション / 神経 |
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| Research Abstract |
1.クラスタの設置
クラスタを構成するハードウェアの選定にあたって次の点に留意した;1)高速なCPU、2)低消費電力、3)高速なネットワーク。1),2)の点から、CPUにIntel社製Pentium4 3.0GHz(Northwoodコア)を採用した。3)の点では、ギガビット対応のインターフェースの採用は勿論、更に高速であることを考慮し、CSA(Communications Streaming Architecture)接続されているマザーボードを採用した。
クラスタを構成するソフトウェアにSCoreを利用することから、OSにはLinuxを採用した。SCoreの動作実績からディストリビューションにはRedHat互換のScientific Linuxを採用した。また、インターフェースのドライバのコンパイルにはIntel社製のC++ Compiler for Linuxを使用し、高速化に留意した。神経シミュレータGENESISの並列計算用ファイルpgenesisをPVM-SCore上で稼動させた。
現在は、Linuxのカーネルの再構成等、更なるシステムの調整を行っている。
2.シミュレーション
2.1.化学感受回路
Na^+イオンに対して応答する感覚神経から、運動の制御を司る介在神経までの部分回路を解析対象とした。Na^+イオン検出時に全身運動が持続される各化学シナプスの興奮性の程度をシミュレーションにより推測した。その結果、信号伝播の上流の結合には明確な特徴が現れなかったが、下流の結合ほど限定された興奮性の値を示した。
2.2.胴体運動制御回路
線虫の神経・筋肉からなるモデルを作成し実際に観察される運動を再現するモデルを作成した。シミュレータGENESISを利用した。まだ実際の様子とは異なる個所が多いため、モデルの調整中である。
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