2006 Fiscal Year Annual Research Report
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16500185
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| Research Institution | Iwate University |
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Principal Investigator |
坂田 和実 岩手大学, 工学部, 助手 (80261163)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
新貝 鉚蔵 岩手大学, 工学部, 教授 (00089088)
若林 篤光 岩手大学, 工学部, 助手 (30332498)
小栗栖 太郎 岩手大学, 工学部, 教授 (70177202)
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| Keywords | シミュレーション工学 / 生体生命情報学 / 神経科学 |
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| Research Abstract |
1.コンピュータ環境の整備
並列計算システムSCoreのバージョンを上げ、Linuxのkernel2.6に対応したクラスタ・システムに更新した。オペレーティング・システムの一部のソフトウェアをIntel社製のコンパイラでリコンパイルし、システムのチューニングを行った。また、部分的にハードウェアの更新を行い、ソフト・ハードの両面から計算速度の改善を行った。
2.神経回路シミュレーション
これまでは既存のニューラル・ネットワーク・シミュレーション・ソフトウェアのSNNS(Stuttgart Neural Network Simulator)を改造し、解析を行ってきた。しかしながら、作業効率の点で難点があっため、独自の新規ソフトウェアの開発に着手した。基本的な学習機能を作り込み、更に生体中の神経回路の状態を反映させるための基本機能の実装を終えたことで、モデル回路における学習が可能となった。
3.運動シミュレーション
仮想的な体節構造を導入した運動モデルを作成した。基本的な線虫本体の形状から発生する力学モデルを作成し、外界との相互作用には流体力学の要素を考慮した。加えて、行動実験から得られた画像データから、必要なパラメータを抽出し適用した。これにより、モデルが示す運動を、現実の線虫が示すものに非常に近づけることが出来た。
4.細胞除去実験及び行動アッセイ
神経回路シミュレーションのソフトウェア開発の遅れにより対象細胞の選定・絞りこみにが不十分であったため、初歩的な段階の線虫の行動記録実験を行った。
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