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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Road from vesicles to protocells: metabolism, information, thermodynamics

Research Project

Project/Area Number 16H02216
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

今井 正幸  東北大学, 理学研究科, 教授 (60251485)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川勝 年洋  東北大学, 理学研究科, 教授 (20214596)
佐久間 由香  東北大学, 理学研究科, 助教 (40630801)
浦上 直人  山口大学, 大学院創成科学研究科, 准教授 (50314795)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywordsプロトセル / 代謝 / 情報 / 熱力学
Outline of Annual Research Achievements

本基盤研究では、分子集合体をベースにして生命としての特性を再現することにより、生命機能を支える物理の解明を目指し、以下3つの課題に対して研究を進めて来た。
1)代謝系と連携した成長・分裂するベシクルの創成:前年度にベシクル上での鋳型重合を利用して、ベシクルが成長・分裂するミニマルセルモデルの創成に成功し所期の目的を達成した。ただ、この系は持続性に問題があったので、持続的に成長・分裂を繰り返すことができる系を探索するために、異なった自発曲率を持つ両親媒性分子と鋳型重合のペアを探索している。また、この系を代謝系と結合させるために、糖からエネルギー分子を合成し、このエネルギー分子を利用して餅子kルウを成長させることに成功した。これは代謝の中でも異化の導入に成功したことを意味しており大きな進歩である。
2)情報分子をもつベシクル:上記鋳型重合と連携してベシクルが成長・分裂する系では、ベシクル膜上での鋳型重合により膜分子の構造情報を情報高分子にコードしている。このような鋳型重合による情報のコードが可能なのは、ベシクル膜上で情報分子の合成が行われているからである。そこでバルク中とベシクル膜上での情報分子の成長のどちらが優位であるかを実験的に検証を進めた。具体的にはベシクル上でDNAのライゲーションを行いバルク中とその成長速度を比較した。ベシクル膜上でのDNAのライゲーションには成功したが、定量性が良くなかったため新しい方法を開発している。
3)プロトセルの統計熱力学:分子動力学法による分裂の再現に成功しているので、熱力学積分法により自由エネルギーの変化を評価する方法を開発中である。さらに、ベシクルの不可逆的な分裂の過程において、膜面上でのリン脂質分子の相分離と膜の形態変化のカップリングを非平衡統計力学の観点から定式化した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (22 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 7 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] ETH(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      ETH
  • [Int'l Joint Research] Jozef Stefan Institute/Ljubljana University(スロベニア)

    • Country Name
      SLOVENIA
    • Counterpart Institution
      Jozef Stefan Institute/Ljubljana University
  • [Int'l Joint Research] Pari 6 University/Pari 7 University(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Pari 6 University/Pari 7 University
  • [Int'l Joint Research] Southern Denmark University(デンマーク)

    • Country Name
      DENMARK
    • Counterpart Institution
      Southern Denmark University
  • [Int'l Joint Research] Lund University(スウェーデン)

    • Country Name
      SWEDEN
    • Counterpart Institution
      Lund University
  • [Journal Article] Construction of a chemical motor-movable frame assembly based on camphor grains using water-floating 3D-printed models2019

    • Author(s)
      Hiroaki Morohashi, Masayuki Imai, Taro Toyota
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 721 Pages: 104-110

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2019.02.034

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Migration of Deformable Vesicles Induced by Ionic Stimuli2018

    • Author(s)
      Atsuji Kodama, Mattia Morandi, Ryuta Ebihara, Takehiro Jimbo, Masayuki Toyoda, Yuka Sakuma, Masayuki Imai, Nicolas Puff, and Miglena I. Angelova
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 34 Pages: 11484-11494

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.8b02105

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Morphology of vesicle aggregates2019

    • Author(s)
      Kei Murakami, Takuma Kono,Ryuta Ebihara, Yuka Sakuma, Masayuki Imai Primoz Ziherl
    • Organizer
      Mini Conference on Physical Chemistry of Molecular Assembly
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Morphology of a Model Multicellular Organism2018

    • Author(s)
      T. Kono, R. Ebihara, K. Murakami, Y. Sakuma, M. Imai and P. Ziherl
    • Organizer
      Nano-structured soft matter: a synergy of approaches to amphiphilic and block copolymer systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Reproduction of Vesicles Coupled with Template Polymerization: Toward Self-Reproducing Automaton2018

    • Author(s)
      M. Kurisu, H. Aoki, T. Jimbo, Y. Sakuma, M. Imai S. Luginbhl, P. Walde
    • Organizer
      International Liquid Crystal Conference 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 情報分子と連携したベシクルの増殖:ミニマルセルへの新しい道2018

    • Author(s)
      栗栖稔・青木春隆・神保岳大・佐久間由香・今井正幸・S. Luginbhl・P. Walde
    • Organizer
      第69回コロイドおよび界面科学討論会
    • Invited
  • [Presentation] 情報高分子と連携したベシクルの増殖:ミニマルセルへの新しい道2018

    • Author(s)
      栗栖稔・青木春隆・神保岳大・佐久間由香・今井正幸
    • Organizer
      細胞を創る研究会 11.0
    • Invited
  • [Presentation] 接着したベシクルの形態転移2018

    • Author(s)
      村上圭,海老原隆太, 河野拓馬, 佐久間由香 Primoz Ziherl, 今井正幸
    • Organizer
      日本物理学会2018秋季大会
  • [Presentation] 解糖系の振動現象2018

    • Author(s)
      永田昇 車 兪澈 今井正幸
    • Organizer
      -Bio. Phys. Chem. 三重点の探索-
  • [Presentation] 接着したベシクルの力学モデル2018

    • Author(s)
      村上圭,海老原隆太, 河野拓馬, 佐久間由香 Primoz Ziherl, 今井正幸
    • Organizer
      第8回ソフトマター 研究会
  • [Presentation] 化学刺激によるベシクルの形態制御2018

    • Author(s)
      豊田真之,佐久間由香,今井正幸
    • Organizer
      第8回ソフトマター研究会
  • [Presentation] Multiscale Modeling on Complex Multiphase Flows2018

    • Author(s)
      Toshihiro Kawakatsu
    • Organizer
      Nano-structured soft matter: a synergy of approaches to amphiphilic and block copolymer systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 両親媒性分子膜の粗視化モデル2018

    • Author(s)
      川勝年洋
    • Organizer
      ベシクルの変形の物理と数理
    • Invited
  • [Presentation] Molecular dynamics simulation of vesicle division2018

    • Author(s)
      Naohito Urakami, Takehiro Jimbo, Yuka Sakuma, Masayui Imai
    • Organizer
      The 12th SPSJ International Polymer Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 高分子鎖の剛直性によるベシクルの形状変化2018

    • Author(s)
      片岡祐希、浦上直人
    • Organizer
      第67回高分子討論会
  • [Remarks] 東北大学理学研究科物理学専攻 ソフトマター・生物物理研究室

    • URL

      http://www.bio.phys.tohoku.ac.jp

  • [Remarks] 山口大学大学院創成科学研究科 生体分子シミュレーション研究室

    • URL

      http://web.cc.yamaguchi-u.ac.jp/~urakami/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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